本文關鍵詞：寧夏野鳥攜帶病毒宏基因組分析　出處：《東北農(nóng)業(yè)大學》2016年碩士論文　論文類型：學位論文

  更多相關文章： 病毒宏基因組 野鳥 高通量測序 寧夏

【摘要】：新發(fā)和再發(fā)性傳染病始終威脅著動物和人類的健康,發(fā)現(xiàn)并鑒定新病原是預防傳染病大范圍傳播的關鍵。野鳥是許多重要的致病性病毒的自然宿主,并且能將這些病毒傳播給人和其他動物而引起發(fā)病。寧夏作為中亞野鳥遷徙路線的重要節(jié)點,擁有大片濕地,是野鳥繁殖和遷徙的停歇地之一,大批野鳥在這里聚集,為各種鳥類疫病在不同種群間的傳播提供了條件。為了解寧夏野鳥攜帶病毒的自然本底和多樣性,發(fā)現(xiàn)潛在感染人或畜禽的病毒。本研究以偽狂犬病毒細胞培養(yǎng)物為研究對象,摸索并建立適用于高通量測序的樣本前處理方法:首先將偽狂犬病毒細胞培養(yǎng)物進行差速離心,除去細胞碎片和其他雜質(zhì),加入不同劑量的核酸酶處理,提取核酸,通過熒光定量PCR檢測病毒的含量,結果發(fā)現(xiàn)在150 uL樣品中,加20 uL DNase I時,對病毒含量無影響且對宿主核酸和游離核酸去除效果較佳,依據(jù)此結果確定了病毒宏基因組樣品前處理方法。利用已建立的樣本前處理方法,對寧夏石嘴山市、中寧市和青銅峽市采集的14種119只野鳥糞便進行了前期處理,隨后提取其全部核酸,經(jīng)隨機引物擴增后進行Illumina高通量測序,利用SOAPdenove軟件將獲得的32385000個讀長(reads)拼接成163192個重疊序列(Contig),再與NCBI病毒數(shù)據(jù)庫中的序列進行比對,分析樣本中病毒的種類及豐度,并選取注釋到禽流感病毒和圓環(huán)病毒進行特異性檢測,驗證病毒宏基因組注釋結果。通過序列注釋發(fā)現(xiàn),0.4%重疊序列與病毒相關,能進一步注釋到19個病毒科,其中63%的病毒序列是噬菌體,33%的是脊椎動物病毒,3%的是昆蟲病毒,1%的是植物病毒。注釋到的脊椎動物病毒共有16種,分布于11個病毒科,其中包含有禽流感病毒、札幌病毒等人畜共患性病毒,禽流感病毒和圓環(huán)病毒特異性PCR檢測結果確認了病毒宏基因組注釋結果正確。本研究初步建立了高通量測序前樣品的處理方法,為有效全面的獲得樣品中病毒奠定了基礎。利用病毒宏基因組方法對寧夏野鳥糞便病毒組進行分析,本研究結果不僅豐富了野鳥攜帶病毒的基礎數(shù)據(jù)資源,同時還提示寧夏地區(qū)野鳥存在傳播一些重要人獸共患病的潛在風險。
【學位授予單位】：東北農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S852.65

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