本文選題：綿羊 + 囊胚��； 參考：《新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：本文基于RNA-Seq技術(shù),對(duì)綿羊的囊胚和孵化囊胚轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了測(cè)序和分析,獲得了一系列的數(shù)據(jù)資料,并對(duì)數(shù)據(jù)資料進(jìn)行加工整理,得到了主要的研究結(jié)果如下:(1)通過Illumina/Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)對(duì)囊胚和孵化囊胚的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行高通量測(cè)序,并對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾、重組、注釋等,分別得到47664034和47821016條Clean reads,比對(duì)到參考基因組上的reads分別達(dá)到71.48%和72.90%。(2)囊胚和孵化囊胚轉(zhuǎn)錄組分別得到了19318和18288個(gè)轉(zhuǎn)錄本,其中覆蓋度達(dá)到90%-100%的轉(zhuǎn)錄本分別為8135和7823個(gè)。囊胚預(yù)測(cè)到2879個(gè)新轉(zhuǎn)錄本,孵化囊胚預(yù)測(cè)到1277個(gè)新轉(zhuǎn)錄本。(3)差異表達(dá)基因共有7700個(gè),囊胚-VS-孵化囊胚表達(dá)上調(diào)基因3129個(gè),表達(dá)下調(diào)基因4571個(gè)。(4)囊胚和孵化囊胚發(fā)生可變剪切的類型中外顯子跳躍、內(nèi)含子保留、5’端剪切位點(diǎn)替換、3’端剪切位點(diǎn)替換的數(shù)量分別為29117和11332,6864和5698,14899和8190,16321和9431個(gè)。(5)囊胚和孵化囊胚篩選出的SNP位點(diǎn)數(shù)量為97620和67471個(gè),且篩選出的SNP類型中轉(zhuǎn)換類突變明顯要多于顛換類突變。測(cè)序結(jié)果中對(duì)基因的結(jié)構(gòu)優(yōu)化結(jié)果為:囊胚期優(yōu)化基因數(shù)為5641個(gè),孵化囊胚優(yōu)化基因數(shù)5904個(gè)。本研究進(jìn)行的綿羊轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析涉及轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析和高級(jí)分析,為綿羊胚胎轉(zhuǎn)錄組的進(jìn)一步研究提供了豐富的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)資料,并且為綿羊胚胎發(fā)育過程中基因的調(diào)控提供了一定理論基礎(chǔ),同時(shí)差異表達(dá)基因的篩選和分析反映了基因的表達(dá)情況,可以為相關(guān)生長(zhǎng)過程中分子調(diào)控機(jī)理的深入研究提供基礎(chǔ)。新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)、可變剪切和SNP位點(diǎn)的篩選拓寬了綿羊轉(zhuǎn)錄組的相關(guān)信息,為進(jìn)一步研究綿羊胚胎發(fā)育尤其是囊胚和孵化囊胚在著床前的過程中的基因調(diào)控提供了數(shù)據(jù)參考。
[Abstract]:Based on RNA-Seq technology, the transcriptome of blastocysts and hatched blastocysts of sheep were sequenced and analyzed. A series of data were obtained and processed. The main results are as follows: (1) High-throughput sequencing of blastocysts and hatched blastocysts by Illumina/Hiseq2000 sequencing platform, filtering, recombination, annotation, etc. 47664034 and 47821016 Clean transcripts were obtained respectively, and the reads compared to the reference genome reached 71.48% and 72.90.1%, respectively. 19318 and 18288 transcripts were obtained from blastocyst and hatched blastocyst transcriptome, respectively, of which 8135 and 7823 transcripts with coverage of 90-100% were obtained, respectively. The differentially expressed genes of blastocyst and hatched blastocyst were estimated to be 2879 new transcripts and 1277 new transcripts respectively. There were 7700 differentially expressed genes in blastocyst and 3129 up-regulated genes in blastocyst -VS- hatching blastocyst. The expression of down-regulated gene 4571. T4) the exon jumps in the types of blastocysts and hatched blastocysts with variable shear. The number of SNP site substitutions at the 3'end of the intron reserved 5 'end splicing sites were 29117 and 11332n6864 and 5698899 and 81908116321 and 9431 respectively) the number of SNP loci screened from blastocysts and hatched blastocysts were 97620 and 67471, respectively. Moreover, the transmutation of SNP was more than that of transverse-class mutation. The results of sequencing showed that the number of optimal genes in blastocyst stage was 5 641 and that of hatching blastocyst was 5 904. The analysis of sheep transcriptome sequencing in this study involves basic data analysis and advanced analysis of transcriptome, which provides abundant basic data for further study of sheep embryo transcriptome. It provides a theoretical basis for the regulation of genes during the development of sheep embryos, and the screening and analysis of differentially expressed genes reflect the expression of genes. It can provide the basis for the further study of molecular regulation mechanism in the process of growth. New transcripts predict that the screening of variable shear and SNP sites broadens the information of sheep transcriptome and provides a data reference for further study on the gene regulation of blastocysts and hatched blastocysts in sheep before implantation.
【學(xué)位授予單位】：新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S826

