本文關(guān)鍵詞：hsa-miR-197靶基因預(yù)測及生物信息學(xué)特征分析　出處：《江蘇醫(yī)藥》2014年04期 　論文類型：期刊論文

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【摘要】：目的通過對hsa-miR-197進(jìn)行系統(tǒng)的生物信息學(xué)分析,預(yù)測其靶基因、相關(guān)功能及其可能參與的生物學(xué)過程。方法通過PubMed檢索hsa-miR-197相關(guān)文獻(xiàn);通過miRBase、NCBI等在線數(shù)據(jù)庫獲取并分析hsa-miR-197序列保守性及其基因組特征。通過GO功能注釋、GO富集分析和信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析,選擇miRanda、TargetScan及PicTar預(yù)測hsa-miR-197的靶基因的交集作為分析的基因集合。結(jié)果 (1)hsa-miR-197在人類同源的物種間具有高度保守性。(2)三種方法預(yù)測結(jié)果取交集獲得hsa-miR-197可能的靶基因共有32個。(3)hsa-miR-197靶基因主要參與DNA修復(fù)、蛋白磷酸化、離子轉(zhuǎn)運、蛋白修飾、DNA依賴的轉(zhuǎn)錄調(diào)控等生物學(xué)過程,涉及Wnt、氨基糖類代謝等信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。結(jié)論 hsa-miR-197的功能較廣泛,與發(fā)育、代謝等密切相關(guān)。
[Abstract]:Objective to predict the target gene of hsa-miR-197 by systematic bioinformatics analysis. Methods hsa-miR-197 literature was searched by PubMed. The conserved hsa-miR-197 sequence and its genomic characteristics were obtained and analyzed by on-line databases such as miRBaseNCBI. Go functional annotations were used. Go enrichment analysis and signal transduction pathway enrichment analysis were used to select miRanda. TargetScan and PicTar predict the intersection of target genes of hsa-miR-197 as an analytical gene set. Hsa-miR-197 is highly conserved among human homologous species.) three methods were used to predict the results. The possible target genes of hsa-miR-197 were obtained by intersection. Hsa-miR-197 target genes are mainly involved in DNA repair. Protein phosphorylation, ion transport, protein-modified DNA-dependent transcriptional regulation and other biological processes are involved in Wnt. Conclusion hsa-miR-197 has a wide range of functions and is closely related to development and metabolism.
【作者單位】： 南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院東院婦產(chǎn)科;南京醫(yī)科大學(xué)附屬南京市婦幼保健院婦科;
【基金】：國家自然科學(xué)基金青年科學(xué)基金(81202042)
【分類號】：R341
【正文快照】： 微小RNA(miRNA)是一類在真核生物體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的長度約22nt的內(nèi)源性非編碼小分子RNA,通過與靶標(biāo)miRNA 3′端非編碼區(qū)完全或不完全互補(bǔ)配對,從而降解靶標(biāo)miRNA、抑制靶標(biāo)miRNA翻譯起始,在轉(zhuǎn)錄后水平進(jìn)行基因調(diào)控,并參與調(diào)節(jié)細(xì)胞分化、增殖、凋亡、致癌、抑癌、激素分泌等大部分生物

【共引文獻(xiàn)】

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9 楊q，

本文編號：1412151