蛇足石杉(Huperzia serrata (Thunb.) Trevis)是石杉科植物,其含有石杉?jí)A等成分具有藥用價(jià)值。但該植物生長(zhǎng)緩慢、栽培不穩(wěn)定、生物產(chǎn)量低。光周期(Circadian rhythm)基因?qū)τ谥参锏纳L(zhǎng)發(fā)育非常關(guān)鍵。本研究通過(guò)對(duì)蛇足石杉的根、莖、葉、芽和孢子進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,得到82 238個(gè)unigenes,平均長(zhǎng)度為958 bp,本地blast顯示本實(shí)驗(yàn)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果與之前報(bào)道的結(jié)果相似性高、結(jié)果可靠。通過(guò)比較和分析差異基因,進(jìn)一步在光周期通路中篩選出294個(gè)基因,構(gòu)建了22個(gè)顯著差異表達(dá)基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行分析,指出潛在的關(guān)鍵基因?yàn)镃OP1、LHY、PIF3及CDF1等。這些結(jié)果為深入開(kāi)展蛇足石杉孢子對(duì)光線的反應(yīng)及環(huán)境適應(yīng)等研究提供了理論依據(jù)。

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圖1蛇足石杉差異表達(dá)基因(DEGs)的統(tǒng)計(jì)分析

通過(guò)分析孢子與芽差異表達(dá)基因，在蛇足石杉光周期途徑(ko04712)中鑒定出294個(gè)基因，其中21個(gè)是經(jīng)注釋的基因或基因家族。根據(jù)這些基因在通路中的位置，利用Cytoscape2.8.3軟件構(gòu)建了這些基因之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)(圖5;表2)，其網(wǎng)絡(luò)參數(shù)如下：中介中心性(0～0.2)....

圖2蛇足石杉差異表達(dá)基因(DEGs)交集和并集的聚類(lèi)熱圖

圖1蛇足石杉差異表達(dá)基因(DEGs)的統(tǒng)計(jì)分析圖3蛇足石杉孢子和芽差異表達(dá)基因(DEGs)的基因本體(GO)功能分類(lèi)

圖3蛇足石杉孢子和芽差異表達(dá)基因(DEGs)的基因本體(GO)功能分類(lèi)

圖2蛇足石杉差異表達(dá)基因(DEGs)交集和并集的聚類(lèi)熱圖光形態(tài)發(fā)生基因1(COP1)在調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中占據(jù)中心位置。其次是LHY基因、光敏色素互作因子3(PIF3)和細(xì)胞生長(zhǎng)缺陷因子蛋白(CDF1)、FT互作蛋白(FT)、光敏色素B(PhyB)等共8個(gè)基因。為了闡明這8個(gè)基因在....

圖4蛇足石杉孢子和芽差異表達(dá)基因KEGG通路富集分析

本實(shí)驗(yàn)中，在H.serrata中鑒定了4個(gè)PHY基因，其中一個(gè)由于長(zhǎng)度很短(只有282bp)而被排除。剩余的3個(gè)PHY基因Hsunigene41229、HsUnigene-28149和Hsunigene31773在孢子和芽之間有差異表達(dá)。構(gòu)建了一個(gè)光敏色素基因的系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，包....

本文編號(hào)：3972590