本文關鍵詞：內源性反轉錄病毒在主要農業(yè)動物基因組上分布及其特征的研究

  更多相關文章： 內源性反轉錄病毒 基因組DNA 全基因組關聯(lián)分析 RNA測序

【摘要】：內源性反轉錄病毒(Endogenous retrovirus,ERV)屬于逆轉錄子中的一種。在長期的進化過程中,ERV通過感染生殖干細胞整合到宿主基因組中,成為基因組的一部分并遺傳下來。本文分別對ERV在主要農業(yè)動物(豬、牛、羊和雞)基因組上的分布及其特征進行了研究；同時分析了具有完整序列結構的ERV附近20kb范圍內的宿主基因存在情況以及與ERV與基因融合的情況；并且以豬藍耳病為例,初步探討了ERV在宿主對疾病抗性或敏感性的潛在影響。主要結果如下：1、ERV在主要農業(yè)動物基因組上廣泛分布,ERV相關序列分別占到�；蚪M10.41%左右,羊基因組序列的17.78%左右,豬基因組序列的3.65%左右和雞基因組的2.55%左右。2、ERV在食草動物(牛、羊)基因組上的數量遠多于在非食草動物(豬、雞)基因組上的數量,其中�；蚪M中有827個具有全長序列的ERV,羊基因組中有689個具有全長序列的ERV,豬基因組中有197個具有全長序列的ERV,雞基因組中有191個具有全長序列的ERV。而且食草動物基因組中的ERV分類情況復雜,存在很多未知類別的ERV。3、在非食草動物(豬、雞)基因組中,ERV在性染色體上的密度大于在常染色體上密度,而在食草動物(牛、羊)基因組中各個染色體上ERV的密度沒有明顯的差異。4、在具有全長序列ERV上下游各10kb范圍內搜索基因,分別發(fā)現有80個(豬基因組)、228個(�；蚪M)、349個(羊基因組)和103個(雞基因組)基因。5、ERV與宿主基因融合普遍存在,而且與ERV相互融合的基因包括一些重要的免疫基因,比如IL17D基因(豬)；PIGR基因、IL1R1基因、IFNAR2基因和ILDR2基因(牛)；LY96基因、LY6H基因和SEMA3D基因(羊)。6、豬藍耳病抗性相關的候選基因集有670個,其中GWAS篩選得到兩個候選基因(SLC4A7基因和PPT2基因)；5周齡長白仔豬差異表達的基因有660個(419個基因上調,241個基因下調)；5周齡通城仔豬差異表達的基因有8個(7個基因上調,1個基因下調)。通過位置相關的分析發(fā)現,只有長白豬的上調的ENSSSCG00000012842的下游4985bp處有全長ERV的存在,該基因的GC含量為60.98%,處于組蛋白的通路中。
【關鍵詞】：內源性反轉錄病毒 基因組DNA 全基因組關聯(lián)分析 RNA測序
【學位授予單位】：華中農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S813.1
【目錄】：

• 摘要6-8
• Abstract8-10
• 縮略語表10-11
• 1 前言11-20
• 1.1 內源性反轉錄病毒的結構與分類11-12
• 1.1.1 內源性反轉錄病毒的結構11
• 1.1.2 內源性反轉錄病毒的分類11-12
• 1.2 內源性反轉錄病毒在宿主基因組上的分布12-15
• 1.2.1 內源性反轉錄病毒在靈長類動物基因組上的分布12-13
• 1.2.2 內源性反轉錄病毒在小鼠基因組上的分布13
• 1.2.3 內源性反轉錄病毒在農業(yè)動物基因組上的分布13-14
• 1.2.4 內源性反轉錄病毒在其它基因組上的分布14-15
• 1.3 內源性反轉錄病毒對宿主的作用方式15-17
• 1.3.1 內源性反轉錄病毒所插入引起表型的變異15-16
• 1.3.2 ERV本身或其編碼的蛋白質者直接參與作用16
• 1.3.3 內源性反轉錄病毒與外源性反轉錄病毒相互作用16
• 1.3.4 內源性反轉錄病毒參與調控宿主基因16-17
• 1.4 內源性反轉錄病毒與疾病的相關性17-19
• 1.4.1 ERV與腫瘤和癌癥的相關18
• 1.4.2 ERV與其他疾病相關性18-19
• 1.5 研究的目的和意義19-20
• 2 材料與方法20-26
• 2.1 數據挖掘20-22
• 2.2 ERV分類進化分析22
• 2.3 全基因組關聯(lián)分析22-23
• 2.4 轉錄組測序23-26
• 2.4.1 實驗動物以其RNA提取23-24
• 2.4.2 轉錄組測序數據分析24-26
• 3 結果26-47
• 3.1 內源性反轉錄病毒ERV在豬基因組上的分布26-29
• 3.2 內源性反轉錄病毒ERV在牛基因組上的分布29-34
• 3.3 內源性反轉錄病毒ERV在羊基因組上的分布34-38
• 3.4 內源性反轉錄病毒ERV在雞基因組上的分布38-41
• 3.5 ERV在豬、牛、羊和雞基因組上與基因位置的關系41-42
• 3.6 PRRS的GWAS結果42-46
• 3.6.1 不同妊娠期感染PRRSV對母豬產仔性能的影響42-43
• 3.6.2 妊娠61天(含61天)以前(PS1期)的GWAS結果43-44
• 3.6.3 妊娠62天(包含62天)以后(PS2期)的GWAS結果44-46
• 3.6.4 與PRRS抗性相關的SNP的生物信息學分析46
• 3.7 利用感染PRRSV豬肺組織的轉錄組測序分析差異表達基因46
• 3.8 內源性反轉錄病毒與豬藍耳病相關候選基因位置關系46-47
• 4 討論47-51
• 4.1 內源性反轉錄病毒在主要農業(yè)動物的基因組上的分布47-48
• 4.2 內源性反轉錄病毒對于農業(yè)動物疾病調控的潛在影響48-51
• 4.2.1 豬內源性反轉錄病毒對豬的潛在影響48-49
• 4.2.2 內源性反轉錄病毒對牛、羊和雞的潛在影響49-51
• 5 小結51-53
• 5.1 本研究主要結論51
• 5.2 本實驗創(chuàng)新點51-52
• 5.3 本研究的不足與進一步研究內容52-53
• 參考文獻53-61
• 附錄61-72
• 致謝72

【相似文獻】

中國重要會議論文全文數據庫 前1條

1 焦成松;凌世淦;張賀秋;劉荷中;宋曉國;;HCV全長序列轉基因細胞模型的初步建立[A];中國動物學會全國顯微與亞顯微形態(tài)科學（細胞及分子顯微技術科學）分會第十一次學術研討會論文摘要集[C];2002年

中國碩士學位論文全文數據庫 前3條

1 何淵;我國兩種栽培紫菜核糖體RNA基因的克隆與應用[D];蘇州大學;2016年

2 唐洲;內源性反轉錄病毒在主要農業(yè)動物基因組上分布及其特征的研究[D];華中農業(yè)大學;2016年

3 張國輝;100株中國HBV全長基因序列的克隆及分析[D];中國疾病預防控制中心;2013年

，

本文編號：1035862