基于COI基因的橡膠樹六點(diǎn)始葉螨遺傳多樣性分析
發(fā)布時間:2024-02-24 19:09
六點(diǎn)始葉螨是橡膠樹上的重要害螨之一,具有分布范圍廣、危害重等特點(diǎn)。為了研究其遺傳多樣性和遺傳分化,本研究利用線粒體COI(mitochondrial cytochrome oxidase subunit I)基因序列對采自海南、云南、越南河內(nèi)等地區(qū)橡膠樹上的11個不同地理種群的165頭樣本進(jìn)行了種群的遺傳多樣性分析。獲得的六點(diǎn)始葉螨線粒體COI基因片段長度均為658bp,分析發(fā)現(xiàn)可變位點(diǎn)30個,其中簡約信息點(diǎn)15個,單變異位點(diǎn)15個,單倍型15種;種群間FST值為0.34698,Nm值為0.47,GST值為0.19660,表明11個種群的六點(diǎn)始葉螨存在一定的遺傳分化。
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本文編號:3909485
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圖19個六點(diǎn)始葉螨地理種群PCR擴(kuò)增條帶
通過軟件分析得到,序列中不變位點(diǎn)628個,可變位點(diǎn)(variablesites)30個,占總分析位點(diǎn)4.56%;其中單變異位點(diǎn)(2個變體)[singletonvariablesites(twovariants)]15個,占總位點(diǎn)數(shù)的2.28%,位點(diǎn)分別是25、43、147....
圖2可變位點(diǎn)位置分布圖
圖19個六點(diǎn)始葉螨地理種群PCR擴(kuò)增條帶2.2單倍型、核酸多樣性及中性檢驗
圖3六點(diǎn)始葉螨單倍型系統(tǒng)發(fā)育樹
不同地區(qū)間地理種群見表3。各地區(qū)間的遺傳分化指數(shù)FST值在-0.01974~0.75000之間,其中云南瑞麗和海南瓊中與其他的地理種群差異性最大,河口和其他地理種群差異性比較小。GST值在-0.03317~1.00000之間。圖4六點(diǎn)始葉螨不同地理種群mtDNACOI單倍型中....
圖4六點(diǎn)始葉螨不同地理種群mtDNACOI單倍型中介網(wǎng)絡(luò)圖
圖3六點(diǎn)始葉螨單倍型系統(tǒng)發(fā)育樹3討論
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