發(fā)布時(shí)間：2017-08-26 03:01

  本文關(guān)鍵詞：蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊檢測的研究綜述

  更多相關(guān)文章： 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 功能模塊檢測 檢測流程 分類體系 性能對比

【摘要】：蛋白質(zhì)相互作用(Protein-protein interaction,PPI)網(wǎng)絡(luò)是生命活動(dòng)中一種極其重要的生物分子關(guān)系網(wǎng)絡(luò),利用計(jì)算方法從PPI網(wǎng)絡(luò)中檢測功能模塊是目前生物信息學(xué)中一項(xiàng)重要的研究課題.本文首先總結(jié)了功能模塊檢測過程的基本流程,說明了預(yù)處理和后處理的作用;其次,提出了一種模塊檢測方法的分類體系,并對其中一些代表性的檢測算法進(jìn)行了闡述;再次,給出了模塊檢測常用的數(shù)據(jù)庫、評價(jià)指標(biāo)和相關(guān)軟件工具,并通過實(shí)驗(yàn)對代表性算法進(jìn)行了性能對比.最后,通過對該領(lǐng)域挑戰(zhàn)性問題的分析預(yù)測了模塊檢測未來的研究方向,以期對相關(guān)研究提供一定的參考.
【作者單位】： 北京工業(yè)大學(xué)計(jì)算機(jī)學(xué)院多媒體與智能軟件技術(shù)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò) 功能模塊檢測 檢測流程 分類體系 性能對比
【基金】：國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(973計(jì)劃)(2014CB744601) 國家自然科學(xué)基金(61375059,61332016) 教育部博士點(diǎn)學(xué)科專項(xiàng)科研博導(dǎo)類基金(20121103110031) 北京市教委科研計(jì)劃重點(diǎn)項(xiàng)目(北京市自然科學(xué)基金重點(diǎn)B類項(xiàng)目)(KZ201410005004)資助~~
【分類號(hào)】：Q51;R3416
【正文快照】： 隨著人類基因組計(jì)劃的完成,蛋白質(zhì)組學(xué)的研究已經(jīng)成為生命科學(xué)乃至自然科學(xué)領(lǐng)域中最重要的研究課題之一.蛋白質(zhì)組學(xué)是一種對蛋白質(zhì)所含特 性進(jìn)行系統(tǒng)化研究的學(xué)科,其研究目的是為生物系統(tǒng)在健康和疾病狀況下的結(jié)構(gòu)、功能和調(diào)控提供詳細(xì)的描述.由于蛋白質(zhì)很少以獨(dú)立個(gè)體的方式

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 雷秀娟;黃旭;吳爽;郭玲;;基于連接強(qiáng)度的PPI網(wǎng)絡(luò)蟻群優(yōu)化聚類算法[J];電子學(xué)報(bào);2012年04期

2 李滿生;劉齊軍;李棟;劉培磊;朱云平;;蛋白質(zhì)相互作用信息的文本挖掘研究進(jìn)展[J];中國科學(xué):生命科學(xué);2010年09期

3 楊博;劉大有;金弟;馬海賓;;復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)聚類方法[J];軟件學(xué)報(bào);2009年01期

4 郭杏莉;高琳;陳新;;生物網(wǎng)絡(luò)比對的模型與算法[J];軟件學(xué)報(bào);2010年09期

5 劉中揚(yáng);李棟;朱云平;賀福初;;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化分析研究進(jìn)展[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2009年01期

6 張春霆;生物信息學(xué)的現(xiàn)狀與展望[J];世界科技研究與發(fā)展;2000年06期

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 黃嘯;;生物信息學(xué)在蛋白質(zhì)組學(xué)上的應(yīng)用[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2006年23期

2 李東生;高明倫;;高密度集成與單芯片多核系統(tǒng)及其研究進(jìn)展[J];半導(dǎo)體技術(shù);2012年02期

3 武森;魏桂英;白塵;張桂瓊;;分類屬性高維數(shù)據(jù)基于集合差異度的聚類算法[J];北京科技大學(xué)學(xué)報(bào);2010年08期

4 向恒;張瑞芝;潘國慶;周澤揚(yáng);;對蠶學(xué)專業(yè)引入基因組與生物信息學(xué)課程的思考[J];蠶學(xué)通訊;2011年04期

5 趙金城,王慶莉,畢秀玲;計(jì)算機(jī)輔助直接藥物分子設(shè)計(jì)[J];大連大學(xué)學(xué)報(bào);2002年06期

6 馬寶山;朱義勝;;基于隱馬爾科夫模型的基因預(yù)測算法[J];大連海事大學(xué)學(xué)報(bào);2008年04期

7 高明波,李光浩,阿古達(dá)木;生物信息學(xué)方向畢業(yè)設(shè)計(jì)選題初探[J];大連民族學(xué)院學(xué)報(bào);2005年03期

8 趙金利;張群華;余貽鑫;賈宏杰;楊錦;;輸電網(wǎng)網(wǎng)架結(jié)構(gòu)的譜聚類分析算法[J];電力系統(tǒng)及其自動(dòng)化學(xué)報(bào);2009年04期

