發(fā)布時(shí)間：2018-05-02 20:54

  本文選題：lncRNAs + 轉(zhuǎn)錄組��； 參考：《沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：馬立克病毒(Marek's disease virus,MDV)是禽類疾病眾多病原體中重要的一種,其中致病性MDV-1型可導(dǎo)致雞發(fā)生惡性傳染病,其特征是嚴(yán)重免疫抑制和T淋巴細(xì)胞瘤。由MDV引起的雞馬立克氏病(Marek'sdisease,MD)腫瘤是理想的病毒性腫瘤研究和治療的動(dòng)物模型。在對許多腫瘤的研究發(fā)現(xiàn)長鏈非編碼RNAs(Long non-coding RNAs,lncRNAs)具有異常表達(dá)的現(xiàn)象,上調(diào)或下調(diào)的lncRNAs出現(xiàn)在腫瘤發(fā)生的各個(gè)階段,對腫瘤的形成和發(fā)展可能起到一定的促進(jìn)或是抑制作用。本研究首先應(yīng)用MD脾臟腫瘤和正常脾臟組織RNA-Seq獲得的數(shù)據(jù)庫,通過對其中的差異表達(dá)基因數(shù)據(jù)庫、信號通路數(shù)據(jù)庫和基因互作數(shù)據(jù)庫等進(jìn)行分析,篩選與腫瘤相關(guān)的差異表達(dá)基因,并對其中重要的差異表達(dá)基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,探討其在MD腫瘤形成過程中的表達(dá)情況和功能。分析結(jié)果表明:(1)共有499個(gè)差異表達(dá)基因被注釋到了 256個(gè)信號通路中,與腫瘤相關(guān)的6個(gè)信號通路呈現(xiàn)顯著性差異(P0.05),其中腫瘤壞死因子信號通路(TNF signaling pathway)與腫瘤發(fā)生相關(guān)顯著性最高(P＜0.05)。(2)在MD腫瘤組織中,mRNA水平上,表達(dá)上調(diào)的細(xì)胞因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)抑制因子SOCS1和SOCS3基因,在基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置,對下游炎癥相關(guān)因子起到抑制作用,影響腫瘤發(fā)生的進(jìn)程;同時(shí)SOCS1和SOCS3和基因的表達(dá)也受到上游表達(dá)上調(diào)的NF-κB和信號傳導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄激活因子STAT1和STAT3基因的調(diào)控,這兩類調(diào)控因子均可促進(jìn)腫瘤的形成。通過對篩選出的基因進(jìn)行qPCR驗(yàn)證結(jié)果表明:與對照組相比,MDV感染組篩選到的5個(gè)基因均呈現(xiàn)出上調(diào)表達(dá),這與RNA-Seq預(yù)測分析的結(jié)果一致,說明RNA-Seq結(jié)果真實(shí)反映了 MD腫瘤形成過程中差異基因的表達(dá)情況。其次,以新lncRNAs數(shù)據(jù)庫作為分析數(shù)據(jù)來源,應(yīng)用編碼潛力計(jì)算工具(Coding Potential Calculator,CPC)、編碼潛力評估工具(Coding Potential Assessment Tool,CPAT)、序列比對工具(blastx)和Ensembl中的BLAST/BLAT等在線分析工具,對新lncRNAs數(shù)據(jù)庫中的條目進(jìn)行蛋白編碼能力的進(jìn)一步交叉驗(yàn)證分析,從中篩選與MD腫瘤發(fā)生相關(guān)的lncRNAs。分析結(jié)果獲得6425個(gè)具有較低編碼能力的新lncRNAs。其中篩選到 TCONS_00025968、TCONS_00032120、TCONS__00036544、TCONS_00009801、TCONS_00009802和TCONS_00009803六個(gè)lncRNAs可能與腫瘤抑制基因p53的表達(dá)有關(guān)。應(yīng)用雞MD動(dòng)物模型,在MDV感染的第1、21、35和42日齡,檢測了雞脾臟組織樣本p53 基因和 TCONS__00009801、TCONS_00009802 和 TCONS_00009803 三個(gè)lncRNAs的轉(zhuǎn)錄水平,通過與同日齡的正常雞脾臟比較,結(jié)果表明:(1)MDV感染后,p53基因和TCONS__00009801的轉(zhuǎn)錄水平呈一致性變化趨勢,在1～35日齡期間均呈現(xiàn)上升趨勢,在42日齡時(shí)下降,表明在MDV入侵早期,兩者可能存在協(xié)同作用。隨MDV在宿主體內(nèi)時(shí)間的延長,lncR:NA-TCONS_00009801和p53表達(dá)下調(diào),可能與細(xì)胞凋亡功能紊亂及細(xì)胞的永生化趨勢有關(guān)。(2)MDV感染后隨日齡的增大,TCONS_00009802和TCONS__00009803轉(zhuǎn)錄水平呈逐漸上升趨勢,其在21日齡時(shí)與1日齡差異不顯著(P0.05),與35日齡、42日齡差異極顯著(P0.01)。在正常雞脾臟中則呈現(xiàn)先上升后下降趨勢,且兩個(gè)lncRNAs隨雞日齡增大變化均不顯著(P0.05)。在MDV感染后,雞脾臟組織的lncRNA-TCONS_00009801與p53基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)趨勢呈一致性先上調(diào)后下調(diào)的變化;但TCONS__00009802和TCONS_00009803隨雞日齡的增大轉(zhuǎn)錄水平持續(xù)上調(diào),而p53基因同期轉(zhuǎn)錄水平在1～35日齡先上調(diào),而后在42日下調(diào)的趨勢不一致,該三個(gè)lncRNAs對p53基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)可能具有不同的作用,其對p53功能的影響還需要進(jìn)一步的探討。p53基因以及三個(gè)lncRNAs在除1日齡外的其余三個(gè)日齡階段試驗(yàn)組與對照組表達(dá)量差異均極顯著(P0.01),在42日齡時(shí),以上三個(gè)lncRNAs的轉(zhuǎn)錄水平與RNA-Seq預(yù)測分析結(jié)果一致,說明RNA-Seq結(jié)果真實(shí)反映了 MD腫瘤形成過程中l(wèi)ncRNAs的轉(zhuǎn)錄情況。本研究獲得的MDV誘發(fā)的腫瘤組織轉(zhuǎn)錄組信息及相關(guān)基因轉(zhuǎn)錄水平的差異表達(dá),為病毒性腫瘤發(fā)生機(jī)制的研究提供了有價(jià)值的參考。
[Abstract]:In this study , we used MD spleen tumor and normal spleen tissue RNA - Seq . The results showed that : ( 1 ) There were 499 differentially expressed genes in 256 signal pathways , and the tumor necrosis factor signaling pathway ( TNF signaling pathway ) had the highest correlation with tumor ( P < 0.05 ) . The expression of p53 , TCONS _ 00009801 , TCONS _ 00009802 , TCONS _ 00009802 and TCONS _ 00009803 were detected by using the new lncRNAs database as the source of analysis . There was no significant difference between the transcription level of p53 gene and the expression of p53 gene at the age of 21 days ( P 0.01 ) . The expression of the expression of p53 gene and TCONS _ 00009801 was significantly higher than that in control group ( P0.05 ) .

【學(xué)位授予單位】：沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S858.31
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本文編號：1835471