本文選題：牦牛　切入點：miR-　出處：《中國畜牧獸醫(yī)》2017年09期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：本研究利用相關(guān)生物信息學(xué)軟件和數(shù)據(jù)庫對牦牛miR-101進行了靶基因預(yù)測與生物信息學(xué)分析。通過高通量測序獲取牦牛miR-101的序列,并分析其序列保守性;選取TargetScan、miRanda、PicTar預(yù)測結(jié)果的交集并結(jié)合miRTarbase中已證實的靶基因集合,取二者并集,采用BINGO和DAVID數(shù)據(jù)庫獲得靶基因集合的本體注釋,進行GO功能富集及Pathway信號通路富集分析。結(jié)果顯示,miR-101序列在各物種間高度保守,miR-101調(diào)控的靶基因GO功能富集主要包括多細胞生物體發(fā)育、發(fā)育過程、系統(tǒng)發(fā)育、解剖結(jié)構(gòu)發(fā)育、器官發(fā)育等基本生物學(xué)過程和蛋白連接、轉(zhuǎn)錄因子活性等分子功能;靶基因存在于細胞各個組分中,包括細胞質(zhì)、細胞核、細胞器中;信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路顯著富集于MAPK信號通路(MAPK signaling pathway)、黏著斑(focal adhesion)、ErbB信號通路(ErbB signaling pathway)、Wnt信號通路(Wnt signaling pathway)、TGF-beta信號通路(TGF-beta signaling pathway)和mTOR信號通路(mTOR signaling pathway)中(P0.05)。通過對牦牛miR-101靶基因的生物信息學(xué)分析,為進一步研究miR-101在牦牛肌肉發(fā)育中的作用奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:This study uses bioinformatics software and database of the yak miR-101 target gene prediction and bioinformatics analysis. The sequence of acquisition of yak miR-101 by high-throughput sequencing, and analysis of its sequence conservation; selection of TargetScan, miRanda, PicTar the prediction results of the intersection and binding to the target gene miRTarbase has been confirmed in the collection of two two, get the target gene ontology annotation set using BINGO and DAVID database, and Pathway signal pathway enrichment of GO functional enrichment analysis. The results showed that the miR-101 sequence was highly conserved in all species, the miR-101 gene GO enrichment including multicellular organism development, development process, system development, anatomical structure development, organ the development of basic biological processes and protein connection, transcription factor activity and molecular function; exist in different parts of cells in the target genes, including cell Matter, nuclei, cell organelles; signal transduction pathways were enriched in the signal pathway of MAPK (MAPK signaling pathway), focal adhesion (focal adhesion), ErbB (ErbB signaling pathway) signaling pathway, Wnt signaling pathway (Wnt signaling pathway), TGF-beta signaling pathway (TGF-beta signaling pathway) and mTOR (mTOR signaling signal pathway pathway) in (P0.05). Through the biological information of yak miR-101 target gene analysis, which lays a foundation for further study of miR-101 in Yak muscle development in the role.

【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蘭州畜牧與獸藥研究所;甘肅省牦牛繁育重點實驗室;甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);
【基金】：現(xiàn)代肉牛牦牛產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系(CARS-38) 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院創(chuàng)新工程項目(CAAS-ASTIP-2014-LIHPS-01)
【分類號】：Q811.4;S823.85

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本文編號：1622076