9 陳鵬;;數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)應(yīng)用初探[J];電腦知識(shí)與技術(shù);2010年33期

10 李翔;李仕強(qiáng);趙青虎;;基于邊聚類方法的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)社團(tuán)挖掘研究[J];電腦知識(shí)與技術(shù);2012年10期

中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 姜春林;杜維濱;李江波;;藥物分子設(shè)計(jì)技術(shù)領(lǐng)域的文獻(xiàn)計(jì)量可視化分析[A];科學(xué)學(xué)理論與科學(xué)計(jì)量學(xué)探索——全國科學(xué)技術(shù)學(xué)暨科學(xué)學(xué)理論與學(xué)科建設(shè)2008年聯(lián)合年會(huì)論文集[C];2008年

2 楊長平;;生物信息學(xué)在畜禽基因組研究中的應(yīng)用[A];中國農(nóng)業(yè)信息科技創(chuàng)新與學(xué)科發(fā)展大會(huì)論文匯編[C];2007年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王娟;大規(guī)模網(wǎng)絡(luò)安全態(tài)勢感知關(guān)鍵技術(shù)研究[D];電子科技大學(xué);2010年

2 杜方;復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)間相似性識(shí)別及其應(yīng)用[D];浙江大學(xué);2010年

3 陳欣;蛋白質(zhì)在不同界面的識(shí)別、吸附及穩(wěn)定性研究[D];浙江大學(xué);2009年

4 顧全;基于集成智能的膜蛋白受體結(jié)構(gòu)與功能研究[D];東華大學(xué);2010年

5 高翠芳;模糊聚類新算法及應(yīng)用研究[D];江南大學(xué);2011年

6 董浩;RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法研究[D];吉林大學(xué);2011年

7 李曉薇;大豆兩個(gè)MYB轉(zhuǎn)錄因子基因的克隆及其功能分析[D];吉林大學(xué);2011年

8 張勝利;蛋白質(zhì)與RNA中的若干問題研究[D];大連理工大學(xué);2011年

9 李偉;復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)特征結(jié)構(gòu)的挖掘方法研究[D];南京理工大學(xué);2010年

10 祁云嵩;微陣列數(shù)據(jù)分析中的基因選擇及樣本分類方法研究[D];南京理工大學(xué);2011年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 周斌;復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的社團(tuán)結(jié)構(gòu)挖掘及應(yīng)用研究[D];廣西師范學(xué)院;2010年

2 史舵;基于主成分分析方法的蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位[D];大連理工大學(xué);2010年

3 高珍;滸苔生理生態(tài)特性和轉(zhuǎn)錄組研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

4 劉蓉;代謝網(wǎng)絡(luò)及路徑（pathway）的研究和應(yīng)用[D];中南林業(yè)科技大學(xué);2008年

5 李亞杰;基于復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)理論的產(chǎn)業(yè)網(wǎng)絡(luò)研究[D];浙江工商大學(xué);2011年

6 趙振華;模體發(fā)現(xiàn)問題的若干算法及應(yīng)用研究[D];西安電子科技大學(xué);2009年

7 李丹;一種新的基于特征聚類的網(wǎng)絡(luò)motif識(shí)別算法[D];西安電子科技大學(xué);2009年

8 陳熠;基于代謝路徑的生物網(wǎng)絡(luò)比對算法[D];西安電子科技大學(xué);2009年

9 王延鵬;復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)重疊社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法研究[D];太原理工大學(xué);2011年

10 張景陽;基于局部介數(shù)的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)社區(qū)動(dòng)態(tài)演化研究[D];太原理工大學(xué);2011年

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 金弟;劉大有;楊博;劉杰;何東曉;田野;;基于局部探測的快速復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)聚類算法[J];電子學(xué)報(bào);2011年11期

2 ;Bioinformatics analyses for signal transduction networks[J];Science in China(Series C:Life Sciences);2008年11期

3 馬學(xué)軍,胡榮,呂海,魏開坤,張麗蘭,薛水星,侯云德;噬菌體顯示技術(shù)改造人干擾素α1c/86D的研究[J];中國科學(xué)C輯:生命科學(xué);1999年02期

4 劉偉;李棟;朱云平;賀福初;;信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析[J];中國科學(xué)(C輯:生命科學(xué));2008年11期

5 李敏;王建新;陳建二;;基于距離測定的蛋白質(zhì)復(fù)合物識(shí)別算法[J];吉林大學(xué)學(xué)報(bào)(工學(xué)版);2010年05期

6 孫景春,徐晉麟,李亦學(xué),石鐵流;大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)的分析與應(yīng)用[J];科學(xué)通報(bào);2005年19期

7 程永升,劉進(jìn)元;串聯(lián)親和純化(TAP)技術(shù)在蛋白質(zhì)組學(xué)中的應(yīng)用[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2004年04期

8 劉中揚(yáng);李棟;朱云平;賀福初;;蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化分析研究進(jìn)展[J];生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展;2009年01期

