本文選題：胸膜肺炎放線桿菌 + 轉(zhuǎn)錄組學(xué)�。� 參考：《中國獸醫(yī)科學(xué)》2017年03期

【摘要】：為揭示胸膜肺炎放線桿菌血清7型菌株在體內(nèi)外培養(yǎng)轉(zhuǎn)錄的差異,將該菌培養(yǎng)至對數(shù)期采用滴鼻的方式攻毒SPF級昆明小鼠,取小鼠肺組織及菌體純培養(yǎng)物采用Illumina Hi Seq2500高通量測序平臺對該菌在體內(nèi)外培養(yǎng)的轉(zhuǎn)錄差異進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)分析。結(jié)果顯示,小鼠肺組織中獲取該菌的Clean reads與指定參考基因組的比對效率達(dá)15.68%,體外培養(yǎng)菌體的比對效率為97.99%;以后者轉(zhuǎn)錄組為對照,共篩選出差異表達(dá)基因(DEG)333個(gè),其中上調(diào)基因113個(gè),下調(diào)基因220個(gè),挖掘新基因6個(gè)。對DEG進(jìn)行GO、COG及KEGG等分析可見,DEG主要富集在能量的產(chǎn)生與轉(zhuǎn)化、碳水化合物轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝、無機(jī)離子轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝、氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝等方面,主要集中在碳代謝、ATP結(jié)合蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、嘌呤代謝、氨基酸的生物合成、硫代謝等通路上。本研究對胸膜肺炎放線桿菌血清7型菌株在SPF昆明小鼠體內(nèi)及體外培養(yǎng)轉(zhuǎn)錄差異進(jìn)行了分析,一定程度上揭示了該菌的致病機(jī)制,為后續(xù)胸膜肺炎放線桿菌血清7型菌株致病機(jī)制的研究提供了依據(jù)。
[Abstract]:In order to reveal the transcriptional difference of Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 7 strain cultured in vitro and in vivo, the strain was incubated to SPF grade Kunming mice by nasal drip in logarithmic phase. Illumina Hi Seq2500 high-throughput sequencing platform was used to analyze the transcriptional differences in vitro and in vivo. The results showed that the comparison efficiency of the Clean reads obtained from the mouse lung tissue with the specific reference genome was 15.68, and the comparison efficiency of the bacteria cultured in vitro was 97.99%, and 333 differentially expressed genes were screened out using the latter transcriptome as the control. There were 113 up-regulated genes, 220 down-regulated genes and 6 new genes. The analysis of DEG by Gocog and KEGG shows that it is mainly concentrated in energy generation and transformation, carbohydrate transport and metabolism, inorganic ion transport and metabolism, amino acid transport and metabolism, etc. It mainly focuses on carbon metabolism, ATP binding protein transporter, purine metabolism, amino acid biosynthesis, sulfur metabolism and so on. In this study, the transcriptional differences of Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 7 in SPF Kunming mice were analyzed in vivo and in vitro, and the pathogenicity of Actinobacillus pleuropneumoniae was revealed to some extent. It provides a basis for the study of pathogenic mechanism of Actinobacillus pleuropneumoniae serotype 7 strain.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院動(dòng)物生物技術(shù)中心;動(dòng)物疫病與人類健康四川省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：四川省科技支撐計(jì)劃項(xiàng)目(2014NZ0043) 教育部“長江學(xué)者與創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)發(fā)展計(jì)劃”項(xiàng)目(I RT13083) 四川省十三五育種攻關(guān)項(xiàng)目(2016NYZ0052) 國家“十二五”科技支撐計(jì)劃(2015BAD12B04-2.3)
【分類號】：S852.61

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