本文關(guān)鍵詞：西門塔爾牛飽和脂肪酸含量的低密度芯片基因組預(yù)測

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【摘要】：旨在探索低密度芯片標(biāo)記的篩選方法并評估不同低密度芯片的準(zhǔn)確性。本研究采用BovineHD高密度芯片,檢測西門塔爾牛基因組的SNP位點及其與飽和脂肪酸含量的關(guān)聯(lián)性,根據(jù)P值或效應(yīng)值篩選標(biāo)記構(gòu)成低密度芯片,使用IBS聚類分組和隨機分組進行交叉驗證,估計基因組育種值并評估其準(zhǔn)確性。結(jié)果表明,在14號染色體的MYC基因附近有5個位點與飽和脂肪酸性狀顯著相關(guān),可考慮作為西門塔爾牛脂肪酸含量的候選基因進行后續(xù)研究。根據(jù)P值篩選標(biāo)記并使用IBS聚類分組進行交叉驗證時,估計基因組育種值準(zhǔn)確性最高,芯片密度達到7K時準(zhǔn)確性趨于穩(wěn)定。因此,本研究發(fā)現(xiàn)的標(biāo)記位點可能對西門塔爾牛的脂肪酸含量存在一定影響,并且為低密度芯片標(biāo)記位點的篩選提供參考資料。
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京畜牧獸醫(yī)研究所;吉林農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院;內(nèi)蒙古民族大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;河北農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院;
【基金】：農(nóng)業(yè)部專項(CARS-38) 國家自然科學(xué)基金(31372294) 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院科技創(chuàng)新工程經(jīng)費(cxgc-ias-03)
【分類號】：S823
【正文快照】： 近年來快速發(fā)展的高通量測序技術(shù)為基因組選擇[1]提供了便利,基因組選擇可以在畜禽出生前或者生長初期預(yù)測個體的育種值,有效縮短世代間隔[2-3]。但是,對于世代間隔過短且種用價值較低的畜禽,如豬、雞、羊等,由于高密度基因分型成本較高,阻礙基因組選擇的實施。因此,研究者提

【相似文獻】

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 齊欣;西門塔爾牛肉質(zhì)性狀低密度芯片的基因組選擇[D];中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

2 張靜靜;西門塔爾牛部分生長性狀全基因組低密度芯片篩選[D];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

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本文編號：1267951