本文關(guān)鍵詞：螨類變應(yīng)原的聚類及相關(guān)生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的分析螨變應(yīng)原的聚類、所屬的蛋白家族及其氨基酸序列組成特點(diǎn)。方法從國(guó)際免疫學(xué)會(huì)聯(lián)合會(huì)變應(yīng)原命名數(shù)據(jù)庫(kù)獲得螨類變應(yīng)原氨基酸序列,采用生物信息學(xué)方法進(jìn)行進(jìn)化樹構(gòu)建、蛋白質(zhì)家族和超家族分類、序列比對(duì)、二級(jí)結(jié)構(gòu)分析和序列相似度分析。結(jié)果螨類變應(yīng)原第1~24組分在系統(tǒng)進(jìn)化樹中按照功能聚類成7大簇,歸屬于Trypsin等16個(gè)蛋白質(zhì)家族和E set domains等13個(gè)蛋白質(zhì)超家族。通過(guò)序列比對(duì),獲得螨類變應(yīng)原第1、2組分的一致性氨基酸和獨(dú)有氨基酸信息及第1、2組分亞型間氨基酸置換信息。螨類變應(yīng)原第1、2組分的二級(jí)結(jié)構(gòu)基本都由α-螺旋、延伸主鏈和無(wú)規(guī)卷曲構(gòu)成,但Tyr p 2的二級(jí)結(jié)構(gòu)不含α-螺旋。Der f 1、Der p1和Eur m 1序列相似度高(82.77%~84.50%),在進(jìn)化樹中也聚類在一起;Der f 2、Der p 2和Eur m 2亦然(相似度分別為84.17%~85.15%)。結(jié)論螨類變應(yīng)原第1~24組分歸屬于16個(gè)蛋白質(zhì)家族和13個(gè)蛋白質(zhì)超家族,并聚類為7個(gè)簇,每簇變應(yīng)原都有其特定功能,可為新變應(yīng)原的尋找和變態(tài)反應(yīng)學(xué)的基礎(chǔ)研究提供參考,并為重組變應(yīng)原的研究提供新的方向。
【作者單位】： 鹽城衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)學(xué)院醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 螨類變應(yīng)原 聚類分析 生物信息學(xué)分析
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.NSFC31272369,No.NSFC81001330,No.30660166) 江蘇省衛(wèi)生廳招標(biāo)項(xiàng)目(No.Z200914) 江蘇省衛(wèi)生職業(yè)技術(shù)教育研究立項(xiàng)課題(No.J200907) 江蘇省“六大人才高峰”第六批資助項(xiàng)目
【分類號(hào)】：R384.4
【正文快照】： 螨屬于節(jié)肢動(dòng)物門(Arthropoda)、有螯亞門(Cheli-ceriformes)、蛛形綱(Arachnida)、蜱螨亞綱(Acari),廣泛分布于人類生活的環(huán)境中[1]。螨體內(nèi)含有多種變應(yīng)原,包括螨體、螨卵、螨蛻下的皮、死亡螨體的裂解物及活螨的排泄物、分泌物等,其組成分相當(dāng)復(fù)雜[2]。人長(zhǎng)期接觸螨類變應(yīng)

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：600903