分子分型方法在結核分枝桿菌復合群分離株中的研究和應用
本文選題:結核分枝桿菌復合群 + 聚合酶鏈反應; 參考:《第三軍醫(yī)大學》2007年碩士論文
【摘要】: 目的: 1.建立快速鑒定結核分枝桿菌復合群(MTBC)菌種的方法。 2.建立Spoligotyping和VNTR兩種MTBC分離株基因分型方法,評價其應用價值及在我國應用的可行性。 方法: 1.將7對MTBC各菌種特異性引物(Mtbcl-7)進行聚合酶鏈反應(PCR),通過對擴增產(chǎn)物的不同帶型進行分析,對己知標準株和96株臨床分離株進行菌種鑒定。 2.將被鑒定的結核分枝桿菌菌株進行Spoligotyping和VNTR兩種分型,其結果進行比較。 結果: 1.用3株MTBC標準株,9株非分枝桿菌標準株以及27株非結核分枝桿菌(NTM)標準株對7對MTBC各菌種特異性引物進行特異性鑒定,結果證明引物Mtbc1能鑒定出分枝桿菌和非分枝桿菌;引物Mtbc2能鑒定出NTM和MTBC;引物Mtbc3能鑒定出微小分枝桿菌;引物Mtbc4能從MTBC中識別出牛分枝桿菌和卡介苗;引物Mtbc5能鑒定出非洲分枝桿菌Ⅱ型和結核分枝桿菌;引物Mtbc6和引物Mtbc4結合能鑒定出卡介苗;引物Mtbc7和引物Mtbc5聯(lián)合能鑒定出M.canettii分枝桿菌。96株臨床分離株經(jīng)7對引物擴增,擴增結果顯示NTM 20株,牛分枝桿菌1株,卡介苗1株,M.canettii分枝桿菌3株,微小分枝桿菌3株,非洲分枝桿菌Ⅰ型3株,M.caprae分枝桿菌1株,結核分枝桿菌或非洲分枝桿菌Ⅱ型64株。 2.用Spoligotyping方法對59株結核分枝桿菌菌株進行基因分型,得到11種基因型,其中49株屬北京基因型菌株,而用VNTR分型方法可將這些菌株分為53種基因型。49株北京基因型菌株可以分為43種不同的VNTR基因型。10個VNTR位點的多態(tài)性分析表明各位點有較大的區(qū)別,其中8個位點顯示了較高的多態(tài)性,2個位點顯示了中等程度的多態(tài)性。 結論: 1.應用PCR技術鑒定MTBC菌種結果準確可靠,且具有簡便和快速等優(yōu)點,有較大的分子流行病學應用價值。 2.Spoligotyping分型法只需要少量的DNA可直接用于標本的檢測,但分辨率不高,在北京家族株流行的地區(qū),該方法不適用。VNTR分型方法簡單快速,其數(shù)字化結果清晰可靠,是一種有效的結核分枝桿菌菌株基因分型方法。 3.Spoligotyping及VNTR兩種非常有效的分型方法進行結核病流行病學調(diào)查和分子流行病學研究具有重要意義,尤其是VNTR技術,便于普及,可以在結核病分子流行病學調(diào)查研究上發(fā)揮重要作用。
[Abstract]:Purpose :
1 . A method for rapidly identifying Mycobacterium tuberculosis complex group ( MTBC ) strain is established .
2 . To establish the genotyping method of two MTBC isolates of Spoligotyping and VNTR , to evaluate its application value and the feasibility of its application in China .
Method :
1 . 7 pairs of MTBC strain specific primers ( Mtbcl - 7 ) were subjected to polymerase chain reaction ( PCR ) .
2 . Spoligotyping and VNTR typing were performed on the identified Mycobacterium tuberculosis strains , and the results were compared .
Results :
1 . The specific primers of MTBC standard strains , 9 strains of non - mycobacterium and 27 strains of non - Mycobacterium tuberculosis were identified . The results showed that the primers Mtbc2 could identify Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium tuberculosis ; the primers Mtbc2 could identify Mycobacterium tuberculosis and M.canettii . The primers Mtbc4 were able to identify M . canettii . The primers Mtbc4 and Mtbc4 were able to identify M . canettii . The primers Mtbc4 and Mtbc4 were able to identify M . canettii . The primers Mtbc4 and Mtbc4 were able to identify Mycobacterium tuberculosis .
2 . By using Spoligotyping method , 59 strains of Mycobacterium tuberculosis were genotyped to obtain 11 genotypes , 49 of them belong to Beijing genotype strains , and the strains can be divided into 53 genotypes by VNTR typing method . The 49 Beijing genotype strains can be divided into 43 different VNTR genotypes .
Conclusion :
1 . Using PCR technique to identify MTBC strain results is accurate and reliable , and has the advantages of simplicity and rapidity , and has great molecular epidemiology application value .
2 . Spoligotyping typing method requires only a small amount of DNA to be directly used for specimen detection , but the resolution is not high . The method is not applicable in the area where the Beijing family is popular . The VNTR typing method is simple and rapid , the digitization result is clear and reliable , and is an effective genotyping method for Mycobacterium tuberculosis strains .
3 . Both Spoligotyping and VNTR are important for epidemiological investigation of tuberculosis and molecular epidemiology , especially VNTR technology , which can play an important role in epidemiological investigation of tuberculosis .
【學位授予單位】:第三軍醫(yī)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2007
【分類號】:R392
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