茅蒼術(shù)二倍體及其同源四倍體的生理特征與轉(zhuǎn)錄組差異分析
發(fā)布時(shí)間:2021-12-30 14:04
[目的]本文旨在探究茅蒼術(shù)二倍體與同源四倍體基因表達(dá)譜差異情況,為關(guān)鍵調(diào)控基因定位及基因工程育種等提供參考。[方法]以二倍體及其同源四倍體茅蒼術(shù)為材料,比較兩者的葉綠素、可溶性糖、可溶性蛋白及淀粉含量等生理指標(biāo),并進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析。[結(jié)果]茅蒼術(shù)同源四倍體葉片和莖的可溶性糖、可溶性蛋白及可溶性淀粉含量均顯著高于二倍體。轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果共得到差異表達(dá)基因(DEG)4 446個(gè),其中上調(diào)DEG為3 066個(gè),下調(diào)DEG為1 380個(gè);共有4 446個(gè)差異表達(dá)基因注釋到GO功能庫的生物進(jìn)程、細(xì)胞組分與分子功能3大功能區(qū),與細(xì)胞組分、代謝過程、酶催化活性等密切相關(guān)。通路(Pathway)分析發(fā)現(xiàn),茅蒼術(shù)二倍體與同源四倍體在碳水化合物代謝、氨基酸代謝、氨基酸生物合成、氨酰-tRNA生物合成等途徑差異顯著。差異轉(zhuǎn)錄因子分析發(fā)現(xiàn),同源四倍體植株中MYB轉(zhuǎn)錄因子家族表達(dá)量顯著高于二倍體。[結(jié)論]葉綠素含量較高導(dǎo)致同源四倍體植株葉色更深;更高含量的可溶性蛋白、可溶性糖與淀粉能夠?yàn)樗谋扼w植株提供更多的能量,使葉片變大變厚;參與碳水化合物代謝和氨基酸合成、代謝等通路的差異表達(dá)基因與四倍體植株在表型、生理上的...
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,43(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
茅蒼術(shù)根尖細(xì)胞的染色體鑒定
由圖2可見:對茅蒼術(shù)二倍體及其同源四倍體的差異表達(dá)基因(DEG)數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì),共計(jì)有4 446個(gè)基因存在差異表達(dá),其中,上調(diào)表達(dá)基因數(shù)為3 066個(gè),下調(diào)表達(dá)基因數(shù)為1 380個(gè),上調(diào)DEG數(shù)顯著高于其下調(diào)DEG數(shù)。2.4.1 差異表達(dá)基因GO功能分析
為進(jìn)一步分析茅蒼術(shù)染色體加倍后轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)水平變異情況,對二倍體和四倍體茅蒼術(shù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄因子功能預(yù)測。由圖3可見:與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的差異基因共1 821個(gè)(FC>1.5,FDR<0.05),編碼57種轉(zhuǎn)錄因子。其中,編碼MYB轉(zhuǎn)錄因子的差異表達(dá)基因數(shù)最多,為192個(gè),編碼bHLH、C3H轉(zhuǎn)錄因子的基因數(shù)次之,分別為176和124個(gè),其中MYB轉(zhuǎn)錄因子上調(diào)73個(gè),下調(diào)11個(gè)。3 討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]二倍體及其同源四倍體酸棗的生理特征和轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 李萌,郭燁,劉松珊,龐曉明,李穎岳. 北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(07)
[2]竹節(jié)參處理下嗜熱四膜蟲基因表達(dá)變化分析[J]. 柴小翠,楊文濤,湯琪,馬雪鳳,熊杰,王平,繆煒. 中國中藥雜志. 2019(12)
[3]蒼術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 楊靖,彭晶晶,蘆夏陽,李凱,曹曉燕. 陜西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(04)
[4]氨酰tRNA合成酶作用機(jī)制及其應(yīng)用[J]. 葛俊驛,邱曉挺,金海曉. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2017(01)
[5]中藥茅蒼術(shù)研究進(jìn)展[J]. 戴紅君,程金花,虞德容,馬劍鳳. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(11)
[6]甜葉菊二倍體與同源四倍體生理特征及AFLP分析[J]. 李雅婷,王紅娟,向增旭. 核農(nóng)學(xué)報(bào). 2015(11)
[7]中藥基因組學(xué)與合成生物學(xué)[J]. 陳士林,朱孝軒,李春芳,王勇,姚輝,孫超,宋經(jīng)元. 藥學(xué)學(xué)報(bào). 2012(08)
[8]二倍體及四倍體菘藍(lán)氨基酸含量的測定分析[J]. 陳桂平,客紹英. 中藥材. 2011(04)
[9]連翹二倍體與四倍體葉片特征比較[J]. 周玉麗,張叢哲,任士福. 河北林果研究. 2011(01)
[10]基于高通量測序454 GS FLX的丹參轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[J]. 李瀅,孫超,羅紅梅,李西文,牛云云,陳士林. 藥學(xué)學(xué)報(bào). 2010(04)
