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組學(xué)研究的脈絡(luò)梳理與趨勢展望—文獻(xiàn)挖掘視角

發(fā)布時(shí)間:2020-06-04 04:23
【摘要】:目的:隨著現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的快速發(fā)展,人們發(fā)現(xiàn)單純研究某一方向無法解釋全部生物醫(yī)學(xué)問題,組學(xué)被呈現(xiàn)在公眾視野面前。由于疾病種類多,要做到精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)提倡的精確用藥,離不開組學(xué)大數(shù)據(jù)的支持。目前整合多組學(xué)的研究工作還很缺乏,尤其是基于不同類型組學(xué)數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析的研究。因此準(zhǔn)確的把握組學(xué)研究的脈絡(luò)和趨勢,有助于科研工作者及時(shí)抓住研究熱點(diǎn),調(diào)整自己的研究方向。方法:選取PubMed數(shù)據(jù)庫對其1896-2016年收錄的所有文獻(xiàn)題錄信息共計(jì)27040819條記錄進(jìn)行下載,利用Python編程語言對具有“組學(xué)”含義的單詞在每篇文獻(xiàn)的題目和摘要中進(jìn)行標(biāo)注、統(tǒng)計(jì)并分析統(tǒng)計(jì)結(jié)果。結(jié)果:共得到346977條數(shù)據(jù),通過年度趨勢變化圖得到組學(xué)文獻(xiàn)發(fā)表量逐年遞增,從2000年后呈井噴式增長;各類單一組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量都呈逐年遞增的趨勢,其中基因組學(xué)文獻(xiàn)發(fā)表量最多,在2014年之前,蛋白質(zhì)組學(xué)文獻(xiàn)發(fā)表量排第二,2014年之后,轉(zhuǎn)錄組學(xué)超過了蛋白質(zhì)組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量,成為了繼基因組學(xué)之后的第二大組學(xué)類型;通過主題河圖展現(xiàn)了轉(zhuǎn)錄組學(xué)和線粒體基因組學(xué)與基因組學(xué)共現(xiàn)的文獻(xiàn)量在某一時(shí)間節(jié)點(diǎn)后呈井噴式增長,其余組學(xué)類型與基因組學(xué)共現(xiàn)的文獻(xiàn)量都呈穩(wěn)定增長的趨勢;通過上下文分析發(fā)現(xiàn)與組學(xué)類型相關(guān)的關(guān)鍵詞以其研究技術(shù)為主。結(jié)論:不同類型組學(xué)相繼涌現(xiàn),成為研究熱點(diǎn);由單一組學(xué)類型研究向多類型組學(xué)融合研究發(fā)展;組學(xué)研究離不開其研究技術(shù)的支持。
【圖文】:

研究論文,文獻(xiàn)


文獻(xiàn)的年度分布情況,可以從一定程度上反映該領(lǐng)域的發(fā)展情況,分析文獻(xiàn)量與時(shí)間變化的關(guān)系,可以反映研究主題的發(fā)展情況,可以大體揭示該主題的發(fā)展階段與規(guī)律。在世界范圍內(nèi),組學(xué)研究領(lǐng)域 1943 2016 的文獻(xiàn)發(fā)表情況如圖 3-1 所示。從圖 3-1 中可以看出第一篇關(guān)于 組學(xué) 的文獻(xiàn)出現(xiàn)在 1943 年。之后的發(fā)表量整體呈逐年遞增的趨勢,并且從 1999 2000 年文獻(xiàn)發(fā)表量急劇增長,從 1999 年的 4331 篇迅速增長到 2000 年的 5288 篇,到 2016 年文獻(xiàn)發(fā)表量已達(dá) 40590 篇。人類基因組計(jì)劃(Human genome project)由美國于 1987 年啟動,到 2000 年 6 月 26 日,主要對人類基因組項(xiàng)目進(jìn)行推進(jìn)的美國、英國、法國、德國、日本和中國的 6 個(gè)國家的相關(guān)科研工作者共同宣布,人類基因組草圖的繪制工作已經(jīng)完成,后基因組時(shí)代來臨。組學(xué)領(lǐng)域的研究文獻(xiàn)呈現(xiàn)了井噴式的增長,已有越來越多的國內(nèi)外科學(xué)工作者投入到組學(xué)的研究中,發(fā)表了大量論文,得出了大量的科學(xué)研究結(jié)論,組學(xué)研究已經(jīng)成為生物醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域研究的熱門話題。

編碼序列,研究文獻(xiàn),轉(zhuǎn)錄組學(xué),測序技術(shù)


到 2000 年 6 月 26 日,人類基因組草圖的繪制工作完成,因此在2000 年之前,組學(xué)研究類型較單一,從 2000 年之后,各類組學(xué)都涌現(xiàn)出來,并且出現(xiàn)了不同的變化,取數(shù)據(jù)中論文總數(shù)排名前十的組學(xué)類型進(jìn)行制圖,如圖 3-2 所示,各類組學(xué)都呈現(xiàn)了逐年遞增的現(xiàn)象,基因組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量遙遙領(lǐng)先,,蛋白質(zhì)組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量緊隨其后。在 2000-2014 年,蛋白質(zhì)組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量一直比轉(zhuǎn)錄組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量高,到 2014 年之后轉(zhuǎn)錄組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量超過了蛋白質(zhì)組學(xué)的文獻(xiàn)發(fā)表量。2008 年以后,高通量測序技術(shù)(high hroughput sequencing)的廣泛應(yīng)用,對大量的基因組進(jìn)行測序,第二代測序技術(shù)能夠快速準(zhǔn)確的獲取基因組編碼序列,極大程度的滿足了對基因組測序的快速、高分辨率的要求,正是由于二代測序技術(shù)的快速發(fā)展,使得轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究有了技術(shù)支持,因此轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序技術(shù)也得得到了高度的關(guān)注和發(fā)展[25]。因此,轉(zhuǎn)錄組學(xué)的關(guān)注度逐漸升高并且超過了蛋白質(zhì)組學(xué)的關(guān)注度。
【學(xué)位授予單位】:山西醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:R-05;G353.1

【參考文獻(xiàn)】

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