本文關(guān)鍵詞： 寧夏 禽流感 流行病學(xué)調(diào)查 風(fēng)險因素分析 遺傳變異 TaqMan探針 熒光RT-PCR　出處：《甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)》2017年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：禽流感(avian Influenza,AI)是由禽流感病毒(Avian influenza viruse,AIV)引起的一種禽類疾病綜合征。該病毒屬于正黏病毒科(Orthomyxoviridae)甲型流感病毒屬(Influenzavirus A),呈世界性分布,能感染許多的禽類。水禽是禽流感病毒的貯存庫,一旦禽流感病毒從水禽傳播給家禽,可引起致死性的疾病毀滅性的后果。還有一少部分禽流感病毒可由禽類傳播給人,甚至導(dǎo)致人的死亡。因此,開展禽流感流行病學(xué)調(diào)查和分子遺傳進化分析研究,對禽流感的防控及人-禽間的流感大流行預(yù)測具有重要意義。本研究通過利用簡單隨機的抽樣方法,對寧夏2013~2015年采集的33個規(guī)模場、9個活禽市場和3個屠宰場的2700份血清以及18個市場(次)、143個養(yǎng)殖場、5個屠宰場共計297個家禽群體的5840份樣品,分別進行血清學(xué)和病原學(xué)檢測,同時利用統(tǒng)計學(xué)方法對規(guī)模場禽流感的感染風(fēng)險因素進行分析。血清學(xué)檢測結(jié)果表明,H5和H9亞型禽流感免疫抗體總體個體合格率分別為84.41%和94.3%,場群合格率分別為86.67%和98.89%;規(guī)模場免疫抗體水平總體高于活禽市場和屠宰場;H7亞型禽流感感染抗體個體陽性率和場群陽性率均為0。病原學(xué)檢測結(jié)果表明,各監(jiān)測場點主要以H9亞型禽流感病原為主。此外,在1個縣的規(guī)模場檢測到了H5N6亞型高致病性禽流感,在1個市場中檢測到了H7N9亞型禽流感,在1個野鳥棲息地中檢測到了H3N2亞型禽流感;10月份至次年5月份是病毒的活躍期;從不同監(jiān)測品種來看,黃羽肉雞病原學(xué)陽性高于其它品種的禽類;從不同地區(qū)檢測結(jié)果來看,各地均檢測到了禽流感病毒,其中,中衛(wèi)市和固原市為禽流感流行的主要區(qū)域。規(guī)模場感染風(fēng)險因素分析表明,執(zhí)行全進全出制度、安裝嚴密的防鳥網(wǎng)、病死禽及時無害化處理、單批次養(yǎng)殖、人員出入嚴格消毒、不進出活禽市場和不與外部人員接觸可以有效預(yù)防規(guī)模場禽流感的感染;利用logistic回歸建立回歸模型,并繪制ROC曲線,結(jié)果表明,模型擬合度和預(yù)測規(guī)模場禽流感傳播風(fēng)險的能力均較好。利用暴發(fā)調(diào)查方法,對一起規(guī)模場肉雜雞感染H5N6亞型禽流感病毒疫情開展了緊急流行病學(xué)調(diào)查。結(jié)果表明,引起此次疫情的原因是,由攜帶有H5N6亞型禽流感的野鳥傳播給散養(yǎng)肉雜雞后,經(jīng)過養(yǎng)殖場人員與病死禽接觸將疫情帶入該規(guī)模場。對該起疫情通過緊急撲殺和無害化處理后,有效控制了本病的傳播和蔓延。針對調(diào)查結(jié)果,建議養(yǎng)殖場應(yīng)加強生物安全建設(shè),轉(zhuǎn)變飼養(yǎng)模式,依法科學(xué)開展養(yǎng)殖;同時政府應(yīng)加大科技研發(fā)的投入產(chǎn)出力度,推動科技工作者及時研制高效匹配的疫苗,以用于禽流感的防控。為了研究寧夏禽流感病毒遺傳進化特性,對分離的16株禽流感病毒開展了HA基因的遺傳進化分析。結(jié)果顯示,分離的1株野鳥源H3N2亞型禽流感與蒙古國A/duck/Mongolia/199/2015(H3N8)株的核苷酸同源性為最高,為98.6%,提示該毒株由外源傳入;分離的1株H5N6亞型禽流感病毒屬于Clad 2.3.4.4分支,較2015年之前在寧夏分離到的3株H5亞型禽流感毒核苷酸同源性發(fā)生了很大的變異,提示要及時利用匹配的疫苗來開展預(yù)防和控制;分離到1株H7N9流感病毒與2013新發(fā)H7N9亞型流感病毒的表面基因高度相似,與人源代表株A/Anhui/1/2013(AH/1)的HA基因的核苷酸同源性同樣高度相似,達到98.7%,提示要密切加強對該病毒的監(jiān)測,關(guān)注此類病毒變異情況;分離的13株H9N2亞型禽流感病毒與疫苗毒株的核苷酸同源性在88.7%~91.4%之間,說明分離到的H9亞型毒株的HA基因序列已經(jīng)發(fā)生了變異,推測當(dāng)前使用的疫苗難以起到有效的保護作用。同時,為滿足禽流感病毒的檢測需要,本研究建立了H5和H9亞型禽流感病毒TaqMan MGB熒光RT-PCR檢測方法。與病毒分離鑒定、商品化試劑盒一致性檢驗結(jié)果相比,本研究建立的H5亞型和H9亞型禽流感病毒TaqMan MGB探針熒光RT-PCR檢測方法特異性強,敏感性高,能快速、準確地檢測禽咽喉-泄殖腔拭子、病理組織和糞便中H5和H9亞型禽流感病毒核酸,可為禽流感診斷、疫病監(jiān)測、流行病學(xué)調(diào)查等方面提供有力的科學(xué)依據(jù)。
[Abstract]:Avian influenza (avian Influenza, AI) by avian influenza virus (Avian influenza, viruse, AIV) a poultry disease caused by the syndrome. The virus belongs to the Orthomyxoviridae (Orthomyxoviridae) influenza A virus (Influenzavirus A), with a worldwide distribution, can infect many birds. Waterfowl storage bird influenza virus, avian influenza virus from birds once spread to poultry, can cause fatal disease with devastating consequences. There is a small part of the bird flu virus from poultry to human transmission, even cause people's death. Therefore, to carry out bird flu epidemiological investigation and molecular phylogenetic analysis research on avian influenza the prevention and control of avian and human influenza pandemic the prediction has important significance. This research by using simple random sampling method, the Ningxia 2013~2015 acquisition of 33 field scale, 9 live poultry markets and 3 slaughter 2700 blood Clear and 18 markets (Times), 143 farms, 5840 samples of 5 slaughterhouses totaling 297 poultry populations, respectively, serological and pathogenic detection, and use the statistical method to the scale of flu infection risk factors were analyzed. The serological detection results show that H5 and H9 subtype of avian influenza antibody individual overall pass rates were 84.41% and 94.3%, a group of qualified rate were 86.67% and 98.89%; the scale of the field level of antibody is higher than that of the live poultry market and slaughterhouse; the positive rate of antibody positive rate of group and individual field infection of H7 avian influenza are 0. pathogen detection results show that the monitoring points mainly H9 subtype avian influenza pathogen. In addition, the scale of field detection in the 1 counties of the H5N6 subtype of highly pathogenic avian influenza, in 1 the market