本文關(guān)鍵詞：高通量測序解析奶牛乳房炎關(guān)聯(lián)菌群

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【摘要】：本文利用美國加州乳房炎檢測方法,從呼和浩特某規(guī)模化牧場篩選出乳房炎陰性、弱陽性和強(qiáng)陽性奶牛各3頭,建立乳房炎陰性、弱陽性和強(qiáng)陽性三個(gè)試驗(yàn)組,收集乳樣,分別對其宏基因組進(jìn)行了高通量測序并研究乳樣菌群及其結(jié)構(gòu)特點(diǎn)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),不同組奶牛乳樣菌群組成及其結(jié)構(gòu)特點(diǎn)均不同。在綱(Class)水平上,陰性組乳樣檢測出6種菌,其中優(yōu)勢菌為γ-變形菌綱,占菌群80%；弱陽性組乳樣檢測出8種菌種,其中優(yōu)勢菌為變形菌綱、γ-變形菌綱、平酸菌綱,分別占菌群的53%、18%和15%；強(qiáng)陽性組乳樣檢測出7種菌,其中優(yōu)勢菌為γ-變形菌綱、平酸菌綱、變形菌綱,分別占菌群的52%、23%和20%。在門(Phylum)水平上陰性組乳樣中發(fā)現(xiàn)4種菌種,其中優(yōu)勢菌種為變形菌門、擬桿菌門,分別占菌群的87%和10%；弱陽性組乳樣中發(fā)現(xiàn)5種菌,其中優(yōu)勢菌種為變形菌門、擬桿菌門,分別占菌群的75%和16%；強(qiáng)陽性組乳樣中發(fā)現(xiàn)4種菌,變形菌門和擬桿菌門為優(yōu)勢菌種,分別占菌群的74%和22%。在Family(科)分類水平上陰性組乳樣共檢測出6種菌,其中優(yōu)勢菌種為莫拉菌科,黃桿菌科,分別占菌群的81%、10%;弱陽性乳樣中發(fā)現(xiàn)12種菌,其中優(yōu)勢菌為根瘤菌科、柄桿菌科、莫拉菌科、黃桿菌科,分別占菌群的31%、21%、18%和16%；強(qiáng)陽性組乳樣檢測出12種菌,其中優(yōu)勢菌種為莫拉菌科、黃桿菌科、根瘤菌科,分別占菌群的48%、21%和12%。組間比較,變形菌門比例在菌門水平上自陰性組到強(qiáng)陽性組逐漸下降：在菌綱水平上,r-變形菌綱比例自陰性組到強(qiáng)陽性顯著下降,而平酸菌綱比例上升；在菌科水平上,與陰性組菌群相比,弱陽性與強(qiáng)陽性組的莫拉菌科比例顯著下降,黃桿菌科比例略有升高,提示乳房菌群組成及其結(jié)構(gòu)的變化對奶牛乳房炎的發(fā)生和發(fā)展可能有密切聯(lián)系。
【關(guān)鍵詞】：奶牛乳房炎 高通量測序 乳汁菌群
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S858.23
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-9
• 縮略語表9-10
• 1 前言10-25
• 1.1 奶牛乳房炎的研究進(jìn)展10-21
• 1.1.1 乳房炎的分類10-12
• 1.1.2 臨床特征12
• 1.1.3 病因及發(fā)病機(jī)理12-14
• 1.1.4 奶牛乳房炎的發(fā)病規(guī)律14-15
• 1.1.5 診斷方法15-17
• 1.1.6 奶牛乳房炎的危害17-18
• 1.1.7 奶牛乳房炎的防治措施18-20
• 1.1.8 奶牛乳房炎的治療措施20-21
• 1.1.9 奶牛乳房炎防治過程中存在的問題21
• 1.2 高通量測序技術(shù)及其應(yīng)用現(xiàn)狀21-24
• 1.2.1 高通量測序技術(shù)的環(huán)境微生物學(xué)中的應(yīng)用21-22
• 1.2.2 高通量測序技術(shù)的細(xì)菌分類學(xué)中的應(yīng)用22-24
• 1.3 研究目的和意義24-25
• 2 材料與方法25-27
• 2.1 試驗(yàn)材料25
• 2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物25
• 2.1.2 主要試劑及耗材25
• 2.2 試驗(yàn)方法25-27
• 2.2.1 牧場的選定與試驗(yàn)動(dòng)物的篩選及實(shí)驗(yàn)樣品的收集25
• 2.2.2 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的確定及分組25-26
• 2.2.3 高通量測序26-27
• 3 試驗(yàn)結(jié)果27-34
• 3.1 樣本篩選結(jié)果27
• 3.2 乳樣宏基因高通量測序結(jié)果27-34
• 3.2.1 在綱(CLASS)分類水平上的細(xì)菌組成和群落結(jié)構(gòu)27-29
• 3.2.2 在門(Phylum)分類水平上的細(xì)菌組成和群落結(jié)構(gòu)29-31
• 3.2.3 在科(Family)分類水平上的細(xì)菌組成和群落結(jié)構(gòu)31-34
• 4 討論34-36
• 5 結(jié)論36-37
• 致謝37-38
• 參考文獻(xiàn)38-43
• 作者簡介43

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7 馬，

本文編號：1027441