發(fā)布時(shí)間：2017-10-31 05:17

  本文關(guān)鍵詞：運(yùn)用比較基因組方法研究與豬經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的InDel

  更多相關(guān)文章： InDel標(biāo)記 品種差異 重測(cè)序 功能分析 ENCODE

【摘要】：豬的生產(chǎn)性能與人們的日常生活息息相關(guān),因此,對(duì)豬的經(jīng)濟(jì)性狀進(jìn)行改良一直是實(shí)際生產(chǎn)和育種研究中所關(guān)注的重要課題。在本研究中,針對(duì)具有優(yōu)秀抗逆性能的中國地方豬品種與生長速度具有優(yōu)勢(shì)的西方豬品種以這兩大群體作為研究對(duì)象,從公開數(shù)據(jù)庫中搜集、下載了66頭豬的重測(cè)序數(shù)據(jù),運(yùn)用生物信息學(xué)方法,對(duì)中西方兩大群體的豬進(jìn)行了全基因組水平的比較分析。希望通過本次研究,在基因組水平上揭示造成中西方豬品種不同經(jīng)濟(jì)性狀的遺傳因素,找到導(dǎo)致中國地方豬品種與西方豬品種的表型差異背后的InDel變異,從而篩選一批出與豬的經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的InDel位點(diǎn),最終為豬的經(jīng)濟(jì)性狀改良提供新的分子標(biāo)記。本研究的主要結(jié)果如下:1、在中國地方豬與西方國家豬這兩大群體中,從全基因組水平上鑒定發(fā)現(xiàn)了200萬個(gè)InDel突變。InDel在每條染色體上的分布較均勻;絕大多數(shù)的In Del為1~3個(gè)堿基的插入或缺失;堿基缺失變異(DEL)的數(shù)量比堿基插入變異(INS)的數(shù)量略多;2、結(jié)合基因組選擇信號(hào)分析,篩選了一批中國地方豬品種與西方豬品種在基因組上由于經(jīng)歷了不同的人工選擇而產(chǎn)生的InDel突變;3、在基因的編碼區(qū)域,對(duì)有選擇信號(hào)的且位于物種保守區(qū)域的In Del的相關(guān)基因做功能分析,發(fā)現(xiàn)這些移碼突變的相關(guān)基因參與了動(dòng)物的胚胎發(fā)育、生長體尺、免疫系統(tǒng)功能等重要的生物學(xué)過程;4、研究整合了ENCODE數(shù)據(jù)的信息,在基因的調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)了位于關(guān)鍵基因的重要的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件上的InDel突變。本研究初步獲得了一批與豬的重要的經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān),特別是與豬的生長及免疫表型有關(guān)的基因的InDel,為家豬的分子育種提供了有價(jià)值的參考。
【關(guān)鍵詞】：InDel標(biāo)記 品種差異 重測(cè)序 功能分析 ENCODE
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S828
【目錄】：

• 摘要7-8
• ABSTRACT8-9
• 縮略詞表（ABBREVIATIONS）9-10
• 1 前言10-21
• 1.1 研究問題的由來10-11
• 1.2 文獻(xiàn)綜述11-20
• 1.2.1 豬的馴化及中外豬品種的差異11-13
• 1.2.2 測(cè)序技術(shù)的發(fā)展及應(yīng)用13-16
• 1.2.3 畜禽基因組的研究進(jìn)展16-18
• 1.2.4 InDel的研究進(jìn)展18-20
• 1.3 研究的目的與意義20-21
• 2 材料與方法21-33
• 2.1 本研究的技術(shù)路線21-22
• 2.2 材料22-27
• 2.2.1 數(shù)據(jù)來源22-25
• 2.2.2 主要數(shù)據(jù)庫及分析軟件25-27
• 2.3 方法27-33
• 2.3.1 數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制27-28
• 2.3.2 序列比對(duì)28-29
• 2.3.3 InDel鑒定29-32
• 2.3.4 選擇信號(hào)分析32
• 2.3.5 基因功能分析32-33
• 3 結(jié)果33-43
• 3.1 品種信息33
• 3.2 InDel鑒定33-34
• 3.3 InDel統(tǒng)計(jì)分析34-36
• 3.4 InDel位點(diǎn)注釋36-38
• 3.5 基因組選擇信號(hào)與物種保守性分析38-40
• 3.6 基因編碼區(qū)的移碼突變40-41
• 3.7 非編碼區(qū)InDel分析41-43
• 4 討論43-46
• 4.1 InDel的鑒定43
• 4.2 InDel的染色體分布43-44
• 4.3 InDel的突變長度44-45
• 4.4 InDel的注釋45
• 4.5 基因組選擇區(qū)域和保守區(qū)的InDel45-46
• 5 小結(jié)46-48
• 5.1 本研究的主要結(jié)論46
• 5.2 本研究的創(chuàng)新點(diǎn)與特色46-47
• 5.3 本研究的不足及下一步工作的建議47-48
• 參考文獻(xiàn)48-56
• 致謝56-57

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 仇雪梅,李寧,鄧學(xué)梅,吳常信;影響動(dòng)物肉質(zhì)性狀主要候選基因的研究進(jìn)展[J];遺傳;2002年05期

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本文編號(hào)：1120957