Rhodococcus sp.R04羥基聯(lián)苯1,2-雙加氧酶多樣性及其功能研究
發(fā)布時(shí)間:2024-02-13 19:33
聯(lián)苯的氯代衍生物多氯聯(lián)苯(PCBs)是廣泛應(yīng)用的重要工業(yè)原料。它是一種嚴(yán)重的環(huán)境污染物,對(duì)人類有致癌作用。多氯聯(lián)苯的微生物好氧降解是通過(guò)聯(lián)苯代謝途徑進(jìn)行的。聯(lián)苯的上游代謝途徑需要四個(gè)酶的參與,其中2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶(BphC)屬于外部雙加氧酶的一種,它在聯(lián)苯和多氯聯(lián)苯的降解中是一個(gè)非常關(guān)鍵的酶,其結(jié)構(gòu),功能和底物特異性等方面已成為該領(lǐng)域研究的熱點(diǎn)。 Rhodococcus sp. R04基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn),該基因組中含有8個(gè)bphC基因,分別命名為bphCl至bphC8;诎被嵝蛄械南嗨菩院屯獠侩p加氧酶的分類,BphCl, BphC2, BphC3, BphC8屬于類型I, BphC4, BphC5, BphC6, BphC7屬于類型Ⅱ。8個(gè)BphC之間的氨基酸序列相似性為11%~77%。根據(jù)全基因組序列設(shè)計(jì)引物,從Rhodococcus sp. R04基因組中擴(kuò)增出8個(gè)bphC基因,將它們分別克隆到表達(dá)載體pBV220-His中,并獲得了表達(dá)。用離子交換一步層析,獲得了電泳純的BphC8, SDS-PAGE和分子排阻層析表明它是一個(gè)亞基分子量為35KD左右的同源六聚體。最適溫...
【文章頁(yè)數(shù)】:84 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的概況
1.1 雙加氧酶概述
1.2 外部雙加氧酶的分類
1.3 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的結(jié)構(gòu)
1.4 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的催化機(jī)制
2 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的多樣性
2.1 不同微生物中BphC的多樣性和功能
2.2 BphC的一級(jí)結(jié)構(gòu)比較
2.3 BphC的二級(jí)結(jié)構(gòu)比較
3 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的聚合形態(tài)
3.1 不同菌種中BphC的聚合形態(tài)
3.2 包涵體組成成分
3.3 包涵體形成原因
3.4 包涵體特點(diǎn)
3.5 包涵體研究進(jìn)展
4 本論文研究的目的和意義
參考文獻(xiàn)
第二章 Rhodococcus sp.R04中2,3-二羥基聯(lián)苯1,2-雙加氧酶多樣性
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要的酶和化學(xué)試劑
1.4 主要儀器設(shè)備
2 方法
2.1 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的序列分析
2.2 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC一級(jí)結(jié)構(gòu)序列比對(duì)
2.3 建立系統(tǒng)發(fā)育樹
2.4 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的克隆
2.5 8個(gè)BphC基因的表達(dá)
3 結(jié)果
3.1 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的序列分析
3.2 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC一級(jí)結(jié)構(gòu)序列比對(duì)分析
3.3 BphC系統(tǒng)發(fā)育分析
3.4 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的擴(kuò)增及重組子的鑒定
3.5 8個(gè)BphC的表達(dá)
4 討論
參考文獻(xiàn)
第三章 具有活性的BphC2包涵體及其生化特性
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要的酶和化學(xué)試劑
2 方法
2.1 Rhodococcus sp.R04中2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶基因bphC2的克隆