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 賴良學(xué),鄭瑞珍,秦鵬春,孫方臻;家兔桑椹胚和早期囊胚在飼養(yǎng)層表面的貼壁行為[J];中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào);1997年02期

2 石紅艷;竹中真由美;堀內(nèi)俊孝;;小鼠囊胚的細(xì)胞凋亡:體內(nèi)發(fā)育和體外培養(yǎng)的比較(英文)[J];動(dòng)物學(xué)報(bào);2005年06期

3 汲廣東;李名友;周莉;桂建芳;;斜帶石斑魚囊胚期胚胎和尾芽期胚胎差異表達(dá)基因的篩選及克隆[J];動(dòng)物學(xué)研究;2006年05期

4 樊俊華,魏慶信,華文君,趙浩斌,鄭新民;豬ICM注人囊胚獲得嵌合胚的研究[J];湖北畜牧獸醫(yī);1997年02期

5 吳民耀,竇忠英;小鼠胚胎嵌合的研究[J];西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);1993年S2期

6 高曉虹,李光三,杜淼,馮燕玲,曹明丹,陸德裕,李素文;電脈沖介導(dǎo)金魚囊胚細(xì)胞融合及其發(fā)育能力的研究[J];動(dòng)物學(xué)報(bào);1990年02期

7 鄧緣;洪亞輝;燕海峰;胡雄貴;;雞囊胚細(xì)胞玻璃化冷凍保存技術(shù)的研究[J];湖北畜牧獸醫(yī);2009年11期

8 馮書堂,李紹楷,張?jiān)k,馬自佳,王瑞祥,劉殿魁,魏朝峰,蒲合群,鄭長(zhǎng)有,杜瑞恩;豬冷凍(-20℃)胚胎在我國(guó)移植成功[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);1993年01期

9 安民;;哺乳動(dòng)物的種晸卵移植[J];中國(guó)畜牧獸醫(yī)雜志;1956年04期

10 童第周,葉毓芬;細(xì)胞核的移植[J];動(dòng)物學(xué)報(bào);1963年01期

相關(guān)會(huì)議論文 前1條

1 徐炳森;周穎;吳丹丹;黃學(xué)鋒;葉碧綠;;大鼠囊胚相對(duì)于桑椹胚新表達(dá)的基因研究[A];第二屆全國(guó)不育癥研討會(huì)論文匯編[C];2007年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 后曉南;小鼠囊胚體外侵襲腫瘤細(xì)胞現(xiàn)象的初步解析[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2002年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 畢愛華;囊胚冷凍及凍融過程對(duì)人類囊胚超微結(jié)構(gòu)影響研究[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2006年

2 熊彥娥;維生素A酸對(duì)小鼠囊胚發(fā)育的影響[D];武漢大學(xué);2005年

3 石曉雷;綿羊囊胚和孵化囊胚的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

4 郭通航;小鼠囊胚活檢用于植入前遺傳學(xué)診斷及玻璃化冷凍囊胚的初步實(shí)驗(yàn)研究[D];安徽醫(yī)科大學(xué);2005年

5 李小佳;兔類ES細(xì)胞體外培養(yǎng)體系的優(yōu)化[D];河南農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

6 方明珠;玻璃化冷凍小鼠囊胚的實(shí)驗(yàn)研究[D];鄭州大學(xué);2006年

7 高見紅;活性氧（ROS）對(duì)小鼠早期胚胎染色體數(shù)目及相對(duì)長(zhǎng)度的影響[D];延邊大學(xué);2006年

8 程?hào)|凱;精子DNA碎片對(duì)移植凍融后囊胚結(jié)局的影響[D];吉林大學(xué);2013年

9 付敏;小鼠囊胚玻璃化冷凍研究及超微結(jié)構(gòu)觀察[D];昆明醫(yī)學(xué)院;2006年

10 陳麗;家兔胚胎分割的研究[D];揚(yáng)州大學(xué);2007年

，

本文編號(hào)：1820019