為深入開(kāi)發(fā)非洲菊SSR分子標(biāo)記,進(jìn)而推動(dòng)非洲菊遺傳多樣性研究,以云南紅非洲菊的轉(zhuǎn)錄組序列為基礎(chǔ),對(duì)SSR位點(diǎn)進(jìn)行挖掘。結(jié)果表明:通過(guò)MISA軟件從60 563條unigenes檢測(cè)出14 928個(gè)SSR位點(diǎn),分布于11 932條unigenes中,出現(xiàn)頻率為24.65%,平均分布距離為3.43kb。優(yōu)勢(shì)重復(fù)基序?yàn)閱魏塑账帷⒍塑账岷腿塑账?分別占總SSR位點(diǎn)的63.44%、21.54%和14.06%。14 928個(gè)SSR位點(diǎn)由73種重復(fù)基序構(gòu)成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分別是單核苷酸、二核苷酸和三核苷酸優(yōu)勢(shì)重復(fù)基元,分別占總SSR重復(fù)類型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0對(duì)SSR序列設(shè)計(jì)引物9 535對(duì),成功率為63.87%。非洲菊轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)豐富,分布密度大,具有較高的多態(tài)性潛能,可作為開(kāi)發(fā)SSR標(biāo)記的有效來(lái)源,為非洲菊遺傳多樣性研究,分子標(biāo)記輔助育種、遺傳圖譜構(gòu)建以及功能基因挖掘等提供科學(xué)依據(jù)。

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來(lái)源
    1.2 數(shù)據(jù)分析及SSR引物設(shè)計(jì)
2 結(jié)果與分析
    2.1 非洲菊轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)的數(shù)量與分布
    2.2 轉(zhuǎn)錄組SSR基序重復(fù)類型和頻率特征
    2.3 非洲菊轉(zhuǎn)錄組中SSR基序長(zhǎng)度及引物設(shè)計(jì)
3 討論與結(jié)論



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