本文關(guān)鍵詞：利用宏基因組測(cè)序分析一起食蟹猴致死因素

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【摘要】：為分析死亡食蟹猴腦組織菌群結(jié)構(gòu)情況,初步探索細(xì)菌對(duì)食蟹猴的致死因素,本研究按照標(biāo)準(zhǔn)化操作流程收集死亡食蟹猴的大腦、小腦病理組織樣本,提取樣本中全部細(xì)菌總DNA,利用通用引物27F/338R PCR擴(kuò)增細(xì)菌16S rDNA V1-V2高變區(qū)。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)高通量測(cè)序,并利用QIIME軟件對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示,測(cè)序共生成238 Mbp原始數(shù)據(jù),獲得腦組織細(xì)菌的結(jié)構(gòu)組成,其中優(yōu)勢(shì)菌門包括厚壁菌門、擬桿菌門和變形菌門,優(yōu)勢(shì)菌科包括普雷沃氏菌科、瘤胃菌科、鞘氨醇單胞菌科等,含量最高的細(xì)菌屬為普雷沃菌屬、螺旋體屬、交替假單胞菌屬等。本研究結(jié)果表明死亡食蟹猴的腦組織中含有多種細(xì)菌,可能會(huì)引起感染和炎癥,結(jié)合病理學(xué)檢查,提示食蟹猴腦組織病原菌感染可能與死亡的發(fā)生存在一定關(guān)聯(lián)。
【作者單位】： 北京市理化分析測(cè)試中心;軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院微生物流行病研究所;北京市基因測(cè)序與功能分析工程技術(shù)研究中心;軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院實(shí)驗(yàn)動(dòng)物中心;
【關(guān)鍵詞】： 食蟹猴 腦組織 菌群 宏基因組測(cè)序
【基金】：國(guó)家科技重大專項(xiàng)“十二五”實(shí)施計(jì)劃(2013ZX10004-605、2013ZX10004-217、2013ZX10004-607、2011ZX10004-001) 國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展863計(jì)劃(2014AA021402、2012AA022-003) 國(guó)家自然科學(xué)基金(81572045)
【分類號(hào)】：S858.9
【正文快照】： 常規(guī)的病原微生物檢測(cè)手段主要為分離培養(yǎng),只能針對(duì)已知的病原微生物進(jìn)行檢測(cè),但99%的微生物在現(xiàn)有條件下無(wú)法分離培養(yǎng)[1]。宏基因組測(cè)序是一種不依賴培養(yǎng),即可對(duì)環(huán)境樣本中的總體微生物的核酸進(jìn)行測(cè)序的方法,能夠在復(fù)雜樣本中鑒定細(xì)菌構(gòu)成[2],從而避免了在培養(yǎng)過(guò)程中因污染所，

本文編號(hào)：1053951