was detected in the H7N9 subtype of avian influenza, in 1 wild bird habitats were detected in H3N2 subtype Avian influenza virus; from October to May is the period of active monitoring; from different species, was higher than that of the other varieties of pathogen of Huang Yu broiler poultry; from the detection results of different regions, all were detected in the avian influenza virus, the central city and Guyuan city as the main area. The scale of the field of avian influenza infection the risk factor analysis showed that the implementation of the whole system installed in all out, bird proof rigorous, poultry timely harmless treatment, single batch culture, personnel entry and strict disinfection, no import of live bird markets and contact with external personnel can effectively prevent infection of avian influenza field scale; regression using logistic regression models, and draw the results show that the ROC curve model fitting and prediction of field scale spread of avian influenza risk ability are good. The outbreak investigation method, on field scale of chickens infected with H5N6 avian influenza The virus carried out emergency epidemiological investigation. The results showed that the cause of the outbreak is carried by wild birds spread of H5N6 avian influenza to backyard chickens, and poultry farms through personnel contact will be brought into the field of epidemic scale. The epidemic through emergency culling and harmless treatment after the control of the spread of the disease and spread effectively. According to the results of the survey, suggestions of farms should strengthen the biological safety construction, change the feeding mode, in accordance with the law to carry out scientific breeding; at the same time the government should increase the input and output of science and technology research and development efforts to promote the development of high technology workers timely, vaccine for the prevention and control of avian influenza in order to. Study on the genetic characteristics of avian influenza virus in Ningxia, on 16 strains of avian influenza virus to carry out genetic evolution analysis of HA gene. The results showed that 1 strains isolated from wild birds in the H3N2 subtype of avian flu and Mongolia The ancient A/duck/Mongolia/199/2015 (H3N8) nucleotide homology was the highest, 98.6%, suggesting that the strain by exogenous afferents; 1 strains of H5N6 subtype avian influenza virus belongs to the Clad 2.3.4.4 branch in Ningxia before 2015, compared with 3 isolated strains of H5 subtype avian influenza virus nucleotide homology has great variation, suggesting that to timely use, vaccine to carry out prevention and control; surface genes isolated from 1 strains of H7N9 influenza virus and 2013 new H7N9 influenza viruses are highly similar, and human strains A/Anhui/1/2013 (AH/1) HA gene nucleotide homology is also highly similar to 98.7%, suggesting that closely to strengthen the monitoring of the virus, paid attention to this kind of virus mutation; 13 strains of H9N2 subtype avian influenza virus vaccine strain and the nucleotide homology between 88.7%~91.4%, HA gene sequence from H9 strains Has been changed, that vaccines currently in use is difficult to play an effective role in the protection. At the same time, in order to meet the needs of detection of avian influenza virus, this study established a method for the determination of H5 and H9 subtype avian influenza virus TaqMan MGB fluorescence RT-PCR. Identification and virus isolation, commercial kit consistency test results compared this study established a method for detection of H5 subtype and H9 subtype avian influenza virus TaqMan MGB RT-PCR fluorescent probe has strong specificity, high sensitivity, fast and accurate detection of avian throat - cloacal swabs, H5 and H9 subtype avian influenza virus nucleic acid pathological tissues and feces, for the diagnosis of avian influenza, epidemic monitoring and provide the scientific basis for epidemiological investigation.

【學(xué)位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S855.3

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本文編號：1513250