本文關(guān)鍵詞：基于二代測序的剛地弓形蟲Chinese 1基因型不同毒力蟲株的變異檢測

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【摘要】：背景:剛地弓形蟲(Toxoplasma gondii)是專性細胞內(nèi)寄生原蟲,可影響包括人類在內(nèi)的溫血動物,并具有較高的感染率。弓形蟲垂直傳播可導(dǎo)致流產(chǎn),對人類構(gòu)成嚴重威脅并可導(dǎo)致畜牧業(yè)生產(chǎn)的巨大損失。中國流行弓形蟲的種群結(jié)構(gòu)與北美和歐洲明顯不同,Chinese 1(Toxo DB#9)是國內(nèi)的優(yōu)勢基因型。而Chinese 1基因型的Wh3和Wh6在小鼠中呈現(xiàn)不同的毒力。然而,少有關(guān)于二者在基因組水平的差異的報道。不同基因型蟲株的致病機制和效應(yīng)分子功能存在明顯差異,稱為基因型/蟲株相關(guān)的致病機制(genotype/strain-associated pathogenesis)。深入研究同一基因型明顯表型差異蟲株的基因組差異,對探尋我國優(yōu)勢基因型蟲株的致病機制具有十分重要的意義。目的:探究我國優(yōu)勢Chinese 1基因型蟲株Wh3和Wh6蟲株在基因組水平的差異,尋找可能導(dǎo)致表型差異的關(guān)鍵性效應(yīng)分子。方法:取Wh3和Wh6蟲株急性感染小鼠腹水,經(jīng)分離純化提取基因組DNA,構(gòu)建基因組測序文庫,進行全基因組測序,生物信息學分析檢測Wh3和Wh6蟲株與I型蟲株GT1的差異,并特異性地檢索位于相關(guān)的毒力效應(yīng)分子的變異,利用q RT-PCR對相關(guān)的效應(yīng)分子的表達水平進行檢測。結(jié)果:我們成功地對Wh3和Wh6進行基因組的測序,平均測序深度分別為63.91×和63.61×,兩分離蟲株與I型GT1株進行比較,分別存在505,645個和505,856個SNP,30,658個和30,004個In Del,4,661個和2,320個SV以及1,942個和3,080個CNV。對弓形蟲的部分效應(yīng)分子進行了變異檢索,發(fā)現(xiàn)致密顆粒蛋白3(GRA3)和棒狀體頸部蛋白3(RON3)分別攜帶有35個SNP、2個In Del和89個SNP、6個In Del。GRA3和RON3均發(fā)現(xiàn)在弱毒的Wh6中存在顯著的較高水平的表達。另外,Chinese 1基因型蟲株與I、II、III型蟲株相比兼具有GRA15II和ROP16I/III的多態(tài)性。結(jié)論:Chinese 1基因型蟲株Wh3和Wh6蟲株之間存在顯著的差異,其中GRA3和RON3可能為導(dǎo)致表型差異的效應(yīng)分子,同時Chinese 1蟲株兼具有GRA15II和ROP16I/III。
【關(guān)鍵詞】：剛地弓形蟲 二代測序 變異檢測 毒力效應(yīng)分子
【學位授予單位】：安徽醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R382.5
【目錄】：

• 英文縮略詞對照表5-7
• 中文摘要7-9
• 英文摘要9-11
• 1. 前言11-15
• 2. 材料與方法15-23
• 3. 結(jié)果23-40
• 4. 討論40-43
• 5. 結(jié)論43-44
• 6. 參考文獻44-50
• 附錄50-60
• 附錄一 個人簡歷50-51
• 附錄二 致謝51-52
• 附錄三 綜述52-60
• 參考文獻57-60

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1 Gross U ,李德發(fā);歐洲的剛地弓形蟲研究[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);1997年04期

2 張恩英;剛地弓形蟲感染單核細胞后膜勢能的變化[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);2002年04期

3 王曉黎,王冬冬,安春麗;剛地弓形蟲與性別:是必要的還是隨意選擇[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);2004年03期