博士論文
[1]亮氨酸和苯丙氨酸調(diào)控奶牛胰腺酶合成和分泌的信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)[D]. 郭龍.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2019
碩士論文
[1]微肥對關(guān)蒼術(shù)生長發(fā)育及揮發(fā)性成分的影響[D]. 計(jì)禹.延邊大學(xué) 2019
[2]茅蒼術(shù)同源四倍體離體誘導(dǎo)與鑒定及其遺傳變異研究[D]. 王紅娟.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[3]四倍體菘藍(lán)中優(yōu)良品質(zhì)相關(guān)基因的克隆及研究[D]. 陸倍倍.第二軍醫(yī)大學(xué) 2006
本文編號:3558346
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2020,43(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
茅蒼術(shù)根尖細(xì)胞的染色體鑒定
由圖2可見:對茅蒼術(shù)二倍體及其同源四倍體的差異表達(dá)基因(DEG)數(shù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì),共計(jì)有4 446個(gè)基因存在差異表達(dá),其中,上調(diào)表達(dá)基因數(shù)為3 066個(gè),下調(diào)表達(dá)基因數(shù)為1 380個(gè),上調(diào)DEG數(shù)顯著高于其下調(diào)DEG數(shù)。2.4.1 差異表達(dá)基因GO功能分析
為進(jìn)一步分析茅蒼術(shù)染色體加倍后轉(zhuǎn)錄因子表達(dá)水平變異情況,對二倍體和四倍體茅蒼術(shù)進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄因子功能預(yù)測。由圖3可見:與轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的差異基因共1 821個(gè)(FC>1.5,FDR<0.05),編碼57種轉(zhuǎn)錄因子。其中,編碼MYB轉(zhuǎn)錄因子的差異表達(dá)基因數(shù)最多,為192個(gè),編碼bHLH、C3H轉(zhuǎn)錄因子的基因數(shù)次之,分別為176和124個(gè),其中MYB轉(zhuǎn)錄因子上調(diào)73個(gè),下調(diào)11個(gè)。3 討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]二倍體及其同源四倍體酸棗的生理特征和轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 李萌,郭燁,劉松珊,龐曉明,李穎岳. 北京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(07)
[2]竹節(jié)參處理下嗜熱四膜蟲基因表達(dá)變化分析[J]. 柴小翠,楊文濤,湯琪,馬雪鳳,熊杰,王平,繆煒. 中國中藥雜志. 2019(12)
[3]蒼術(shù)的研究進(jìn)展[J]. 楊靖,彭晶晶,蘆夏陽,李凱,曹曉燕. 陜西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(04)
[4]氨酰tRNA合成酶作用機(jī)制及其應(yīng)用[J]. 葛俊驛,邱曉挺,金海曉. 中國生物化學(xué)與分子生物學(xué)報(bào). 2017(01)
[5]中藥茅蒼術(shù)研究進(jìn)展[J]. 戴紅君,程金花,虞德容,馬劍鳳. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2016(11)
[6]甜葉菊二倍體與同源四倍體生理特征及AFLP分析[J]. 李雅婷,王紅娟,向增旭. 核農(nóng)學(xué)報(bào). 2015(11)
[7]中藥基因組學(xué)與合成生物學(xué)[J]. 陳士林,朱孝軒,李春芳,王勇,姚輝,孫超,宋經(jīng)元. 藥學(xué)學(xué)報(bào). 2012(08)
[8]二倍體及四倍體菘藍(lán)氨基酸含量的測定分析[J]. 陳桂平,客紹英. 中藥材. 2011(04)
[9]連翹二倍體與四倍體葉片特征比較[J]. 周玉麗,張叢哲,任士福. 河北林果研究. 2011(01)
[10]基于高通量測序454 GS FLX的丹參轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[J]. 李瀅,孫超,羅紅梅,李西文,牛云云,陳士林. 藥學(xué)學(xué)報(bào). 2010(04)
博士論文
[1]亮氨酸和苯丙氨酸調(diào)控奶牛胰腺酶合成和分泌的信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)[D]. 郭龍.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2019
碩士論文
[1]微肥對關(guān)蒼術(shù)生長發(fā)育及揮發(fā)性成分的影響[D]. 計(jì)禹.延邊大學(xué) 2019
[2]茅蒼術(shù)同源四倍體離體誘導(dǎo)與鑒定及其遺傳變異研究[D]. 王紅娟.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[3]四倍體菘藍(lán)中優(yōu)良品質(zhì)相關(guān)基因的克隆及研究[D]. 陸倍倍.第二軍醫(yī)大學(xué) 2006
本文編號:3558346
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