本文選題：青紫藍(lán)色獺兔 + 毛色候選基因�。� 參考：《揚(yáng)州大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：獺兔是著名的皮用兔品種,其皮板光滑細(xì)韌、質(zhì)地輕柔,保溫性能好,日曬不褪色,且耐久性顯著高于普通兔皮,因此倍受消費(fèi)者的喜愛。動(dòng)物的毛色是一種最直觀的、可遺傳的表型特征,也是區(qū)分動(dòng)物品種的一個(gè)重要依據(jù)。動(dòng)物的毛色主要由遺傳因素決定,也受到外界環(huán)境和飼養(yǎng)條件的影響。本試驗(yàn)通過轉(zhuǎn)錄組技術(shù)比較黑色獺兔和青紫藍(lán)色獺兔,以及白色獺兔和青紫藍(lán)色獺兔背部皮膚組織樣中基因的表達(dá)差異,利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組結(jié)果,并篩選出與獺兔毛色形成相關(guān)的差異候選基因進(jìn)行多態(tài)性分析和TA克隆測序,以期為獺兔毛色遺傳機(jī)制的進(jìn)一步研究提供一些參考。本試驗(yàn)的主要結(jié)果如下：1.利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)分析三只被毛顏色不同的全同胞獺兔(分別為黑色B、青紫藍(lán)色C和白色W)背部皮膚組織樣的基因表達(dá)情況,將青紫藍(lán)色樣本C設(shè)為對照組,黑色樣本B、白色樣本W(wǎng)分別與其對比,差異表達(dá)倍數(shù)在2倍及以上且FDR-≤0.001的基因分別為1809和460個(gè),共有的差異表達(dá)基因?yàn)?57個(gè)。通過實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)對Tyrp1、Oca2、Dct、Slc24a5、Slc7a11和Bcl2這6個(gè)基因在組織樣中的表達(dá)量進(jìn)行檢測,驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組結(jié)果,結(jié)果表明轉(zhuǎn)錄組的結(jié)果相對可靠。結(jié)合生物信息學(xué)分析和相關(guān)的文獻(xiàn)資料,篩選出一些與毛色相關(guān)的差異基因,如Tyrp1、Tyr、Oca2、Dct、Slc24a5、 Slc7a11、Bcl2等,可以為毛色形成機(jī)制的研究提供一定的參考。轉(zhuǎn)錄組測序預(yù)測的可變剪接和SNPs,可以通過進(jìn)一步的研究,探討它們和毛色形成的關(guān)系。2.采用PCR-SSCP,以180只白色獺兔、420只青紫藍(lán)色獺兔為試驗(yàn)對象,針對Tyr基因的5個(gè)外顯子設(shè)計(jì)特異性引物,檢測獺兔該基因編碼序列的多態(tài)性,結(jié)果發(fā)現(xiàn),Tyr基因外顯子2在62bp(整個(gè)基因CDS的881bp)處有一個(gè)AG的有義突變,使得原來的谷氨酸突變成了甘氨酸(GAGGGG),Tyr基因外顯子3在82bp(整個(gè)基因CDS的1118bp)處有一個(gè)AC的有義突變,使得原來的賴氨酸突變成了蘇氨酸(AAGACG)。對野生型和兩個(gè)突變型進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)功能的預(yù)測,結(jié)果發(fā)現(xiàn),A881G突變并未改變TYR蛋白的結(jié)構(gòu)和功能,A1118C突變使得TYR蛋白增加了一個(gè)N-糖基化位點(diǎn)。兩個(gè)突變雖然都使得TYR蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)和三級(jí)結(jié)構(gòu)的參數(shù)有一些變化,但并沒有改變TYR蛋白的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)。因此推測,這兩個(gè)位點(diǎn)的突變,雖然改變了TYR蛋白的氨基酸組成,但并不是影響TYR蛋白結(jié)構(gòu)和功能的關(guān)鍵氨基酸位點(diǎn)。3.采用PCR-SSCP,以180只白色獺兔、420只青紫藍(lán)色獺兔為試驗(yàn)對象,針對Tyrp1基因的7個(gè)外顯子設(shè)計(jì)特異性引物,檢測獺兔該基因編碼序列的多態(tài)性,結(jié)果發(fā)現(xiàn),Tyrp1基因外顯子2在29bp(整個(gè)基因CDS的483bp)處有一個(gè)CT的同義突變,堿基的突變并沒有造成氨基酸的改變(AUCAUT,異亮氨酸)。利用TA克隆技術(shù),對青紫藍(lán)色獺兔Tyrp1基因的6個(gè)內(nèi)含子進(jìn)行克隆測序分析,發(fā)現(xiàn)Tyrp1基因內(nèi)含子中存在53個(gè)突變位點(diǎn),其突變較外顯子豐富,這些突變是否會(huì)對Tyrp1基因的表達(dá)及其功能產(chǎn)生影響,還有待進(jìn)一步的研究。
[Abstract]:The expression of genes in the dorsal skin of Rex rabbit and blue - violet blue Rex rabbit were analyzed by means of real - time fluorescence quantitative PCR . It was found that the mutation of TYR protein had not changed the structure and function of TYR protein , but it did not change the structure and function of TYR protein . Using TA cloning technique , six intron of Tyrp1 gene of blue - violet blue Rex rabbit was cloned and sequenced . There were 53 mutation sites in the intron of Tyrp1 gene .

【學(xué)位授予單位】：揚(yáng)州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S829.1

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本文編號(hào)：1830549