TCP轉(zhuǎn)錄因子家族是植物特異的一類調(diào)控逆境脅迫的重要轉(zhuǎn)錄因子。該研究利用生物信息學(xué)方法對草莓TCP轉(zhuǎn)錄因子家族成員進(jìn)行鑒定,采用qRT-PCR方法檢測轉(zhuǎn)錄因子家族在非生物脅迫中的表達(dá),并對相應(yīng)轉(zhuǎn)錄因子家族基因的結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行了預(yù)測,為探究TCP轉(zhuǎn)錄因子在森林草莓非生物脅迫中的作用奠定基礎(chǔ)。結(jié)果顯示:（1）從森林草莓（Fragaria vesca）基因組和鳳梨草莓（Fragaria ananassa）基因組中分別篩選了18個和58個TCP基因,并根據(jù)基因在染色體上的位置分別命名為FvTCP1～FvTCP18和FaTCP1～FaTCP58,亞細(xì)胞定位顯示TCP家族基因主要位于細(xì)胞核上。（2）qRT-PCR分析表明,森林草莓家族基因?qū)δ婢趁{迫具有響應(yīng)作用,但不同成員在不同脅迫處理下的響應(yīng)程度存在差異,FvTCP14在200 mmol·L^-1 NaCl、10%PEG、100μmol·L^-1 ABA、4℃低溫、40℃高溫和100 mmol·L^-1 H₂O₂處理下相對表達(dá)量極顯著高于對照,... 

【文章來源】：西北植物學(xué)報. 2020,40(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：13 頁

【部分圖文】：

草莓TCP轉(zhuǎn)錄因子家族基因定位和共線性分析

草莓TCP轉(zhuǎn)錄因子家族密碼子使用偏好性分析

利用 CodonW 1.4.4 和 EMBOSS1.4.2 軟件對森林草莓和鳳梨草莓TCP基因進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)，兩個物種在密碼子使用上，某些基因間存在差異。森林草莓FvTCP5對GAC、GAG、CCC、UCC、GCC、GGA、GCU、AUG和AAG密碼子使用頻率均較高，F(xiàn)vTCP3和FvTCP14對CAG的使用頻率高于其他密碼子，F(xiàn)vTCP8對CAA的使用頻率高于其他密碼子，在鳳梨草莓中，F(xiàn)aTCP12、FaTCP44和FaTCP48對CAG的使用頻率高于其他密碼子，F(xiàn)aTCP46、FaTCP23和FaTCP24偏向于使用CAA,但這兩個物種在密碼子使用上也有相同點，AAC、CAG在森林草莓和鳳梨草莓中使用頻率均較高。從氨基酸的使用來分析，鳳梨草莓偏向于使用谷氨酰胺(Gln)和天冬酰胺(Asn),而森林草莓除偏向使用這兩種氨基酸外，還偏向使用賴氨酸(Lys)(圖5)。PCF亞族成員密碼子使用頻率較高，其中對CAG、GAG、UCC、GCC、GGA、AUG和AAG的使用頻率高于其他密碼子。表3 草莓TCP轉(zhuǎn)錄因子氨基酸保守序列Table 3 Conserved motifs of TCP transcription factors in strawberry 保守基序編號Conserved motif 氨基酸數(shù)Number of amino acids 氨基酸保守序列Amino acid conserved sequence motif1 50 DRHTKVGGRGRRIRLPATCAARFFQLTRELGHKSDGETIEWLLEKAEPAI motif2 29 IAATGTGTIPAIAVSVNGSLKIPTSSLSS motif3 15 GGPVSRASGKKDRHS motif4 21 GHALLHHHQQQQQQTHQQQQQ motif5 20 AKASRVKARARARERTREKM motif6 21 ELPRKKRRLHCNSEFVDVEDL motif7 41 SSDTSATTAAPMSHTQLLRDLSLDTLDKRELQFLGDLCGNS motif8 29 PMWQFGANVPAVPFFMFPNSGWAIPSDSV

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]二倍體馬鈴薯StBRC1a功能缺失突變體的獲得及其功能分析[J]. 馮爽爽,羅嘉翼,朱曦鑒,蔣繼濱,黃三文,張金喆.  園藝學(xué)報. 2020(01)
[2]茶樹TCP家族的全基因組鑒定及其表達(dá)分析[J]. 周棋贏,韓月華,祝悅,陳賽,李先文,彭波,袁紅雨.  園藝學(xué)報. 2019(10)
[3]谷子TCP基因家族成員序列特征及表達(dá)模式分析[J]. 連卜潁,王喆,韓尚玲,侯思宇,韓淵懷,李紅英.  分子植物育種. 2020(03)
[4]草莓莖尖組培消毒方法及激素配比的優(yōu)選[J]. 連朋,杜夢卿,王麗娟.  天津農(nóng)學(xué)院學(xué)報. 2019(03)
[5]高粱TCP基因家族全基因組鑒定及表達(dá)分析[J]. 鄭玲,白雪婷,李會云.  河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(10)
[6]桃TCP轉(zhuǎn)錄因子家族的鑒定與分析[J]. 韓繼紅,劉金鳳,劉慧敏.  分子植物育種. 2020(16)
[7]葡萄Trihelix轉(zhuǎn)錄因子家族生物信息及其基因表達(dá)分析[J]. 盧世雄,王萍,何紅紅,梁國平,馬宗桓,喬亞麗,吳玉霞,陳佰鴻,毛娟.  園藝學(xué)報. 2019(07)
[8]龍眼Hsf基因家族密碼子使用模式分析[J]. 王云,彭麗云,蘇立遙,李蓉,陳裕坤,林玉玲,賴鐘雄.  分子植物育種. 2019(17)
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[10]小麥TCP基因家族的全基因組鑒定和對熱脅迫的響應(yīng)[J]. 丁寧,李梓彰,田文,黨仁美,劉媛媛,聞珊珊.  麥類作物學(xué)報. 2018(10)

博士論文
[1]擬南芥轉(zhuǎn)錄因子TCP2與CRY1相互作用的遺傳學(xué)與生化分析[D]. 何志敏.湖南大學(xué) 2016

碩士論文
[1]辣椒全基因組TCP轉(zhuǎn)錄因子家族的鑒定及相關(guān)分析[D]. 馮羽娥.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2017
[2]西瓜TCP轉(zhuǎn)錄因子的鑒定及功能分析[D]. 時丕彪.浙江大學(xué) 2016



本文編號：3331699