本文關(guān)鍵詞：利用單體型進(jìn)行中國(guó)西門塔爾牛全基因組選擇的初步研究

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【摘要】：全基因組選擇就是利用覆蓋全基因組范圍內(nèi)的標(biāo)記進(jìn)行標(biāo)記輔助選擇,結(jié)合表型和該個(gè)體的遺傳標(biāo)記信息進(jìn)行基因組育種值估計(jì),它能夠進(jìn)行個(gè)體早期選擇,縮短世代間隔,降低育種成本。因此,全基因組選擇已經(jīng)成為世界各國(guó)育種工作者的研究熱點(diǎn)。利用SNP標(biāo)記進(jìn)行基因組選擇的前提是假設(shè)SNP與QTL之間存在連鎖不平衡,而SNP間相互獨(dú)立,逐一估計(jì)每個(gè)SNP的效應(yīng)值再進(jìn)行累加即可得到基因組育種值。但實(shí)際上,SNP之間也存在著廣泛的連鎖不平衡。因此,本研究將單體型引入到全基因組選擇中。本研究中選取1141頭來自內(nèi)蒙古烏拉蓋管理區(qū)的中國(guó)西門塔爾牛,均使用Illumina BovineHD芯片進(jìn)行基因分型。利用質(zhì)量控制后的501951個(gè)SNPs位點(diǎn),根據(jù)不同的連鎖不平衡閾值D’≥0.45,D’≥0.55,D’≥0.65,D’≥0.75構(gòu)建肉�；蚪M單體型塊,探索適合中國(guó)西門塔爾牛群體的連鎖不平衡閾值。通過單體型塊結(jié)構(gòu)構(gòu)建單體型信息矩陣,利用GBLUP,BayesA和BayesCπ三種方法分別估計(jì)宰前活重、胴體重、屠宰率和凈肉率的基因組育種值,比較基于單體型與基于單位點(diǎn)的育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性。結(jié)果顯示,宰前活重、胴體重和屠宰率三個(gè)性狀的結(jié)果呈一定規(guī)律性,對(duì)于GBLUP,BayesA和BayesCπ三種模型,均為當(dāng)連鎖不平衡閾值為D’≥0.55時(shí),育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性最高。而對(duì)于凈肉率性狀來說,GBLUP方法利用SNP估計(jì)育種值準(zhǔn)確性性最高;BayesA方法在閾值為D’≥0.55時(shí),育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性最高;而BayesCπ方法則是在D’≥0.65時(shí),育種值估計(jì)的準(zhǔn)確性最高。利用單體型進(jìn)行基因組選擇,無(wú)論是在運(yùn)算時(shí)間上與育種值估計(jì)準(zhǔn)確性上,均有一定提高。在動(dòng)物育種中,有較高的研究?jī)r(jià)值。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S823

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前4條

1 李婧,潘玉春,李亦學(xué),石鐵流;人類基因組單核苷酸多態(tài)性和單體型的分析及應(yīng)用[J];遺傳學(xué)報(bào);2005年08期

2 馮明亮,季蕓,陸瓊,楊劍豪,謝軍華,嵇月華,張工梁,楊穎;江浙滬地區(qū)漢族人群HLA單體型研究[J];遺傳學(xué)報(bào);2003年06期

3 于敏,張?jiān)伬?陳峰,薛雅麗,于e，

本文編號(hào)：1204723