發(fā)布時(shí)間：2018-02-15 01:51

  本文關(guān)鍵詞： 川中黑山羊 瘤胃纖毛蟲 種群結(jié)構(gòu) 多樣性 MiSeq測(cè)序　出處：《動(dòng)物營(yíng)養(yǎng)學(xué)報(bào)》2017年05期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：本試驗(yàn)旨在應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)研究川中黑山羊瘤胃纖毛蟲種群結(jié)構(gòu)。選取3只4月齡川中黑山羊[體重(15.53±0.21)kg],正常飼喂20 d后采集瘤胃液(A)樣品,間隔40 d后再次采集瘤胃液(F)樣品,提取樣品總DNA后,擴(kuò)增真核生物18S rRNA V4區(qū),擴(kuò)增產(chǎn)物使用Illumina MiSeq平臺(tái)測(cè)序。結(jié)果表明:1)共獲得高質(zhì)量有效序列242 321條,聚類后得1 650個(gè)操作分類單位(OTU)。2)A樣品、F樣品在alpha多樣性Chao、ACE、Shannon和Simpson指數(shù)上,差異不顯著(P0.05)。3)在綱水平分類上,2個(gè)時(shí)間點(diǎn)樣品相對(duì)豐度最高的均為纖毛門,側(cè)口綱(A樣品為46.0%、F樣品為44.7%),2個(gè)樣品的相對(duì)豐度差異不顯著(P0.05)。4)在科水平分類上,A樣品優(yōu)勢(shì)科為頭毛科(31.8%),其次為均毛科(14.2%);F樣品優(yōu)勢(shì)科為頭毛科(42.8%);并且F樣品頭毛科相對(duì)豐度顯著高于A樣品(P0.05),A樣品均毛科相對(duì)豐度顯著高于F樣品(P0.05)。5)在屬水平分類上,A樣品與F樣品相對(duì)豐度最高的屬均為多加多泡雙毛屬(A樣品為20.9%、F樣品為25.4%),無(wú)顯著差異(P0.05);存在顯著性差異的屬是均毛屬、頭毛屬、腹甲雙毛屬、刺甲雙毛屬相對(duì)豐度,其中A樣品均毛屬(14.1%vs.1.9%)、腹甲雙毛屬相對(duì)豐度(2.8%vs.1.5%)顯著高于F樣品(P0.05),而頭毛屬(6.7%vs.12.5%)、刺甲雙毛屬相對(duì)豐度(0.3%vs.2.5%)顯著低于F樣品(P0.05)。本試驗(yàn)結(jié)果表明,幼齡川中黑山羊瘤胃液纖毛蟲相對(duì)豐度最高的種屬為多加多泡雙毛屬,瘤胃中還有許多未被分類鑒定且相對(duì)豐度較高的真核生物,需要進(jìn)一步研究
[Abstract]:The purpose of this study was to study the population structure of rumen ciliates of black goats in Chuanzhong by high-throughput sequencing. Three four-month-old black goats [weight 15.53 鹵0.21kg] were collected from rumen fluid after 20 days of normal feeding. After 40 days' interval, the rumen fluid F) samples were collected again, the total DNA of the sample was extracted, the 18 S rRNA V4 region of eukaryote was amplified, and the amplified product was sequenced using Illumina MiSeq platform. The results showed that the high quality effective sequence 242321 was obtained. After clustering, 1 650 samples of OTU. 2A and F were not significantly different in the alpha diversity of ACEN Shannon and Simpson. 3) in class level classification, the highest relative abundance of samples at two time points was phylum ciliata. The relative abundance of the two samples was 44.70.The relative abundance of the two samples was not significant (P0.05n.4) in the level classification, the dominant family of sample A was 31.8%, the next was the dominant family of Cephalopodiaceae 14.2%, the dominant family of F sample was 42.8%; and the dominant family of the F sample was Cephalopodiaceae 42.8%, and the dominant family of sample A was Cephalopodiaceae 31.8%, and the dominant family of F sample was Cephalopodiaceae 42.8%. The relative abundance of P0.05A sample is significantly higher than that of F sample P0.05U 路5) the highest relative abundance between A sample and F sample is 20.9% F sample, no significant difference is found in the taxonomy of genus A and F sample in the taxonomy of the genus P0.05. 5) the relative abundance of P0.05A sample is significantly higher than that of sample F sample P0.05. 5) on the taxonomic level, the highest relative abundance of samples A and F is 20.9U / F, with no significant difference. There was significant difference in the genus P0.05, and the genus in which there was a significant difference in the genus P0.05. The relative abundance of the genus Cephalocephala, the genus Bimodendron and the genus Bimodendron, The relative abundance of P0.05A was significantly higher than that of F sample P0.05, while the relative abundance of Cephalocephala 6.7vs.12.5was significantly lower than that of F sample P0.055.The results showed that the relative abundance of P0.05 was significantly lower than that of F sample P0.05. The highest relative abundance of rumen ciliates in young Sichuan black goats is the genus Polyvesicular, and there are many eukaryotes in the rumen which have not been classified and identified and have relatively high abundance. It needs further study.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物醫(yī)學(xué)院動(dòng)物疫病與人類健康四川省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室環(huán)境公害與動(dòng)物疾病四川省高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：“長(zhǎng)江學(xué)者和創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)發(fā)展計(jì)劃”創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目(IRT0848) 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)雙支計(jì)劃(03572070)
【分類號(hào)】：S827

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