本文關(guān)鍵詞：山羊絨候選基因篩選及低密度芯片設(shè)計(jì)

  更多相關(guān)文章： 絨山羊 北山羊 絨細(xì)度 RNA-Seq 雜交 Fst 候選基因

【摘要】：內(nèi)蒙古絨山羊的山羊絨一直備受人們的喜歡。但是,我國(guó)的羊絨市場(chǎng)在流通交易的過程中,不分等級(jí),不按質(zhì)論價(jià),造成了養(yǎng)殖戶一味追求產(chǎn)絨量而使羊絨品質(zhì)不斷下降的現(xiàn)狀。同時(shí),全基因組選擇技術(shù)能有效的縮短了世代的間隔,進(jìn)而提高遺傳進(jìn)展,因此成為育種工作者研究的熱點(diǎn)。但是基因芯片對(duì)于山羊本身的價(jià)值來說比較昂貴,本研究利用全基因組選擇和基因滲透的方法,結(jié)合山羊的全基因組高密度芯片數(shù)據(jù),也利用了絨山羊次級(jí)毛囊的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),定位影響山羊絨生長(zhǎng)和品質(zhì)的候選基因或者標(biāo)記信號(hào)。一方面可以為基因的功能研究提供理論依據(jù)；更重要的是通過這些信號(hào)設(shè)計(jì)低密度芯片,達(dá)到降低基因組選擇在育種中的成本,也實(shí)現(xiàn)了絨山羊經(jīng)濟(jì)性狀的早期育種,提高羊絨品質(zhì)的目的。主要研究結(jié)果如下：1.基于Illumina GoatSNP60 BeadChip (60K)山羊全基因SNP芯片,并結(jié)合RR-BLUP模型本實(shí)驗(yàn)室開發(fā)出一套可以用于篩選和經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)候選標(biāo)記位點(diǎn)的方法。2.本研究對(duì)120個(gè)絨山羊的產(chǎn)絨量性狀進(jìn)行全基因選擇分析,篩選出323個(gè)關(guān)鍵SNP位點(diǎn),這些位點(diǎn)可以用于產(chǎn)絨量低密度芯片的設(shè)計(jì)。3.本研究對(duì)120個(gè)絨山羊的絨細(xì)度性狀進(jìn)行全基因選擇分析,篩選出293個(gè)關(guān)鍵SNP位點(diǎn),這些位點(diǎn)與其它位點(diǎn)相比估計(jì)的育種值更加準(zhǔn)確,可以用于絨細(xì)度低密度芯片的設(shè)計(jì)。4.通過進(jìn)一步對(duì)三個(gè)山羊群體(北山羊,絨山羊、北山羊和絨山羊的雜交山羊)進(jìn)行基因型數(shù)據(jù)和絨山羊次級(jí)毛囊的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),得到了166個(gè)和絨性狀和絨發(fā)育有關(guān)的候選基因,也富集到10個(gè)KEGG通路,這些通路在絨生長(zhǎng)發(fā)育過程都起著重要作用。
【關(guān)鍵詞】：絨山羊 北山羊 絨細(xì)度 RNA-Seq 雜交 Fst 候選基因
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S827
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-10
• 縮略語表10-11
• 1 引言11-21
• 1.1 育種方法的研究進(jìn)展11-13
• 1.1.1 根據(jù)性狀來選育品種11-12
• 1.1.2 根據(jù)分子標(biāo)記來選育品種12
• 1.1.3 基因組選擇育種12-13
• 1.2 SNP標(biāo)記與動(dòng)物分子育種13-15
• 1.2.1 分子標(biāo)記的研究進(jìn)展14
• 1.2.2 SNP標(biāo)記14-15
• 1.2.3 SNP的特點(diǎn)15
• 1.3 基因組選擇技術(shù)15-21
• 1.3.1 基因組選擇的基本概念和原理15-16
• 1.3.2 基因組育種值的計(jì)算方法16-18
• 1.3.3 基因組選擇的影響因素18-19
• 1.3.4 高密度芯片的優(yōu)缺點(diǎn)19
• 1.3.5 低密度芯片的基因組選擇19-20
• 1.3.6 本研究的目的意義20-21
• 2 第一部分 全基因組選擇在絨山羊育種中的研究21-33
• 2.1 材料和方法21-25
• 2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料21
• 2.1.2 基因型數(shù)據(jù)的質(zhì)控21
• 2.1.3 性狀表型記錄的測(cè)定21
• 2.1.4 基因組預(yù)測(cè)的統(tǒng)計(jì)方法21-22
• 2.1.5 低密度芯片位點(diǎn)的篩選22-23
• 2.1.6 基因組估計(jì)的評(píng)價(jià)指標(biāo)23-24
• 2.1.7 KASP的SNP引物24-25
• 2.1.8 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)和分析25
• 2.2 結(jié)果和分析25-33
• 2.2.1 關(guān)鍵SNP位點(diǎn)的選擇25-26
• 2.2.2 關(guān)鍵SNP的雜合度檢驗(yàn)26-27
• 2.2.3 關(guān)鍵SNPs位點(diǎn)對(duì)估計(jì)育種值準(zhǔn)確性的影響27
• 2.2.4 隨機(jī)選取的SNP位點(diǎn)和關(guān)鍵SNP位點(diǎn)的準(zhǔn)確性比較27-28
• 2.2.5 群體結(jié)構(gòu)分析28-30
• 2.2.6 SNP的染色體分布情況30-31
• 2.2.7 部分SNP的驗(yàn)證31-33
• 3 第二部分 全基因組研究揭示山羊品種間雜交引起羊絨質(zhì)量改變的現(xiàn)象33-49
• 3.1 引言33-34
• 3.2 材料和方法34-38
• 3.2.1 試驗(yàn)材料及數(shù)據(jù)來源34
• 3.2.2 原始數(shù)據(jù)過濾34
• 3.2.3 羊絨細(xì)度的測(cè)定34
• 3.2.4 群體結(jié)構(gòu)分析及固定指數(shù)計(jì)算(F_(ST))34-35
• 3.2.5 候選基因的篩選35
• 3.2.6 RNA-Seq文庫(kù)構(gòu)建和RNA-Seq分析35-38
• 3.2.7 候選基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析38
• 3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果38-49
• 3.3.1 表型測(cè)定結(jié)果38
• 3.3.2 主成分分析和候選SNP位點(diǎn)選擇結(jié)果38-40
• 3.3.3 候選基因的選擇40-41
• 3.3.4 候選基因的功能性富集分析41-43
• 3.3.5 候選基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析43-44
• 3.3.6 CSN2基因的分析44-46
• 3.3.7 不同方法找到SNP的整合分析46-49
• 4 討論49-54
• 5 結(jié)論54-55
• 致謝55-56
• 參考文獻(xiàn)56-64
• 附錄64-77
• 作者簡(jiǎn)介77

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前3條

1 齊欣;西門塔爾牛肉質(zhì)性狀低密度芯片的基因組選擇[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

2 張靜靜;西門塔爾牛部分生長(zhǎng)性狀全基因組低密度芯片篩選[D];吉林農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

3 劉斌;山羊絨候選基因篩選及低密度芯片設(shè)計(jì)[D];內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

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本文編號(hào)：1004794