本文選題：牛　切入點(diǎn)：microRNA　出處：《河北農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：牛不僅具有重要的經(jīng)濟(jì)價(jià)值更有很高的生物價(jià)值。越來(lái)越多的證據(jù)表明,非編碼RNA在轉(zhuǎn)錄后水平對(duì)動(dòng)物的生長(zhǎng)發(fā)育起了很重要的調(diào)節(jié)作用。Micro RNAs(mi RNAs)是一類內(nèi)源性的長(zhǎng)度大約在22nt左右的非編碼單鏈RNA分子,廣泛地分布在動(dòng)、植物及病毒中。它可以通過(guò)與靶基因m RNA的3’UTR區(qū)域堿基互補(bǔ)配對(duì)的方式,來(lái)使靶m RNA發(fā)生降解或者抑制其翻譯。牛mi RNA研究相對(duì)滯后,本研究構(gòu)建了由3月齡胎兒、6月齡胎兒、12月齡青年牛3個(gè)不同生長(zhǎng)時(shí)期的多個(gè)組織混合的mi RNA的c DNA文庫(kù),然后對(duì)3個(gè)文庫(kù)進(jìn)行高通量測(cè)序,結(jié)合生物信息學(xué)方法對(duì)牛的mi RNA進(jìn)行深度挖掘,并通過(guò)莖環(huán)RT-q PCR的方法檢測(cè)了部分mi RNA在3個(gè)不同生長(zhǎng)時(shí)期的組織表達(dá)譜,取得的主要成果如下:構(gòu)建了3個(gè)由處于3種不同生長(zhǎng)時(shí)期的多個(gè)組織mi RNA混合的c DNA文庫(kù),通過(guò)對(duì)3個(gè)文庫(kù)的高通量測(cè)序,分別獲得了24665837,19963158,20286502的原始讀段(raw reads)。經(jīng)過(guò)質(zhì)量控制后,得到高質(zhì)量的reads(mapped reads)的數(shù)量分別為23619093條,18746297條,18455215條。3個(gè)文庫(kù)中得到的mi RNA序列長(zhǎng)度均主要分布在20~24nt,且在22nt處達(dá)到峰值。并且3個(gè)文庫(kù)中的Unique Reads在牛的所有染色體上均有分布。采用mi RDeep程序?qū)y(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析,3個(gè)文庫(kù)中分別獲得了696,646,605個(gè)mi RNAs,其中已知mi RNA的數(shù)量分別為449,435,430個(gè);未知mi RNA的數(shù)量分別為247,211,175個(gè)。采用莖環(huán)法RT-q PCR對(duì)9個(gè)mi RNAs進(jìn)行了組織表達(dá)譜研究,發(fā)現(xiàn)bta-mi R-1、bta-mi R-133、bta-mi R-206在背最長(zhǎng)肌和心肌中特異性表達(dá),bta-mi R-378在背最長(zhǎng)肌中特異性表達(dá),bat-mi R-338、bta-mi R-421、bta-mi R-2453、Novel_mi R-381、Novel_mi R-86在3月齡胎兒的各個(gè)組織中均有不同程度的表達(dá),在6月齡胎兒和青年時(shí)期時(shí)僅在個(gè)別組織中表達(dá)。本研究通過(guò)對(duì)3個(gè)c DNA文庫(kù)的高通量測(cè)序并結(jié)合生物信息學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)了大量的牛mi RNA序列,同時(shí)鑒定了部分mi RNA的表達(dá)譜,為后續(xù)牛的基因組學(xué)相關(guān)研究奠定了理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:Cattle have not only important economic value, but also high biological value. There is growing evidence that, Non-coding RNA plays an important role in regulating the growth and development of animals at post-transcriptional level. Micro RNAs(mi RNs are a class of non-coding single-stranded RNA molecules with endogenous length about about 22nt, which are widely distributed in animals. In plants and viruses, it can degrade or inhibit the translation of target m RNA by complementing the 3'UTR region of the target gene m RNA. In this study, we constructed the c DNA library of mi RNA mixed from three tissues of 3-month-old fetal / 6-month-old young cattle at 12 months of age, and then carried out high-throughput sequencing of the three libraries. In combination with bioinformatics method, the deep mining of bovine mi RNA was carried out, and the tissue expression profiles of partial mi RNA in three different growth stages were detected by means of RT-q PCR of stem ring. The main results are as follows: three c DNA libraries mixed with mi RNA in three different growth stages were constructed. By high-throughput sequencing of the three libraries, the original reading segment of 24665837 / 1996315820286502 was obtained. The number of high quality reads(mapped was 23619093. The length of mi RNA sequence from the three libraries was mainly distributed in 20 ~ 24nt, and reached a peak value at 22nt. The Unique Reads of the three libraries was found on all chromosomes of cattle. The results of sequencing were analyzed by using mi RDeep program. 696646605 mi RNAss were obtained from 3 libraries, among which the number of known mi RNA was 449435430; The number of unknown mi RNA was 247211175. The tissue expression profiles of 9 mi RNAs were studied by RT-q PCR with stem ring method. It was found that bta-mi R-1 bta-mi R-133n bta-mi R-206 was specifically expressed in the longissimus dorsi muscle and myocardium and bta-mi R-378 was expressed specifically in the longissimus dorsi muscle. In this study, a large number of bovine mi RNA sequences were identified by high-throughput sequencing of three c DNA libraries and bioinformatics analysis, and partial expression profiles of mi RNA were also identified. It lays a theoretical foundation for further studies on bovine genomics.
【學(xué)位授予單位】：河北農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S823

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本文編號(hào)：1661017