9 李民,周宗燦;蛋白質(zhì)芯片[J];生命的化學(xué);2001年02期

10 關(guān)薇;王建;賀福初;;大規(guī)模蛋白質(zhì)相互作用研究方法進(jìn)展[J];生命科學(xué);2006年05期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 李敏;蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中復(fù)合物和功能模塊挖掘算法研究[D];中南大學(xué);2008年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 夏天揚(yáng);蟻群算法在聚類分析中的應(yīng)用研究[D];武漢理工大學(xué);2010年

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王夏;李北平;譚明鋒;王月蘭;岳俊杰;梁龍;;生物信息學(xué)方法預(yù)測蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的功能模塊[J];生物技術(shù)通訊;2009年03期

2 王紅;王希誠;;隨機(jī)走步軟聚類識(shí)別蛋白質(zhì)網(wǎng)交疊功能模塊[J];計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用;2011年09期

3 杜瑾;劉奪;趙廣榮;元英進(jìn);;合成生物學(xué)學(xué)科發(fā)展概況[J];中國科學(xué)基金;2011年03期

4 梅娟;何勝;李煒疆;;基于圖聚類的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊探測[J];食品與生物技術(shù)學(xué)報(bào);2011年01期

5 張敏;朱晶;郭政;李霞;楊達(dá);王磊;饒紹奇;;利用亞細(xì)胞位置特異的基因功能模塊與表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)識(shí)別疾病特征基因[J];科學(xué)通報(bào);2006年13期

6 肖國華;李永進(jìn);郭政;彭春方;王棟;朱晶;楊達(dá);姚晨;王靖;;采用基于Gene Ontology的聚類方法研究白血病的遺傳異質(zhì)性[J];生物信息學(xué);2008年01期

7 李坤成;陳楠;王星;;構(gòu)建中國人數(shù)字化標(biāo)準(zhǔn)腦[J];中國醫(yī)學(xué)影像技術(shù);2010年09期

8 邱家學(xué),任金山;限制性內(nèi)切酶和甲基酶識(shí)別順序及序列組建數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)[J];中國藥科大學(xué)學(xué)報(bào);1989年03期

9 郭政;張?zhí)镂?王琦;王海蕓;;基于功能模塊的基因表達(dá)譜聚類分析[J];同濟(jì)大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2006年02期

10 劉齊軍;王正華;郭昊;孫漢昌;劉萬霖;朱云平;;一種新的度量生物復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)模塊性的方法[J];計(jì)算機(jī)工程與科學(xué);2010年08期

中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 徐加豹;蔡浩洋;張義正;李校;;基于基因網(wǎng)絡(luò)預(yù)測哺乳動(dòng)物線粒體蛋白質(zhì)的功能[A];中國遺傳學(xué)會(huì)第八次代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)討論會(huì)論文摘要匯編（2004-2008）[C];2008年

2 魏育娟;蔡邦平;郭凌毓;郭藝松;;廈門植物園植物信息管理系統(tǒng)的研制[A];中國植物園（第十四期）[C];2011年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前7條

1 李濤;肝臟質(zhì)膜蛋白質(zhì)表達(dá)譜的構(gòu)建及功能研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2009年

2 方焯;基于生物知識(shí)的生物芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析研究[D];華中科技大學(xué);2006年

3 李杰;基因表達(dá)譜分析若干關(guān)鍵技術(shù)研究[D];哈爾濱工業(yè)大學(xué);2007年

4 梅娟;復(fù)雜生物網(wǎng)絡(luò)聚類分析方法[D];江南大學(xué);2010年

5 湯�，|;基于多生物信息的蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究[D];中南大學(xué);2013年

6 彭佳揚(yáng);代謝網(wǎng)絡(luò)中功能模塊挖掘和進(jìn)化分析研究[D];中南大學(xué);2011年

7 徐娟;miRNA-miRNA協(xié)同調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：構(gòu)建、疾病miRNA拓?fù)涮卣骷靶蛄泻徒Y(jié)構(gòu)相似性分析[D];哈爾濱醫(yī)科大學(xué);2011年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前9條

1 胡偉鳳;基于不確定網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)功能模塊挖掘算法研究[D];湖南大學(xué);2013年

2 胡興;基于最優(yōu)搜索的基因可變剪接的預(yù)測[D];電子科技大學(xué);2008年

3 何東;基于多信息融合建立基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)[D];華中科技大學(xué);2007年

4 白琳;植物抗逆基因資源平臺(tái)的構(gòu)建與分析[D];浙江大學(xué);2012年

5 黃冬林;MyBioNet：在線生物網(wǎng)絡(luò)可視化、編輯和整合的Web應(yīng)用[D];浙江大學(xué);2011年

6 王秋文;基于Hadoop的全基因組關(guān)聯(lián)研究系統(tǒng)設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[D];天津大學(xué);2012年

7 夏艷軍;蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)的構(gòu)建及其應(yīng)用[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

8 李亞南;基于最佳鄰居節(jié)點(diǎn)的蛋白質(zhì)復(fù)合體挖掘算法研究[D];華中師范大學(xué);2013年

9 武學(xué)鴻;蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的聚類分析方法及評估[D];中南大學(xué);2013年

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本文編號(hào)：739232