2.2 BphC2的表達(dá)
2.3 可溶性BphC2的純化
2.4 包涵體的純化
2.5 酶活及蛋白含量測(cè)定
2.6 純化的可溶性BphC2和包涵體的化學(xué)修飾
2.7 純化的可溶性BphC2和包涵體的熱穩(wěn)定性測(cè)定
2.8 具有活性包涵體的酶活性與濁度測(cè)定
2.9 HOPDA的熒光共譜掃描
2.10 DeltaVision觀察宿主菌中包涵體的位置
3 結(jié)果
3.1 Rhodococcus sp.R04中bphC2的擴(kuò)增及重組子的鑒定
3.2 BphC2的表達(dá)
3.3 可溶性BphC2的純化
3.4 包涵體的純化
3.5 化學(xué)修飾劑對(duì)純化的可溶性BphC2和包涵體酶活的影響
3.6 純化的可溶性BphC2和包涵體的熱穩(wěn)定性
3.7 具有活性包涵體的酶活性與濁度的比值
3.8 HOPDA的熒光共譜分析
3.9 確定誘導(dǎo)后的宿主菌中包涵體的位置
4 討論
參考文獻(xiàn)
第四章 截短型BphC2的表達(dá)純化和部分性質(zhì)研究
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要的酶和化學(xué)試劑
2 方法
2.1 C-端截短型bphC2的克隆
2.2 突變體重組質(zhì)粒的構(gòu)建
2.3 C-端截短型BphC2的表達(dá)
2.4 C-端截短型BphC2的純化
2.5 酶活性測(cè)定
2.6 蛋白濃度測(cè)定
2.7 突變酶的熱穩(wěn)定性測(cè)定
2.8 突變酶寡聚體分析
3 結(jié)果
3.1 C-端截短型bphC2的克隆
3.2 C-端截短型bphC2的表達(dá)
3.3 C-端截短型BphC2的純化
3.4 野生型BphC2295和突變酶的動(dòng)力學(xué)常數(shù)
3.5 突變酶的熱穩(wěn)定性變化
3.6 突變酶的分子形式
4 討論
參考文獻(xiàn)
第五章 Rhodococcus sp.R04 BphC8的純化和部分性質(zhì)研究
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要化學(xué)試劑
2 方法
2.1 Rhodococcus sp.R04 BphC8的純化
2.2 最適pH和pH穩(wěn)定性測(cè)定
2.3 最適溫度和熱穩(wěn)定性測(cè)定
2.4 天然分子量的測(cè)定
2.5 金屬離子和某些化合物對(duì)BphC8酶活性的影響
2.6 動(dòng)力學(xué)參數(shù)的測(cè)定
2.7 圓二色性分析
3 結(jié)果與分析
3.1 Rhodococcus sp.R04 BphC8的純化
3.2 BphC8最適pH和pH穩(wěn)定性測(cè)定
3.3 BphC8最適溫度和熱穩(wěn)定性測(cè)定
3.4 BphC8的天然分子量的測(cè)定
3.5 金屬離子和某些化合物對(duì)BphC8酶活性的影響
3.6 BphC8對(duì)不同底物的動(dòng)力學(xué)參數(shù)
3.7 BphC8的圓二色性
3.8 Rhodococcus sp.R04中三個(gè)BphC的比較
參考文獻(xiàn)
小結(jié)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)況及聯(lián)系方式
本文編號(hào):3897089
【文章頁(yè)數(shù)】:84 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
1 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的概況
1.1 雙加氧酶概述
1.2 外部雙加氧酶的分類
1.3 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的結(jié)構(gòu)
1.4 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的催化機(jī)制
2 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的多樣性
2.1 不同微生物中BphC的多樣性和功能
2.2 BphC的一級(jí)結(jié)構(gòu)比較
2.3 BphC的二級(jí)結(jié)構(gòu)比較
3 2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶的聚合形態(tài)
3.1 不同菌種中BphC的聚合形態(tài)
3.2 包涵體組成成分
3.3 包涵體形成原因
3.4 包涵體特點(diǎn)
3.5 包涵體研究進(jìn)展
4 本論文研究的目的和意義
參考文獻(xiàn)
第二章 Rhodococcus sp.R04中2,3-二羥基聯(lián)苯1,2-雙加氧酶多樣性
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要的酶和化學(xué)試劑
