本文關(guān)鍵詞： 五指山豬 線粒體基因組全序列 線粒體控制區(qū)序列 系統(tǒng)進(jìn)化分析 遺傳多樣性 起源　出處：《海南大學(xué)》2015年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：本文測定了五指山豬、臨高豬、文昌豬和海南野豬的線粒體基因組全序列,并對五指山豬的線粒體基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析和詳細(xì)的描述。同時,結(jié)合已公布的部分地方豬種及野豬的線粒體基因組全序列信息,基于12個蛋白編碼基因序列對野豬種內(nèi)動物進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系分析,探討五指山豬的起源和系統(tǒng)地位。此外,本文測定了一定數(shù)量的五指山豬、臨高豬、文昌豬和海南野豬樣本的線粒體控制區(qū)全序列,并對五指山豬的線粒體控制區(qū)結(jié)構(gòu)和變異進(jìn)行詳細(xì)的分析,探討五指山豬種群內(nèi)遺傳多樣性和遺傳分化。結(jié)合其他地方豬種和野豬的線粒體控制區(qū)序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹并進(jìn)行Network網(wǎng)絡(luò)分析,對五指山豬的起源進(jìn)行推測。本文基于線粒體DNA對五指山豬進(jìn)行起源和演化研究,旨在為這一瀕危物種的保護(hù)及進(jìn)一步開發(fā)和利用提供分子學(xué)依據(jù)。主要研究結(jié)果如下： 1、采用PCR及TA克隆雙向測序技術(shù),獲得五指山豬、臨高豬、文昌豬和海南野豬線粒體基因組全序列,其中,臨高豬和文昌豬的線粒體基因組全序列為首次獲得。對五指山豬線粒體基因組全序列分析結(jié)果表明：五指山豬線粒體基因組序列全長16689bp,堿基組成為A34.7%、C26.2%、G13.3%、T25.8%,包含13個蛋白編碼區(qū),2個rRNA,22個tRNA和1個非編碼控制區(qū)(D-Loop區(qū))。13個蛋白質(zhì)編碼基因中ND2、ND3和ND5起始密碼子為ATA, D4L起始密碼子為GTG,其余均為ATG。蛋白編碼基因ND1和ND2終止密碼子為TAG,Cyt b終止密碼為AGA, COXⅡ、COX Ⅲ、ND3和ND4的終止信號為不完全密碼子T,其余均為TAA。五指山豬蛋白編碼基因與其他四種小型豬最明顯的差異存在于ND2和ND5。22個tRNA中除tRNASer(AGY)缺少DHU臂外,其余tRNA均可形成典型三葉草結(jié)構(gòu)。線粒體控制區(qū)全長1254bp,含有22個長度為10bp的串聯(lián)重復(fù)序列"ACGTGCGTAC"。 2、基于線粒體基因組12個蛋白編碼基因序列對五指山豬進(jìn)行野豬種內(nèi)系統(tǒng)進(jìn)化和網(wǎng)絡(luò)關(guān)系分析,結(jié)果表明野豬種內(nèi)分為亞洲和歐洲兩大板塊,其中亞洲板塊明顯分為家豬和野豬兩大支,五指山豬屬于野豬種內(nèi)的家豬亞種,與其他豬種相比進(jìn)化較晚。 3、試驗測得五指山豬D-Loop區(qū)全長在1254-1335bp之間,串聯(lián)重復(fù)區(qū)由不同個數(shù)的10bp長度序列‘'ACGTGCGTAC"組成,部分樣本保守序列出現(xiàn)了長度為11bp的‘'TTATAAAACAC"序列,與前面的序列形成了一個重復(fù)。保守序列的變異同串聯(lián)重復(fù)序列中重復(fù)序列數(shù)的不同共同導(dǎo)致了控制區(qū)長度的差異,同時保守序列變異將五指山豬分為兩類,與五指山豬種內(nèi)系統(tǒng)進(jìn)化樹分類結(jié)果基本相同。 4、56條五指山豬線粒體控制區(qū)序列分為13個單倍型,存在14個變異位點,單倍型多樣度(Hd)和核苷酸多樣度(Pi)分別為0.838、0.00334,遺傳多樣性較高。變異位點278、404和451的轉(zhuǎn)換較為突出,3個位點將五指山豬分為兩組,與保守序列區(qū)變異所分的兩個類型基本相對應(yīng),變異位點240、300和559又可將無保守序列區(qū)變異的樣本分為兩組。五指山豬線粒體控制區(qū)保守序列區(qū)的變異及5’端的6個變異位點(240、278、300、404、451、559位點)可以作為遺傳標(biāo)記應(yīng)用于五指山豬的分類和遺傳進(jìn)化研究。五指山豬種群Tajima's D值為0.39502,經(jīng)檢驗不顯著(P0.10)且核苷酸不配對分析結(jié)果呈多峰狀,表明整個種群處于較為平穩(wěn)的狀態(tài)。 5、基于線粒體基因組12個蛋白編碼基因序列和線粒體控制區(qū)序列構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹和網(wǎng)絡(luò)關(guān)系分析表明亞洲和歐洲為兩個獨立的家豬馴化中心,五指山豬有兩個母系起源,分別位于長江流域和中國南方地區(qū)。五指山豬、文昌豬、臨高豬起源于不同的內(nèi)陸地方豬種,五指山豬的優(yōu)勢單倍型與藍(lán)塘豬親緣關(guān)系最近。五指山豬種內(nèi)系統(tǒng)進(jìn)化樹中位于兩大分支的群體計算得到的固定指數(shù)(Fst)為0.49492(P0.001),說明五指山豬種內(nèi)存在極顯著的分化。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：海南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S828

