本文關(guān)鍵詞：懲罰廣義線性模型在遺傳關(guān)聯(lián)研究中的應(yīng)用及R軟件實(shí)現(xiàn)，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的遺傳關(guān)聯(lián)研究中高維數(shù)據(jù)與日俱增。本文探討基于嶺估計(jì)、LASSO和彈性網(wǎng)的廣義線性模型在遺傳關(guān)聯(lián)研究的應(yīng)用及軟件實(shí)現(xiàn),為高維關(guān)聯(lián)分析提供方法學(xué)參考。方法介紹懲罰廣義線性模型原理及軟件實(shí)現(xiàn)方法,并采用模擬的連鎖平衡和連鎖不平衡的SNPs關(guān)聯(lián)研究數(shù)據(jù),以懲罰logistic模型例證R軟件glmnet包對(duì)廣義線性模型的擬合。結(jié)果對(duì)連鎖平衡和連鎖不平衡SNPs模擬數(shù)據(jù),LASSO與彈性網(wǎng)均給出稀疏解,較好地選擇有關(guān)聯(lián)SNPs而剔除無(wú)關(guān)聯(lián)變量;而嶺估計(jì)把所有變量都保留在模型中,模型復(fù)雜度高但相應(yīng)的解釋度未增加。結(jié)論 LASSO和彈性網(wǎng)可對(duì)高維遺傳關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)進(jìn)行有效降維,篩選變量的同時(shí)提供參數(shù)估計(jì),從而降低模型的復(fù)雜度。R軟件的glmnet包靈活擬合各類(lèi)懲罰廣義線性模型,可在高通量遺傳關(guān)聯(lián)分析中推廣應(yīng)用。
【作者單位】： 廣東藥學(xué)院公共衛(wèi)生學(xué)院流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)系;
【關(guān)鍵詞】： 懲罰廣義線性模型 遺傳關(guān)聯(lián)研究 LASSO 彈性網(wǎng) glmnet包
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金(81302493) 廣東省科技廳社會(huì)發(fā)展基金(2014A020212307) 廣東省自然科學(xué)基金(S2013040013590)
【分類(lèi)號(hào)】：R394
【正文快照】： 近年來(lái)隨著高通量測(cè)序技術(shù)在遺傳流行病學(xué)研究中的應(yīng)用,大量的高維遺傳關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)不斷涌現(xiàn),如動(dòng)輒成百上千甚至數(shù)以萬(wàn)計(jì)的SNPs(single nucleotide pol-ymorphisms)數(shù)據(jù)呈現(xiàn)高維度的特征,給遺傳關(guān)聯(lián)統(tǒng)計(jì)分析帶來(lái)極大挑戰(zhàn)[1]。在許多情況下,研究中響應(yīng)變量的分布非正態(tài),且與高維自

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 熊林平,曹秀堂,徐勇勇,陸健;縱向觀測(cè)二分類(lèi)數(shù)據(jù)的廣義線性模型分析[J];第二軍醫(yī)大學(xué)學(xué)報(bào);1999年07期

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前2條

1 郝永紅;廣義線性模型的穩(wěn)健估計(jì)及其醫(yī)學(xué)應(yīng)用[D];山西醫(yī)科大學(xué);2009年

2 宋捷;聯(lián)系函數(shù)未知時(shí)對(duì)ROC的估計(jì)[D];四川大學(xué);2005年

  本文關(guān)鍵詞：懲罰廣義線性模型在遺傳關(guān)聯(lián)研究中的應(yīng)用及R軟件實(shí)現(xiàn)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：397463