【摘要】：本研究采用PCR擴(kuò)增產(chǎn)物直接測序法測定了中國6個地方黃牛群體553個個體的線粒體DNA D-環(huán)區(qū)(mtDNA D-loop)核苷酸長度為417bp的序列(包含高變區(qū)),包括寶雞秦川牛群體(SQB,n=158)、早勝牛(早勝)群體(GZZ,n=148)、早勝牛(和盛)群體(GZH,n=36)、平?jīng)龅胤脚Ｈ后w(GPL,n=112)、固原地方牛群體(NGY,n=75)和臨夏地方牛群體(GLX,n=24),并引用已經(jīng)提交到GenBank中的中國其他49個地方黃牛群體611個個體的mtDNA D-loop區(qū)的所有序列,進(jìn)而對中國55個地方黃牛群體的遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育展開系統(tǒng)的研究,旨在為中國地方黃牛群體的遺傳資源評估、保護(hù)與可持續(xù)利用提供更多的科學(xué)依據(jù)。本研究得出結(jié)論如下:1.通過對中國55個地方黃牛群體1164個個體的mtDNA D-loop區(qū)核苷酸長度為417bp的序列進(jìn)行分析,在沒有考慮堿基的插入和缺失的情況下,總共檢測到316個變異位點(diǎn),核苷酸變異率為75.78%,包括199個單一多態(tài)位點(diǎn)和117個簡約信息位點(diǎn)。突變類型總共有3種,即轉(zhuǎn)換、顛換及轉(zhuǎn)換與顛換共存,而且主要以轉(zhuǎn)換為主。以上研究結(jié)果表明,中國55個地方黃牛群體mtDNA D-loop區(qū)遺傳變異較高;2.堿基組成分析表明,A+T平均含量為61.3%,顯著高于G+C平均含量38.7%,可見中國55個地方黃牛群體mtDNA D-loop區(qū)堿基A與T的含量較為豐富;3.基于檢測到的316個變異位點(diǎn),界定了356個單倍型(H1~H356),其中236個為特有單倍型,120個為共享單倍型。研究結(jié)果表明,我國地方黃牛群體在遺傳結(jié)構(gòu)上雖然具有特殊性,但是也與其他地方黃牛群體存在密切關(guān)系,或表明中國地方黃牛群體之間存在廣泛的單倍型共享,即中國各個地方黃牛群體之間存在著廣泛的基因交流;4.計算了中國55個地方黃牛群體的單倍型多樣度(Hd±SD)、平均核苷酸差異數(shù)(k)和核苷酸多樣度(Pi),并將各個群體的分別與整個群體總體單倍型多樣度(Hd±SD)、平均核苷酸差異數(shù)(k)和核苷酸多樣度(Pi)進(jìn)行比較,結(jié)果顯示我國地方黃牛群體擁有十分豐富的遺傳多樣性;5.構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹和中介網(wǎng)絡(luò)關(guān)系分析結(jié)果表明,中國地方黃牛群體主要有2種母系起源類型,一種是普通牛型(Bos taurus),另外一種是瘤牛型(Bos indicus)。
[Abstract]:In this study, direct sequencing of PCR amplification products was used to determine the nucleotide length of mitochondrial DNA D- ring region (mtDNA D-loop) in 553 individuals from 6 local cattle populations in China (including hypervariable region), including Baoji Qinchuan cattle population (SQB,n=158), early morning. GZZ,n=148, GZH,n=36, GPL,n=112, NGY,n=75 and GLX,n=24 were cited from 611 other 49 local cattle populations in China that had been submitted to GenBank. All sequences of the mtDNA D-loop region of the body, Furthermore, the genetic diversity and phylogenetic development of 55 local cattle populations in China were systematically studied in order to provide more scientific basis for the assessment, conservation and sustainable utilization of genetic resources of Chinese local cattle populations. The conclusions of this study are as follows: 1. The nucleotide sequence of mtDNA D-loop region of 1164 individuals from 55 local cattle populations in China was analyzed. A total of 316 mutation sites were detected without taking into account the insertion and deletion of the base. The nucleotide mutation rate was 75.78, including 199 single polymorphic sites and 117 parsimonic information sites. There are three types of mutation, namely, transversion, transversion and transversion. The results showed that there was high genetic variation in the mtDNA D-loop region of 55 local cattle populations in China. The analysis of base composition showed that the average content of, A T was 61.3%, which was significantly higher than that of G C, 38.7%. It can be seen that the contents of base A and T in the mtDNA D-loop region of 55 local cattle populations in China were relatively rich; 3. 356 haplotypes (H1~H356) were identified based on 316 mutation sites, of which 236 were endemic haplotypes and 120 were shared haplotypes. The results showed that although the genetic structure of local cattle populations in China is special, there is a close relationship with other local cattle populations, or there is extensive haplotype sharing among local cattle populations in China. That is, there is a wide range of genetic exchanges among cattle populations in various parts of China; 4. The Hd 鹵SD), average nucleotide diversity (k) and nucleotide diversity (Pi),) of 55 local cattle populations in China were calculated, and the average nucleotide diversity (k) of each population was compared with that of the whole population (Hd 鹵SD),). Compared with nucleotide diversity (Pi), The results showed that the populations of local yellow cattle in China were rich in genetic diversity. The results of phylogenetic tree and intermediary network analysis show that there are two maternal origin types in Chinese local cattle population, one is common cattle type (Bos taurus), the other is tumor-type (Bos indicus).
【學(xué)位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S823.81

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本文編號：2262211