目的建立用于結(jié)核分枝桿菌間隔區(qū)寡核苷酸分型的膜芯片技術(shù),并評(píng)估其應(yīng)用價(jià)值。方法根據(jù)結(jié)核分枝桿菌直接重復(fù)序列43間隔子設(shè)計(jì)特異的分型探針并制作膜芯片,通過直接重復(fù)序列特異引物擴(kuò)增基因組間隔子相應(yīng)區(qū)段的DNA。擴(kuò)增引物用生物素標(biāo)記,擴(kuò)增標(biāo)記后的產(chǎn)物與芯片的探針雜交,根據(jù)顯色后產(chǎn)生的斑點(diǎn)確定標(biāo)本的基因亞型。對(duì)175株臨床分離菌株用該方法進(jìn)行分型,用傳統(tǒng)膜雜交法作對(duì)照。結(jié)果 H37Rv和BCG菌株DNA擴(kuò)增產(chǎn)物與膜芯片雜交,43條探針均出現(xiàn)雜交斑點(diǎn)。用膜芯片技術(shù)雜交獲得H37Rv和BCG菌株的基因亞型,與傳統(tǒng)固相膜雜交結(jié)果一致。用該法對(duì)175株臨床分離菌株進(jìn)行分型,其中167株屬于4個(gè)已知的基因家族,最大的一個(gè)為北京家族,占62.9%(110/175)。北京家族中有107株為典型北京家族(1-34間隔區(qū)缺失),3株為北京樣基因型(Beijing-like),即非典型北京家族(35-43間隔區(qū)也有缺失)。T家族占30.9%(54/175),包括34株T1,14株T2,6株T3。2株Manu2和1株LAM9;未匹配8株,占4.6%(8/175)。膜芯片技術(shù)雜交結(jié)果與傳統(tǒng)膜雜交結(jié)果完全相同,耗時(shí)由膜...

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【文章目錄】：
材料與方法
    1 材料
        1.1 菌株來源
    2 方法
        2.1 DNA提取
        2.2 傳統(tǒng)Spoligotyping分型
        2.3 可視化膜芯片技術(shù)的建立及應(yīng)用
            2.3.1 膜芯片制備
            2.3.2 膜芯片檢測(cè)
            2.3.3 靈敏度實(shí)驗(yàn)
        2.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)處理
結(jié) 果
    1 標(biāo)準(zhǔn)菌株H37Rv和BCG的雜交
    2 臨床MTB菌株膜雜交分型
    3 膜芯片技術(shù)與膜雜交結(jié)果一致性比較
    4 試驗(yàn)操作所需時(shí)間比較
    5 試驗(yàn)的靈敏度
討 論



本文編號(hào)：3737968