本文選題：種質(zhì)特性　切入點(diǎn)：基因組測(cè)序　出處：《西南大學(xué)》2017年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：太湖豬是中國著名的地方豬品種,具有獨(dú)特的種質(zhì)特性,主要表現(xiàn)在高繁殖性能,以及肉質(zhì)好、耐粗飼等,特別是其繁殖性能,享譽(yù)世界,因此太湖豬被譽(yù)為我國“國寶”,并受到了國內(nèi)外養(yǎng)豬生產(chǎn)者和遺傳育種研究者們高度關(guān)注。然而太湖豬特有種質(zhì)特性的遺傳機(jī)制目前并不清楚,相關(guān)的研究也比較少,其中也包括重要表型種質(zhì)特征和高繁生產(chǎn)性能的功能基因、或基因組區(qū)域等方面都有待進(jìn)一步的解析和驗(yàn)證。本研究應(yīng)用全基因組重測(cè)序技術(shù)對(duì)4個(gè)組別的豬品種群體進(jìn)行了測(cè)定分析,即無血緣關(guān)系的12頭太湖豬(6頭二花臉豬和6頭楓涇豬)、12頭杜洛克豬、12頭長(zhǎng)白豬、以及12頭其他中國地方豬種(6頭滇南小耳豬和6頭藏豬),獲得了測(cè)序深度達(dá)10X,有效數(shù)據(jù)總量為119Gb的全基因組重測(cè)序數(shù)據(jù)。經(jīng)過與豬參考基因組序列(Sus scrofa 10.2.75)的對(duì)比分析,共獲得2100萬多個(gè)SNPs和260萬余個(gè)InDels變異信息,發(fā)現(xiàn)其中的2511464個(gè)SNP和362974個(gè)InDel是太湖豬獨(dú)有的變異。對(duì)4個(gè)測(cè)定組之間的基因組變異信息進(jìn)行比對(duì)分析,該方法采用的選擇窗口大小為100 kb,滑動(dòng)步長(zhǎng)為50 kb的滑動(dòng)窗口,應(yīng)用雜合度和群體固定指數(shù)等參數(shù)進(jìn)行了選擇性清除的研究,獲得了與太湖豬種質(zhì)特性相關(guān)的候選基因360個(gè)。經(jīng)過GO富集分析和KEGG通路分析,發(fā)現(xiàn)了這些基因主要涉及到繁殖過程、牙齒發(fā)育、油脂代謝、膠原蛋白代謝以及神經(jīng)發(fā)育負(fù)調(diào)節(jié)等生物過程以及卵巢類固醇生成代謝通路,特別值得關(guān)注的是發(fā)現(xiàn)了太湖豬高繁殖性能相關(guān)的重要功能基因,如BMPR1B和BMP15等,這為進(jìn)一步解析和完善了太湖豬高繁力種質(zhì)特性的分子機(jī)制提供了一個(gè)新途徑。經(jīng)過mapping分析,確定了與太湖豬種質(zhì)特性關(guān)聯(lián)的43個(gè)候選區(qū)域在染色體的位置。本研究從基因組水平揭示了43個(gè)特有區(qū)域是太湖豬種質(zhì)特性的分子基礎(chǔ),360個(gè)功能基因是主要控制太湖豬種質(zhì)特性的分子機(jī)制。
[Abstract]:Taihu pig is a famous local pig breed in China. It has unique germplasm characteristics, mainly manifested in its high reproductive performance, good meat quality and forage tolerance, etc., especially its breeding performance. Therefore, Taihu pig is regarded as the "national treasure" of our country, and has been highly concerned by domestic and foreign pig producers and researchers of genetics and breeding. However, the genetic mechanism of specific germplasm characteristics of Taihu pig is not clear, and the related research is relatively few. It also includes important phenotypic germplasm characteristics and functional genes for high propagation performance. In this study, the whole genome sequencing technique was used to determine and analyze the four groups of pig breeds. That is, 12 unrelated Taihu pigs, 6 Erhualian pigs and 6 Fengjing pigs, 12 Duroc pigs and 12 Landrace pigs. And 12 other Chinese local pig breeds, 6 Diannan small ear pigs and 6 Tibetan pigs, obtained the whole genome re-sequencing data with a depth of 10X and a total effective data of 119Gb. The results were compared with the reference genomic sequence Sus scrofa 10.2.75. More than 21 million SNPs and more than 2.6 million InDels variants were obtained, of which 2511464 SNP and 362974 InDel were found to be unique to Taihu pigs. In this method, the selected window size is 100kb, the sliding step is 50kb, and the parameters such as heterozygosity and population fixed index are used to study the selective clearance. 360 candidate genes related to the characteristics of Taihu pig germplasm were obtained. Through go enrichment analysis and KEGG pathway analysis, it was found that these genes were mainly involved in reproduction, tooth development and lipid metabolism. Biological processes such as collagen metabolism, negative regulation of nerve development and ovarian steroid production metabolic pathway are of particular interest in the discovery of important functional genes related to high reproductive performance in Taihu pigs, such as BMPR1B and BMP15. This provides a new way to further analyze and improve the molecular mechanism of the high fertility germplasm of Taihu pig. The location of 43 candidate regions associated with the characteristics of Taihu pig germplasm was determined. This study revealed from the genomic level that 43 specific regions were the molecular basis of the characteristics of Taihu pig germplasm, and 360 functional genes were the main control. Molecular Mechanism of Germplasm characteristics of Taihu Pig.
【學(xué)位授予單位】：西南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S828

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1559825