目的·檢測(cè)人單核細(xì)胞經(jīng)干擾素α(interferonα,IFNα)刺激后在全基因組水平上的染色質(zhì)開放性變化。方法·收集健康人外周血單核細(xì)胞,運(yùn)用基于轉(zhuǎn)座酶和高通量測(cè)序的染色質(zhì)分析(assay for transposase-accessible chromatin using sequencing,ATAC-seq)技術(shù)檢測(cè)染色質(zhì)開放性。使用生物信息學(xué)工具進(jìn)行富集分析和可視化分析。結(jié)果·經(jīng)過(guò)IFNα處理后,染色質(zhì)開放性發(fā)生顯著增加的區(qū)域有430個(gè),顯著降低的區(qū)域有442個(gè);大部分開放結(jié)構(gòu)位于基因的啟動(dòng)子和臨近區(qū)域,其次是基因間區(qū)域以及基因的內(nèi)含子區(qū)域。富集分析顯示,染色質(zhì)開放性明顯增加的區(qū)域所關(guān)聯(lián)的基因涉及的生物學(xué)過(guò)程大多是與干擾素相關(guān)的信號(hào)通路和抗病毒反應(yīng)�？梢暬鄳�(yīng)的染色質(zhì)區(qū)域,效應(yīng)性干擾素誘導(dǎo)表達(dá)基因(interferon-stimulated gene,ISG)的啟動(dòng)子及轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)區(qū)域在IFNα刺激之后ATAC-seq信號(hào)強(qiáng)度明顯增強(qiáng);而調(diào)節(jié)性ISG在IFNα刺激前即已具備一定程度的開放性,刺激之后開放性有所增強(qiáng)。開放性增強(qiáng)區(qū)域含有干擾素刺激反應(yīng)元件以及干擾素調(diào)控因子等重要轉(zhuǎn)...

【文章來(lái)源】： 上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019,39(05)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 研究對(duì)象
    1.2 主要試劑和儀器
    1.3 方法
        1.3.1 流式細(xì)胞術(shù)分選人外周血單核細(xì)胞
        1.3.2 細(xì)胞培養(yǎng)和處理
        1.3.3 轉(zhuǎn)座與建庫(kù)
        1.3.4 質(zhì)控與測(cè)序
        1.3.5 生物信息學(xué)分析
2 結(jié)果
    2.1 鑒定受到Ⅰ型干擾素調(diào)控的染色質(zhì)區(qū)域
    2.2 ATAC-seq信號(hào)在順式調(diào)控元件上的分布
    2.3 開放區(qū)域所關(guān)聯(lián)基因的富集分析
    2.4 可視化分析
    2.5 Motif分析
3 討論



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