1.4 主要儀器設(shè)備
2 方法
2.1 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的序列分析
2.2 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC一級(jí)結(jié)構(gòu)序列比對(duì)
2.3 建立系統(tǒng)發(fā)育樹
2.4 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的克隆
2.5 8個(gè)BphC基因的表達(dá)
3 結(jié)果
3.1 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的序列分析
3.2 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC一級(jí)結(jié)構(gòu)序列比對(duì)分析
3.3 BphC系統(tǒng)發(fā)育分析
3.4 Rhodococcus sp.R04中8個(gè)BphC基因的擴(kuò)增及重組子的鑒定
3.5 8個(gè)BphC的表達(dá)
4 討論
參考文獻(xiàn)
第三章 具有活性的BphC2包涵體及其生化特性
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要的酶和化學(xué)試劑
2 方法
2.1 Rhodococcus sp.R04中2,3-二羥基聯(lián)苯雙加氧酶基因bphC2的克隆
2.2 BphC2的表達(dá)
2.3 可溶性BphC2的純化
2.4 包涵體的純化
2.5 酶活及蛋白含量測(cè)定
2.6 純化的可溶性BphC2和包涵體的化學(xué)修飾
2.7 純化的可溶性BphC2和包涵體的熱穩(wěn)定性測(cè)定
2.8 具有活性包涵體的酶活性與濁度測(cè)定
2.9 HOPDA的熒光共譜掃描
2.10 DeltaVision觀察宿主菌中包涵體的位置
3 結(jié)果
3.1 Rhodococcus sp.R04中bphC2的擴(kuò)增及重組子的鑒定
3.2 BphC2的表達(dá)
3.3 可溶性BphC2的純化
3.4 包涵體的純化
3.5 化學(xué)修飾劑對(duì)純化的可溶性BphC2和包涵體酶活的影響
3.6 純化的可溶性BphC2和包涵體的熱穩(wěn)定性
3.7 具有活性包涵體的酶活性與濁度的比值
3.8 HOPDA的熒光共譜分析
3.9 確定誘導(dǎo)后的宿主菌中包涵體的位置
4 討論
參考文獻(xiàn)
第四章 截短型BphC2的表達(dá)純化和部分性質(zhì)研究
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要的酶和化學(xué)試劑
2 方法
2.1 C-端截短型bphC2的克隆
2.2 突變體重組質(zhì)粒的構(gòu)建
2.3 C-端截短型BphC2的表達(dá)
2.4 C-端截短型BphC2的純化
2.5 酶活性測(cè)定
2.6 蛋白濃度測(cè)定
2.7 突變酶的熱穩(wěn)定性測(cè)定
2.8 突變酶寡聚體分析
3 結(jié)果
3.1 C-端截短型bphC2的克隆
3.2 C-端截短型bphC2的表達(dá)
3.3 C-端截短型BphC2的純化
3.4 野生型BphC2295和突變酶的動(dòng)力學(xué)常數(shù)
3.5 突變酶的熱穩(wěn)定性變化
3.6 突變酶的分子形式
4 討論
參考文獻(xiàn)
第五章 Rhodococcus sp.R04 BphC8的純化和部分性質(zhì)研究
1 材料
1.1 菌株和載體
1.2 培養(yǎng)基
1.3 主要化學(xué)試劑
2 方法
2.1 Rhodococcus sp.R04 BphC8的純化
2.2 最適pH和pH穩(wěn)定性測(cè)定
2.3 最適溫度和熱穩(wěn)定性測(cè)定
2.4 天然分子量的測(cè)定
2.5 金屬離子和某些化合物對(duì)BphC8酶活性的影響
2.6 動(dòng)力學(xué)參數(shù)的測(cè)定
2.7 圓二色性分析
3 結(jié)果與分析
3.1 Rhodococcus sp.R04 BphC8的純化
3.2 BphC8最適pH和pH穩(wěn)定性測(cè)定
3.3 BphC8最適溫度和熱穩(wěn)定性測(cè)定
3.4 BphC8的天然分子量的測(cè)定
3.5 金屬離子和某些化合物對(duì)BphC8酶活性的影響
3.6 BphC8對(duì)不同底物的動(dòng)力學(xué)參數(shù)
3.7 BphC8的圓二色性
3.8 Rhodococcus sp.R04中三個(gè)BphC的比較
參考文獻(xiàn)
小結(jié)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
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