本文選題：雞 + 血清IgY含量　； 參考：《揚(yáng)州大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：抗病性狀的功能基因篩選和鑒定一直是現(xiàn)代家禽育種研究的熱點(diǎn)。前期研究中,已利用60K SNP Bead chip技術(shù),通過全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)篩選到了與雞免疫性狀相關(guān)顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)及重要區(qū)域,在此基礎(chǔ)上,對(duì)與血清免疫球蛋白Y (Immunoglobulin Y, IgY)含量顯著相關(guān)的染色體區(qū)域進(jìn)行了重測(cè)序分析。以56日齡北京油雞(樣本數(shù)728只)和白來航雞(樣本數(shù)525只)為素材,分別選擇IgY含量極高和極低個(gè)體各40個(gè),組成兩品種、高低表型各4個(gè)處理組,每個(gè)處理隨機(jī)等量(100ng/μL)混成分為4個(gè)重復(fù),每個(gè)重復(fù)(池)包含10個(gè)個(gè)體。篩選分布于11,16和19三條染色體上共3.3M的候選目標(biāo)區(qū)域,運(yùn)用捕獲芯片、Solexa高通量測(cè)序等技術(shù)進(jìn)行測(cè)序分析。共獲得單堿基變異35154個(gè),經(jīng)注釋,其中基因型為純合的堿基變異為28862個(gè),雜合的單堿基變異6292個(gè),得到CDS區(qū)的同義突變SNP1045個(gè),引起氨基酸發(fā)生變化的錯(cuò)義突變有2190個(gè),位于基因上的SNP有18332個(gè)。篩選到829個(gè)Indel位點(diǎn),其中絕大部分位于mRNA區(qū)域。隨機(jī)挑選四個(gè)基因TRIM7.2, BFIV21, AKIP以及RBL2,運(yùn)用PCR-Sanger法進(jìn)行混池測(cè)序得到24個(gè)SNP,包含二代測(cè)序結(jié)果中的21個(gè)SNP位點(diǎn),證實(shí)捕獲測(cè)序SNP結(jié)果可靠。對(duì)2個(gè)Indel進(jìn)行驗(yàn)證,其中16號(hào)染色體上BF1基因上的9個(gè)堿基(CCACTGCCA)的缺失是在兩品種高表型組共有的Indel突變,與捕獲測(cè)序結(jié)果一致。對(duì)BF1基因Indel所在的內(nèi)含子5的多態(tài)性進(jìn)行檢測(cè),結(jié)果表明,在進(jìn)行捕獲測(cè)序的北京油雞和白來航雞樣本中,該Indel區(qū)域存在三種基因型,即野生型(9個(gè)堿基全部存在,AA型)、突變型(9個(gè)堿基其中三個(gè)發(fā)生突變,BB型)、缺失型(9個(gè)堿基全部缺失,CC型),但基因型IgY均值間呈現(xiàn)AABB, AACC的變化,但差異并不顯著(P0.05),兩個(gè)品種具有相同的變化趨勢(shì)。在高度選育的白來航雞馬立克氏病易感品系B19單倍型(37只)的基因型全部為AA型,抗病品系B21單倍型(34只)的基因型全部為BB型,基因型頻率各為100%。MHC BF1基因影響Ⅰ類抗原分子與抗原肽結(jié)合的特異性,本研究發(fā)現(xiàn)的9bp堿基的突變可能引起的可變剪接或者基因表達(dá)差異,繼而改變雞血清IgY抗體的生成以及馬立克氏病的抗病性。
[Abstract]:Screening and identification of functional genes for disease resistance traits has been a hot topic in modern poultry breeding. In previous studies, significant association loci and important regions associated with immune traits were screened by using 60 K SNP Bead chip technique and GWAS-based genomic association analysis. The chromosomal regions associated with serum immunoglobulin Y (IgY) content were sequenced. Using 56-day-old Beijing fowl (728 samples) and Bailai hens (525samples) as materials, 40 individuals with extremely high IgY content and 40 individuals with extremely low IgY content were selected to form two breeds, four treatments with high and low phenotypes, respectively. The random equal amount of 100 ng / 渭 L in each treatment was 4 repeats, and each replica (pool) consisted of 10 individuals. The candidate regions of 3.3M were screened on 11C16 and 19 chromosomes. High throughput sequencing techniques such as capture chip Solexa were used to carry out sequencing and analysis. A total of 35154 single-base mutations were obtained, among which 28862 were homozygous, 6292 were heterozygous, and 2190 missense mutations were found in the CDS region. There are 18,332 SNP on the gene. 829 Indel loci were screened, most of which were located in the mRNA region. Four genes TRIM7.2, BFIV21, AKIP and RBL2 were randomly selected, and 24 SNPs were obtained by PCR-Sanger method, including 21 SNP loci of the second generation sequencing results, which confirmed the reliability of the captured and sequenced SNP results. The results of two Indel tests showed that the deletion of 9 bases CCACTG CCA on chromosome 16 was a common Indel mutation in the high phenotypic groups of the two cultivars, which was consistent with the results of capture and sequencing. The polymorphism of intron 5 of BF1 gene Indel was detected. The results showed that there were three genotypes in the Indel region in the samples of Beijing oil chicken and white Laihang chicken which were captured and sequenced. That is, wild type (all 9 bases all have AA type), mutation type (3 of 9 bases have mutation of BB type), deletion type (9 bases are all deletion of CC type), but the mean value of genotype IgY shows the change of AABB, AACC. However, the difference was not significant (P 0.05), and the two varieties had the same trend of change. The genotypes of B19 haplotype and B21 haplotype were all AA genotype and BB genotype, respectively. The genotypes of 100%.MHC BF1 genes affect the specificity of the binding of class I antigen molecules to antigenic peptides. In this study, the mutation of 9bp bases may cause variable splicing or gene expression differences. It then changes the production of serum IgY antibodies and the resistance to Marek's disease.
【學(xué)位授予單位】：揚(yáng)州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S831

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本文編號(hào)：1949072