本文關(guān)鍵詞：LincRNA競爭性結(jié)合miRNA的序列結(jié)構(gòu)分析

  更多相關(guān)文章： lincRNA 結(jié)合位點 MINDy算法 序列結(jié)構(gòu)特征 SNP

【摘要】：基因間長鏈非編碼RNA(large intergenic non-coding RNA,linc RNA)是指基因間不編碼蛋白質(zhì)的長度大于200nt的RNA。最初,linc RNA被認(rèn)為是基因組轉(zhuǎn)錄的“噪聲”,不具備任何生物學(xué)功能。然而,隨著第二代測序技術(shù)的發(fā)展及其所產(chǎn)生的大量數(shù)據(jù),越來越多的linc RNA被識別,引起了人們的重視。至今,已有超過12000的linc RNAs被收錄在人類基因組中。linc RNA參與轉(zhuǎn)錄調(diào)控和表觀遺傳調(diào)控,并且在多種疾病中發(fā)揮作用。另外,lin RNA和m RNA一樣能和mi RNA結(jié)合,并通過該機制對m RNA的表達(dá)進(jìn)行間接調(diào)控。基于linc RNA與m RNA競爭結(jié)合mi RNA的功能,我們分析linc RNA的序列結(jié)構(gòu)特征,并分析linc RNA與m RNA的序列結(jié)構(gòu)特征的差異。首先,我們將從TCGA網(wǎng)站下載的卵巢漿液性囊腺癌中的基因芯片表達(dá)譜整理成linc RNA,m RNA和mi RNA的表達(dá)數(shù)據(jù)矩陣。基于表達(dá)數(shù)據(jù)陣列,采用MINDy算法識別影響m RNA-mi RNA表達(dá)關(guān)系的linc RNAs。linc RNA,m RNA,mi RNA組成三元組,依據(jù)三元組中l(wèi)inc RNA表達(dá)值的高低將樣本分成兩個子集,ΔI代表兩個子集中m RNA和linc RNA的互信息差值。ΔI的絕對值越高,linc RNA對mi RNA和m RNA表達(dá)關(guān)系的影響越大。我們得到上百萬個ΔI不為0的三元組,說明linc RNA對m RNA-mi RNA的關(guān)系有一定的調(diào)控作用。其次,我們分析linc RNA的序列結(jié)構(gòu)特征與linc RNA對m RNA-mi RNA表達(dá)關(guān)系調(diào)控作用的關(guān)系。結(jié)果顯示linc RNA自身的一些特征,如序列長度,二級結(jié)構(gòu)會在一定程度上影響linc RNA的作用。linc RNA上靶點區(qū)域的相關(guān)特征和linc RNA-mi RNA雙鏈結(jié)合特征同樣也會影響linc RNA的作用,包括靶點處的AU含量,靶點在序列上的位置以及l(fā)inc RNA-mi RNA雙鏈的最小自由能。此外,一些特定的SNP會破壞linc RNA局部乃至整體的結(jié)構(gòu),進(jìn)而對linc RNA結(jié)合mi RNA產(chǎn)生影響。最后,圍繞ΔI絕對值大于0.2的三元組,分析比較linc RNA和m RNA各自結(jié)合mi RNA的相關(guān)特征。我們發(fā)現(xiàn)m RNA的3’UTR長度比linc RNA序列長,在整條序列和序列上靶點區(qū)域的AU含量均大于linc RNA,而這些特征都是有利于結(jié)合mi RNA的。m RNA-mi RNA的雙鏈結(jié)構(gòu)比linc RNA-mi RNA的雙鏈穩(wěn)定,mi RNA在m RNA上的結(jié)合位點分布在序列兩端而linc RNA上靶點分布較均勻�？傮w上,m RNA的序列結(jié)構(gòu)特性比linc RNA更易與mi RNA結(jié)合。
【學(xué)位授予單位】：南京航空航天大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R3416

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本文編號：1188300