近年來(lái)的研究表明，金屬離子尤其是銅、鐵等過(guò)渡金屬離子的異常代謝與阿爾茨海默氏病、朊病毒疾病等神經(jīng)退行性疾病有關(guān)。而金屬離子的異常代謝又是由于其轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白正常功能發(fā)生異常或者是喪失所導(dǎo)致，所以對(duì)金屬離子螯合蛋白質(zhì)的研究進(jìn)行的如火如荼。結(jié)合已有的生物信息學(xué)優(yōu)勢(shì)，本論文擬構(gòu)建銅離子螯合蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)（The Database of Copper-Chelating Proteins，簡(jiǎn)稱(chēng)DCCP）。雖然國(guó)際上有些蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)收錄了部分銅離子螯合蛋白質(zhì)，但是收錄信息不全面，更新速度較慢，蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)信息涵蓋較少是其主要缺點(diǎn)，DCCP則可以彌補(bǔ)其不足。在構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)的基礎(chǔ)上，還對(duì)DCCP收錄的數(shù)據(jù)進(jìn)行初步分析，結(jié)果將對(duì)神經(jīng)退行性疾病的藥物研發(fā)有一定的幫助。 DCCP的基本數(shù)據(jù)來(lái)源于GenBank、PIR、SWISS-PROT、PDB等國(guó)際上著名的生物信息數(shù)據(jù)中心，依靠LAMP——Linux、Apache、MySQL、PHP等語(yǔ)言平臺(tái)的輔助，完成了數(shù)據(jù)和計(jì)算機(jī)程序的有機(jī)組合——數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建。 DCCP數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了來(lái)自蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)信息，蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)的序列信息，蛋白質(zhì)定位信... 

【文章來(lái)源】：山東師范大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：50 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

模建的AAF74772的結(jié)構(gòu)

2.1疏水氨基酸和親水氨基酸含量分析蛋白質(zhì)的氨基酸組成有一定規(guī)律:空間靠近的正負(fù)電性氨基酸之間要形成鹽鍵;跨越細(xì)胞膜的結(jié)構(gòu)域必須是由疏水性的氨基酸組成的螺旋或折疊等二級(jí)結(jié)構(gòu)，如圖6.1所示細(xì)胞膜上的兩個(gè)蛋白質(zhì)，分別以螺旋和折疊結(jié)構(gòu)跨越細(xì)胞膜;絡(luò)合金屬離子的位點(diǎn)必須含有特殊的氨基酸殘基等。所以這些蛋白質(zhì)應(yīng)該具有特殊的氨基酸含量[l’61。也有實(shí)驗(yàn)表明，在AD和PD等神經(jīng)退行性疾病中聚集的多膚或蛋白質(zhì)分子，在某些非神經(jīng)系統(tǒng)內(nèi)聚集的淀粉樣分子(Non-neuropathlc別nyloidoses)通常在正常的生理狀態(tài)下易于采取無(wú)規(guī)則結(jié)構(gòu)的構(gòu)象11’刀。DccP數(shù)據(jù)庫(kù)中收錄的都是鰲合銅離子的蛋白質(zhì)，很多是疾病相關(guān)蛋白，所以統(tǒng)計(jì)DCCpes3D中的蛋白質(zhì)序列中的疏水氨基酸和親水氨基酸的含量分布，并與負(fù)樣本(從SwiSS一PROT數(shù)據(jù)庫(kù)隨機(jī)抽取的相同數(shù)量的蛋白質(zhì)序列)進(jìn)行比較，也許可以得到某些有意義的結(jié)論。圖6.1跨膜蛋白的外壁，分別是側(cè)面觀，頂面觀Fig6.1TheouterstrIJeturesoftransmembraneProteins

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3343817