4 張潔;用小分子方法研究剛地弓形蟲的入侵機制[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);2005年05期

5 李潤花;郝海霞;王海龍;孟曉麗;申金雁;殷國榮;;剛地弓形蟲肌動蛋白基因的克隆與表達[J];中國寄生蟲學與寄生蟲病雜志;2013年05期

6 McLeod R ,程訓(xùn)佳;剛地弓形蟲——細胞和分子生物學研究的新進展[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);1992年01期

7 徐大為;剛地弓形蟲的嘧啶補救途徑[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);1993年05期

8 毛佐華;剛地弓形蟲肌動蛋白解聚因子的克隆及特性[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);1998年03期

9 王兆軍;γ-射線對孢子化與未孢子化的剛地弓形蟲的影響[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);1999年01期

10 申川軍;阿聯(lián)酋主要地區(qū)兒童剛地弓形蟲病流行情況的血清學調(diào)查[J];國外醫(yī)學(寄生蟲病分冊);2003年06期

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1 楊瑞;侯玉英;趙晉英;劉智深;饒華祥;張淑萍;徐秀文;祝壽芬;郭劍津;;剛地弓形蟲感染對雄性小鼠性激素分泌和睪丸激素受體的影響[A];中華醫(yī)學會熱帶病與寄生蟲學分會機會性感染學術(shù)研討會論文匯編[C];2007年

2 侯玉英;楊瑞;趙晉英;劉智深;張淑萍;徐秀文;饒華祥;郭劍津;祝壽芬;;剛地弓形蟲感染對小鼠生精細胞凋亡的影響[A];中華醫(yī)學會熱帶病與寄生蟲學分會機會性感染學術(shù)研討會論文匯編[C];2007年

3 劉麗麗;;概述弓形蟲病及其研究進展[A];中華醫(yī)學會第八次全國檢驗醫(yī)學學術(shù)會議暨中華醫(yī)學會檢驗分會成立30周年慶典大會資料匯編[C];2009年

4 張理航;邵國青;劉茂軍;呂芳;李賀俠;吳敘蘇;馮志新;;剛地弓形蟲NT株P(guān)30基因的克隆與表達[A];中國畜牧獸醫(yī)學會家畜寄生蟲學分會第六次代表大會暨第十次學術(shù)研討會論文集[C];2009年

5 吳q;陳曉光;彭鴻娟;李華;;剛地弓形蟲SAG1基因的克隆及在大腸桿菌中的初步表達[A];中國動物學會第七屆全國青年寄生蟲學工作者學術(shù)討論會論文摘要集[C];2002年

6 張理航;劉茂軍;呂芳;李賀俠;吳敘蘇;馮志新;邵國青;;剛地弓形蟲NT株P(guān)30基因的克隆與表達[A];中國畜牧獸醫(yī)學會動物傳染病學分會第三屆豬病防控學術(shù)研討會論文集[C];2008年

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1 葛以躍;NK細胞的TLR/MyD88信號通路在剛地弓形蟲感染早期IFN-γ產(chǎn)生過程中的作用研究[D];南京醫(yī)科大學;2013年

2 付永鋒;抗剛地弓形蟲特異性人源抗體Fab片段的制備和研究[D];復(fù)旦大學;2008年

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1 蘇丹華;剛地弓形蟲Prx體外抗氧化機制研究[D];江蘇大學;2016年

2 程維晟;基于二代測序的剛地弓形蟲Chinese 1基因型不同毒力蟲株的變異檢測[D];安徽醫(yī)科大學;2016年

3 孫敏;剛地弓形蟲14-3-3蛋白真核表達載體的構(gòu)建與表達[D];山東大學;2013年

4 王芬;剛地弓形蟲磷酸甘油酸變位酶2基因的生物信息學分析、克隆表達及免疫保護性研究[D];山西醫(yī)科大學;2011年

5 岳紅霞;長春地區(qū)孕婦弓形蟲感染蟲株的基因分型[D];吉林大學;2011年

6 孔t，

本文編號：731820