目的探索布魯氏桿菌A19疫苗株全基因組的結(jié)構(gòu)、分子生物學(xué)的功能,并對其生物信息學(xué)進(jìn)行研究。方法采用Illumina Hiseq 4000和PacBio對A19進(jìn)行全基因組測序,并與GenBank上的8株菌進(jìn)行比較基因組學(xué)解析。A19基因組3 286 167 bp,預(yù)測3 371個(gè)基因,GC含量57.25%。通過注釋COG庫,對應(yīng)基因有2 560個(gè),將其歸入22類COG中;根據(jù)比對KEGG庫,得到2 544個(gè)基因,共參與33類代謝通路。結(jié)果綜合兩個(gè)數(shù)據(jù)庫結(jié)果發(fā)現(xiàn),大多數(shù)A19預(yù)測基因中的基因功能主要與膜運(yùn)輸、氨基酸轉(zhuǎn)運(yùn)及碳水化合物代謝有關(guān)。結(jié)論通過分析發(fā)現(xiàn), A19和豬羊牛種布魯氏菌之間存在一定差異,并找出牛種毒力基因。本實(shí)驗(yàn)通過測序A19全基因組,為布魯菌疫苗的研究提供思路。 

【文章來源】：中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2019,35(11)北大核心

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

A19疫苗株基因組凝膠電泳

本研究針對5株牛種野毒和疫苗株進(jìn)行深入分析,在蛋白質(zhì)組之間進(jìn)行成對和相互比較以鑒定100%相同的基因。在693個(gè)特有基因中,總共252 199和112個(gè)基因分別在野毒株9-941、A13334和2308中被鑒定為特異。且此3株野毒株中功能被注釋為假想蛋白的基因分別為39、24和9個(gè)。同時(shí)對具有明確功能定義的剩余基因進(jìn)行文獻(xiàn)檢索以確定這些基因是否具有毒性。通過篩選,在功能明確的特異基因中,超過一半基因編碼與生物體基本生命周期有關(guān)的各種酶,其中,有幾種基因可能與毒力有關(guān)。對于9-941、A13334和2308這3株菌的毒力基因,其詳細(xì)功能注釋列于表4中。上述毒力基因都可作為區(qū)分野毒株和疫苗株的重要依據(jù)。在這些毒力基因中,以ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(ABC-transporter-permease)、ATP結(jié)合蛋白(ATP-binding-protein)、雙組分轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子(two-component-transcriptional-regulator)、鞭毛蛋白(flagellar protein)和 IV型分泌系統(tǒng)virB5蛋白等為主要毒力因子。它們會(huì)直接或間接影響生物機(jī)體的代謝和轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)。這些差異基因在野毒株中是特異的,意味著在疫苗株中缺失相應(yīng)的功能,這可能是疫苗A19和S19減毒的原因之一,也為后續(xù)診斷方法的建立提供數(shù)據(jù)保證。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]布魯氏菌病疫苗研究進(jìn)展[J]. 景志剛,嚴(yán)家瑞,范偉興.  中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2016(02)



本文編號：3071727