隨著計算機輔助分子模擬技術(shù)的蓬勃發(fā)展,計算生物學(xué)越來越多地應(yīng)用于生命科學(xué)各個領(lǐng)域,包括蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析、預(yù)測和分子對接的理論方法和應(yīng)用軟件。這些方法和工具用于抗體結(jié)構(gòu)和抗原-抗體相互作用的研究當(dāng)中,將為抗體工程相關(guān)的研究和應(yīng)用提供了重要的理論指導(dǎo)和實驗所需的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。本研究旨在:1)用公共訪問的生物信息學(xué)工具和數(shù)據(jù)庫,建立一種針對鼠源性和人源性抗體可變區(qū)結(jié)構(gòu)預(yù)測和模擬的方法,并轉(zhuǎn)化為可用的軟件工具。同時用該軟件對HAb18G/CD147單體HAb18進行結(jié)構(gòu)模建;2)通過計算機輔助分子對接技術(shù)研究HAb18G/CD147分子與抗體HAb18的結(jié)合模式,確定抗原-抗體相互作用的關(guān)鍵氨基酸殘基。3)在分析抗體空間結(jié)構(gòu)特點和氨基酸殘基間相互作用基礎(chǔ)上,利用計算機輔助分子設(shè)計和表面殘基替換法進行鼠抗體人源化設(shè)計。研究方法是:1)抗體結(jié)構(gòu)模建:從PDB（Protein Data Bank）數(shù)據(jù)庫中篩選抗體的結(jié)構(gòu)信息,構(gòu)建本地抗體結(jié)構(gòu)庫,使用Java語言編寫程序?qū)崿F(xiàn)目標(biāo)抗體同本地抗體結(jié)構(gòu)庫的序列比對,為目標(biāo)抗體搜索同源模板,最后由Modeller 9v1完成抗體三維結(jié)構(gòu)預(yù)測;2)抗原表位預(yù)測:以折疊... 

【文章來源】：中國人民解放軍空軍軍醫(yī)大學(xué)陜西省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

HAb18可變區(qū)氨基酸序列

選模建模板：1SBS 同 A：CDR-L1：3；CDR-L2：1；CDR-L3：1；CDR-H1：1；CDR-H2：接定 1SBS 抗體可變區(qū)復(fù)合物結(jié)構(gòu)為同源模建 HAb18 的結(jié)構(gòu)模板。 AI 的適合 CDR-H3 的優(yōu)化模板，但是其長度僅有 6 個氨基酸殘基，因此頭模建的方法來構(gòu)建 CDR-H3。模建結(jié)果的能量優(yōu)化和評估Lunix下用AMBER6 對HAb18 的模建結(jié)果進行 900 步能量優(yōu)化。PRO結(jié)果的G-factors 的各項空間幾蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)的統(tǒng)計學(xué)要求。最終的HAb18表示HAb18 V ，淺灰色表示HAb18 V 。HAb18 的得分最高，其 CDR 正則類別同 H的搜索確定 1I L 鏈 CDR-L1 為 HAb18 的 CDR-L1 的優(yōu)化模板Overall為-0.21，說明模建結(jié)果空間三維結(jié)構(gòu)見圖H L

第四軍醫(yī)大學(xué)碩士學(xué)位論文Mus Antibodies Hum Antibodies1.4.1 AbModeller 的內(nèi)容與功能1.4 AbModeller 的構(gòu)建和評估根據(jù) 1.3 所描述的方法利用 Java 編程平臺在 Windows XP 環(huán)境下，以Modeller9v1 為后臺程序編寫了 AbModeller 抗體結(jié)構(gòu)模建軟件，見圖 1.3。CDR 范圍，判斷 CDR 正則類型；2）從本地抗體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫中搜索目標(biāo)抗體的同源模板；3）從本地抗體序列該軟件的功能包括：1）自動劃分抗體可變區(qū)


本文編號：3418082