從江香豬DRD1基因多態(tài)及其生物信息學分析
本文關鍵詞: 從江香豬 DRD基因 多態(tài)性 生物信息學 出處:《基因組學與應用生物學》2017年02期 論文類型:期刊論文
【摘要】:為揭示豬DRD1基因多態(tài)性,本研究以從江香豬為研究對象,以外三元(杜×長×大)雜交豬及貴州宗地花豬為對照,采用DNA池和直接測序技術,篩查DRD1基因所有外顯子區(qū)SNPs位點;利用生物信息學軟件估算等位基因頻率并預測SNPs位點對m RNA二級結構的影響。結果表明,在DRD1基因中共篩查到1個SNPs位點,位于5'UTR區(qū)為T-182G;從等位基因頻率角度分析,從江香豬與貴州宗地花豬估算得到的等位基因頻率較一致,與外三元(杜×長×大)雜交豬卻存在較大差異;利用RNA secondary structure prediction軟件預測,發(fā)現(xiàn)m RNA二級結構發(fā)生明顯變化
[Abstract]:In order to reveal the polymorphism of porcine DRD1 gene, we used Congjiang Xiang pig as the research object, Waiyuan (du 脳 Chang 脳 Da) crossbred pig and Guizhou Zongdi Hua pig as control, using DNA pool and direct sequencing technique to screen SNPs loci in all exons of DRD1 gene. The allele frequency was estimated by bioinformatics software and the influence of SNPs locus on the secondary structure of m RNA was predicted. The results showed that one SNPs locus was screened out of the DRD1 gene, which was located at T-182G in the 5G UTR region. The frequency of alleles estimated in Congjiang Xiang pig and Guizhou Zongdihua pig was consistent, but there was a great difference between the two breeds, and the secondary structure of m RNA was obviously changed by using RNA secondary structure prediction software.
【作者單位】: 貴州大學高原山地動物遺傳育種與繁殖省部共建教育部重點實驗室貴州省動物遺傳育種與繁殖重點實驗室貴州大學動物科學學院;貴州省生豬健康養(yǎng)殖工程技術研究中心;
【基金】:貴州省工程中心建設項目(黔科合農C字[2011]4022號) 貴州大學引進人才科研項目提高香豬產仔數(shù)及仔豬成活率關鍵技術研究與應用” 貴大人基合字2013(21)號共同資助
【分類號】:S828
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本文編號:1544994
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