整合REV LTR的自然重組馬立克氏病毒GX0101的全基因組序列分析
本文選題:REV + LTR。 參考:《中國獸藥雜志》2017年10期
【摘要】:GX0101是一株整合禽網(wǎng)狀內(nèi)皮組織增生癥病毒(REV)長末端重復序列(LTR)的重組馬立克氏病病毒(MDV)。基于MDV GX0101的細菌人工染色體感染性克隆利用高通量測序技術完成了對其全基因組的序列分析。GX0101全基因組長178101 bp,其基因組的TRL、UL、IRL、IRS、US和TRS區(qū)分別長12758 bp、113572 bp、12741 bp、12700 bp、11695 bp、13134 bp。與Md5不同,GX0101含有一個sorf2基因。同時,GX0101全基因組含有一個REV LTR重組片段,位于其基因組US區(qū)的sorf1中,sorf2基因前267 bp堿基處。通過與已發(fā)表的近10株MDV的比較,發(fā)現(xiàn)GX0101與英國分離株C12/130的兩個不同毒力的感染性克隆p C12/130-10和p C12/130-15同源性最高。GX0101的全基因組序列的比較分析,有助于進一步闡明MDV致病性、傳播性相關的基因,也有助于揭示不同地域間MDV的遺傳變異和演化關系。
[Abstract]:GX0101 is a recombinant Marek's disease virus that integrates the long terminal repeat sequence of avian reticuloendotheliosis virus (Rev). Bacterial artificial chromosome infection clone based on MDV GX0101 was sequenced by high-throughput sequencing technique. The whole genome length of GX0101 was 178101 BP, and the length of IRS-US and TRS region was 12758 BP, 113572 BP, 12741 BP, 12700 BP, 11695 BP, 13134 BP, respectively. Different from Md5, GX0101 contains a sorf2 gene. At the same time, the whole genome of GX0101 contained a recombinant REV LTR fragment located at the 267bp base of sorf2 gene in the sorf1 of its US region. By comparing with nearly 10 MDV strains published, we found that the comparative analysis of the whole genome sequence of two infectious clones with different virulence, pC12 / 130-10 and pC12 / 130-15, with the highest homology of pC12 / 130-15, between GX0101 and British isolate C12 / 130, was helpful to further elucidate the pathogenicity of MDV. The transmissible genes also help to reveal the genetic variation and evolution of MDV in different regions.
【作者單位】: 山東農(nóng)業(yè)大學動物科技學院;山東省農(nóng)科院;
【基金】:國家自然科學基金青年科學基金項目(31402235)
【分類號】:S852.65
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,本文編號:1793324
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