為了對(duì)生防細(xì)菌綠針假單胞菌的基因組信息進(jìn)行深入探索,全面描述綠針假單胞菌的特征并挖掘其次級(jí)代謝產(chǎn)物,從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中獲得46個(gè)綠針假單胞菌的基因組,利用泛基因組分析軟件和次級(jí)代謝產(chǎn)物挖掘軟件對(duì)其進(jìn)行分析。結(jié)果表明,46株菌的基因組大小在6.61～7.23 Mb,GC含量為62.0%～63.2%,共分為4個(gè)亞種,在進(jìn)化樹(shù)上被歸為4個(gè)分支;泛基因組分析發(fā)現(xiàn),其含有13 296個(gè)基因家族,其中,核心基因家族有3 653個(gè),特有基因家族有3 968個(gè)。次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇預(yù)測(cè)分析發(fā)現(xiàn),46個(gè)綠針假單胞菌基因組中有27類(lèi)、643個(gè)次級(jí)代謝基因簇,4個(gè)亞種中均含有的主要基因簇是高絲氨酸內(nèi)酯、非核糖體肽合成酶、丁內(nèi)酯、細(xì)菌素和吩嗪;且綠針假單胞菌中還有大量未開(kāi)發(fā)的次級(jí)代謝產(chǎn)物。該研究明確了綠針假單胞菌的泛基因組和核心基因組特征,預(yù)測(cè)了其次級(jí)代謝產(chǎn)物,有助于全面了解綠針假單胞菌的特征及深入開(kāi)發(fā)利用該菌株。

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 基因組平均遺傳相似度（Average Nucleotide Identity,ANI）分析
        1.2.2 基因組系統(tǒng)發(fā)育分析
        1.2.3泛基因組和核心基因組分析
        1.2.4 次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 綠針假單胞菌基因組基本數(shù)據(jù)分析
    2.2 基因組平均遺傳相似度（ANI）分析
    2.3 基因組系統(tǒng)發(fā)育分析
    2.4 核心基因組和泛基因組分析
    2.5 次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇預(yù)測(cè)
3 結(jié)論與討論



本文編號(hào)：3905245