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 黃麗麗;;淺談五指山豬保種現(xiàn)狀、存在問題及對策[J];安徽農(nóng)學(xué)通報;2007年18期

2 秦愛萍;二甲基亞砜對五指山豬精子運動速度的影響[J];中國獸醫(yī)科技;2002年10期

3 鄭彥;五指山豬實驗用近交系及分子遺傳學(xué)研究的新突破[J];中國農(nóng)村科技;2005年07期

4 王希龍,歐江濤,黃禮光,郭春華,鐘金城,李小成,王峰,鄭心力;海南五指山豬遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[J];生物多樣性;2005年01期

5 黃禮光,王希龍,歐江濤,郭春華,李小成,王峰,鄭心力;應(yīng)用多重PCR和基因掃描技術(shù)對五指山豬13個家系32個微衛(wèi)星基因座的遺傳分析[J];遺傳;2005年01期

6 ;“五指山豬實驗用近交系培育及分子遺傳學(xué)基礎(chǔ)研究”成果通過鑒定[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報;2005年05期

7 葉保國;;開發(fā)前景廣闊的小型特色豬——五指山豬[J];農(nóng)村百事通;2007年07期

8 王峰;魏立民;鄭心力;孫瑞萍;;海南五指山豬生長發(fā)育性能測定試驗[J];豬業(yè)科學(xué);2009年05期

9 王峰;魏立民;鄭心力;孫瑞萍;;海南五指山豬生長發(fā)育性能測定研究[J];養(yǎng)豬;2009年03期

10 魏帥;馬靜;魏益民;郭波莉;師俊玲;王兆丹;馮書堂;;鉛在五指山豬組織器官中的分布與積累研究[J];環(huán)境科學(xué)學(xué)報;2009年10期

相關(guān)會議論文 前10條

1 袁文;王靜;羅琴芳;劉香梅;閔凡貴;潘金春;張鈺;王希龍;黃韌;;五指山豬封閉群和近交群的微衛(wèi)星遺傳分析[A];第十二次全國畜禽遺傳標(biāo)記研討會論文集[C];2010年

2 孫瑞萍;王峰;魏立民;晁哲;;五指山豬資源保護(hù)與開發(fā)利用[A];中國地方豬種保護(hù)與利用第十屆年會論文集[C];2013年

3 歐江濤;黃禮光;王希龍;郭春華;李小成;王峰;鄭心力;;五指山豬核心群32個微衛(wèi)星基因座的遺傳學(xué)分析[A];全國首屆動物生物技術(shù)學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2004年

4 成鋼;馮書堂;牟玉蓮;;五指山豬近交系精原干細(xì)胞體外分離、培養(yǎng)實驗研究[A];第一屆中國養(yǎng)豬生產(chǎn)和疾病控制技術(shù)大會——2005中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文集[C];2005年

5 黃禮光;王希龍;王，

本文編號：1500619