本文關(guān)鍵詞：香豬7個CNVRs多態(tài)性及與其生長繁殖性狀的相關(guān)性研究　出處：《貴州大學(xué)》2016年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：本文采用Illumina公司提供的procineSNP60 v2芯片檢測平臺,對120頭香豬和柯樂豬的全基因組進(jìn)行SNP篩選,推測其中包含的CNV,并以香豬為主要研究對象,柯樂豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬為對照進(jìn)行群體驗證,進(jìn)一步探究拷貝數(shù)變異在不同地方豬品種間的多態(tài)性和拷貝數(shù)變異對香豬生長、產(chǎn)仔數(shù)等相關(guān)性狀的影響,主要結(jié)果如下:1、通過對120頭豬全基因組進(jìn)行Illumina Porcine SNP60K芯片檢測,從中推測出633個CNV,合并為213個CNVRs,在此基礎(chǔ)上,選擇其中7個在香豬高低產(chǎn)群體中拷貝數(shù)變異頻率有差異的候選CNV進(jìn)行芯片結(jié)果驗證,確認(rèn)這7個CNV為實際存在的CNV,它們分別為CNVR37、CNVR60、CNVR79、CNVR91、CNVR92、CNVR143和CNVR187。2、采用qPCR檢測方法,對香豬等5個豬品種進(jìn)行拷貝數(shù)檢測。結(jié)果顯示,香豬的CNVR37以拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)增加為主,糯谷豬和榮昌豬以拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)正常為主,大白豬和柯樂豬以拷貝數(shù)正常為主;香豬高產(chǎn)群體的CNVR37以拷貝數(shù)缺失為主,而香豬低產(chǎn)群體以拷貝數(shù)增加占優(yōu)勢。香豬的CNVR60以拷貝數(shù)正常略占優(yōu)勢,同時存在部分拷貝數(shù)缺失和拷貝數(shù)增加樣本,而柯樂豬、糯谷豬、榮昌豬和大白豬以拷貝數(shù)正常類型占絕大多數(shù)。經(jīng)相關(guān)性分析可知,香豬這兩區(qū)域的拷貝數(shù)與體長等體尺指標(biāo)和產(chǎn)仔數(shù)均不相關(guān)。3、香豬的CNVR79以拷貝數(shù)缺失占多數(shù),大白豬的拷貝數(shù)缺失與拷貝數(shù)正常類型各占一半,柯樂豬、糯谷豬和榮昌豬以拷貝數(shù)正常為主;香豬低產(chǎn)群體的CNVR79以拷貝數(shù)缺失為主,但高產(chǎn)群體中3種拷貝數(shù)類型差異不大;香豬此區(qū)域的拷貝數(shù)與體寬、胸圍、頭胎產(chǎn)仔數(shù)、二胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系,推測CNVR79與香豬的體寬、胸圍生長和產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)。4、香豬的CNVR91以拷貝數(shù)缺失為主,而其它4個豬品種以拷貝數(shù)拷貝數(shù)正常為主;糯谷豬的CNVR92以拷貝數(shù)正常為主,其它4個豬品種以拷貝數(shù)缺失為主。香豬CNVR91的拷貝數(shù)與體寬、胸圍、頭胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系,CNVR92的拷貝數(shù)與體寬、胸圍呈弱相關(guān)關(guān)系,推測CNVR91、92與香豬的體寬、胸圍生長相關(guān),且CNVR91還與香豬的產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)。5、香豬、糯谷豬的CNVR143以拷貝數(shù)增加為主,其它三個豬品種以拷貝數(shù)正常為主;香豬的CNVR187以拷貝數(shù)缺失略占優(yōu)勢,柯樂豬以拷貝數(shù)增加為主,其它3個豬品種以拷貝數(shù)正常為主。香豬CNVR187的拷貝數(shù)與二胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱相關(guān)關(guān)系,推測CNVR187對香豬的產(chǎn)仔數(shù)有一定影響,但這兩個CNV對香豬的生長性狀是否有聯(lián)系有待進(jìn)一步研究。6、對雄性香豬群體的CNVR79拷貝數(shù)進(jìn)行檢測,找出相同月齡不同拷貝數(shù)類型樣本,分別做CNVR79所包含的MTF-1和INPP5B基因的mRNA表達(dá)量分析。結(jié)果顯示,雄性香豬群體的CNVR79以拷貝數(shù)正常類型為主,與雌性香豬群體的CNVR79拷貝數(shù)類型存在較大差異;2月齡香豬睪丸組織MTF-1和INPP5B基因的mRNA表達(dá)量與拷貝數(shù)變異沒有直接聯(lián)系。綜上所述,7個候選CNVs不但在5個豬品種間存在多態(tài)性,在香豬品種內(nèi)也具有多態(tài)性,部分CNVs可能對香豬體寬、胸圍的生長和產(chǎn)仔數(shù)等性狀有一定影響。雖然2月齡香豬睪丸組織MTF-1和INPP5B基因的mRNA表達(dá)量不隨拷貝數(shù)變異而變化,但與不同月齡的香豬睪丸組織或其它組織是怎樣的關(guān)系有待進(jìn)一步研究。本文的研究結(jié)果有助于揭示香豬生長繁殖性狀調(diào)節(jié)的分子機制。
【學(xué)位授予單位】：貴州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S828
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本文編號：1308769