心性關(guān)系是宋明理學(xué)家所討論的重要問題之一，他們對其它問題的研究也是圍繞心性問題得以展開。但是隨著時代發(fā)展和理學(xué)內(nèi)部自身矛盾，被宋明理學(xué)家高揚的心體與性體逐漸由形上向形下過渡；心性二元也逐漸向心性一元轉(zhuǎn)變。孫奇逢作為明清之際重要的思想家，是研究宋明理學(xué)不可或缺的人物。通過對其心性關(guān)系的研究，不僅有助于從橫向了解明清之際的時代思潮，而且還可以清楚地觀察到宋明理學(xué)的總體演變。

奇逢的心性論是宋明理學(xué)心性論的進(jìn)一步繼承與發(fā)展。他取用了宋明理學(xué)家所經(jīng)常使用的“道心人心”、“本心習(xí)心”、“天命之性與氣質(zhì)之性”等諸多概念，形成了獨特的思想特征。在心學(xué)思想當(dāng)中，他提出“道心人心非一非二”，他承認(rèn)道心的形上性，同時承認(rèn)善惡混雜的人欲，，堅持本然與實然，形上形下的統(tǒng)一； “念前心，未發(fā)之別名也”，在吸取朱王未發(fā)已發(fā)思想的基礎(chǔ)上，對朱王采取雙譴雙取的態(tài)度，他在形式上吸取了陽明的“體用一源” 思想，在內(nèi)容上則吸取朱子的“性體情用”，并且用念前心與天命之性結(jié)合起來，使未發(fā)已發(fā)思想更加具體化；“敬是知之凝然不放處”，在功夫論中，孫奇逢將敬與天理、良知結(jié)合起 respect to a Borel probability measure /& any r~ c N+ and any e > O, one can find a measurable set R ( a so called (r; of A TER。 。TERremainder,e) Rohlin set) such that, for ] 0, 1, ..., r; 1, the sets T JR are pairwise disjoint and exhaust X with exception set w來，豐富和深化了程朱的主敬功夫論。在人性論思想當(dāng)中，他提出“理通性命，則性即理也”，堅持在心性理一的基礎(chǔ)上以心說性，以性說理。在承認(rèn)人性的超越性的同時，也不否認(rèn)后天的惡。在心性關(guān)系上，他利用對無善無惡的討論來解釋心體與性體之間的關(guān)系，他一方面嚴(yán)分心性，認(rèn)為“心性豈容混一”；另一方面又講“心性必不容分”，看似矛盾，實際上二者并不矛盾，“心性豈容混一”是指陽明“無善無惡”說心而不是說性，而“心性必不容分”則是指心體至善，是天命之性。并以此為基礎(chǔ)，批判告子、釋氏的無善無惡論。