本文關(guān)鍵詞：血色喙紐蟲的DNA鑒定及種群遺傳多樣性分析

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【摘要】：血色喙紐蟲Ramphogordius sanguineus (紐形動物門：異紐目)廣泛分布于世界各地,是潮間帶的常見種,生活于石下、牡蠣、貽貝、海藻或其他污損生物間。個體可以身體片段的再生進行無性繁殖。長期以來,關(guān)于該種的命名及分類學比較混亂,有大量異名或疑似異名。1、血色喙紐蟲的DNA分類及其地理分布血色喙紐蟲在形態(tài)上與Lineus ruber和Lineus viridis等物種極其相似。三者主要是依據(jù)體色以及受到刺激時的收縮反應(yīng)來進行區(qū)別的,但該鑒別方法并非完全是可靠的。在本文的研究中,我們通過DNA條形碼的方法,采集了來自中國、加拿大、西班牙和阿根廷海岸的129個樣品,并且參考了來自GeneBank的13個個體(包括Ramphogordius sanguineus, Ramphogordius lacteus, Lineus ruber, Lineus viridis)的序列,進行了基于COl序列的單倍型網(wǎng)絡(luò)和系統(tǒng)樹分析。結(jié)果表明：R. sanguineus在中國沿海(渤海、黃海、東海和南海)廣泛分布,這也是首次報道了該種在中國的東海和南海的分布。該種是加拿大溫哥華島的常見種,分析的42個標本中均為R. sanguineus,未發(fā)現(xiàn)L. ruber和L. viridis,提示過去在該地區(qū)報道的L. ruber和L. viridis很可能是R. sanguineus的錯誤鑒定;R. sanguineus在南美洲(阿根廷和智利沿海)也有分布,部分文獻在智利報道的L. ruber應(yīng)屬于本種。此外,本文還首次在中國沿海(青島)發(fā)現(xiàn)了綠縱溝紐蟲Lineus viridis。2、血色喙紐蟲的種群遺傳多樣性分析以前對血色喙紐蟲的研究主要集中在分類、生理、再生等,關(guān)于其種群分化的研究卻寥寥無幾。本文利用線粒體非編碼區(qū)(m-NCR)和ITS作為分子標記,研究了血色喙紐蟲的種群遺傳結(jié)構(gòu)和種群歷史動態(tài)�；诰�粒體非編碼區(qū)的數(shù)據(jù)分析發(fā)現(xiàn)：血色喙紐蟲具有較高的單倍型多樣性(Hd=0.94±0.0096)和核苷酸多樣性(π=0.044±0.022),來源于中國、加拿大和西班牙的所有樣品在系統(tǒng)發(fā)育分析中分為兩個譜系(Lineage A和Lineage B),并且兩個譜系沒有表現(xiàn)出種群遺傳結(jié)構(gòu),即來自不同區(qū)域的個體并沒有優(yōu)先的聚為一支,不存在地理格局。大部分種群的遺傳分化指數(shù)值Fst都達到了顯著水平,但依地理區(qū)域?qū)⑺袠悠穭澐譃槿M(即中國、加拿大和西班牙)時,AMOVA分析發(fā)現(xiàn)種群并不存在遺傳結(jié)構(gòu)(FCT=0.039, P0.05),可能與取樣不均衡及有的種群樣本較小有關(guān)。AMOVA分析還顯示,群體內(nèi)的核酸變異貢獻率(55.53%)高于群體間的遺傳變異貢獻率(3.92%)。中性檢驗Fu's Fs表明,譜系A(chǔ)的個體在歷史上經(jīng)歷過種群擴張,而譜系B的個體則是穩(wěn)定增長。血色喙紐蟲可以隨船體、藻類和漂浮物等傳播,該種在過去很可能存在異域分化,后來由于譜系A(chǔ)的種群擴張,導致各種群間發(fā)生了二次混合。對血色喙紐蟲核基因ITS分析發(fā)現(xiàn)個體基因組內(nèi)普遍存在ITS的多態(tài)性。同一個體各拷貝的5.8S rDNA均存在保守的M1、M2和M3區(qū)域,具有該片段典型的二級結(jié)構(gòu),且ITS各個區(qū)域的G+C含量較高(60%以上),說明所獲得的ITS基因片段并非假基因。運用ITS數(shù)據(jù)沒有得到一致的貝葉斯樹,說明個體內(nèi)ITS的多態(tài)性影響了血色喙紐蟲種群水平的研究。其個體內(nèi)ITS的多樣性可能是由于基因致同進化不完全導致的,這與血色喙紐蟲有性繁殖的頻率較低,通過身體斷裂無性繁殖的頻率較高,使得基因轉(zhuǎn)換和基因間的不等交換發(fā)生的幾率降低有關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：血色喙紐蟲 COI基因 線粒體非編碼區(qū) ITS基因 種群遺傳 致同進化不完全
【學位授予單位】：中國海洋大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S917.4
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-12
• 第一章 文獻綜述12-24
• 1.1 DNA分類學12-14
• 1.1.1 DNA條形碼的特點及其應(yīng)用12
• 1.1.2 分子系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建12-14
• 1.1.3 單倍型網(wǎng)絡(luò)14
• 1.2 分子系統(tǒng)地理學14-20
• 1.2.1 分子系統(tǒng)地理學的研究內(nèi)容14-15
• 1.2.2 常用的分子標記15-17
• 1.2.3 線粒體非編碼區(qū)和ITS17-19
• 1.2.4 種群遺傳結(jié)構(gòu)影響因素19-20
• 1.3 血色喙紐蟲分類學研究進展20-22
• 1.4 血色喙紐蟲生態(tài)習性及種群遺傳結(jié)構(gòu)研究進展22-23
• 1.5 本文研究的內(nèi)容23-24
• 第二章 血色喙紐蟲的DNA分類24-35
• 2.1 材料與方法24-29
• 2.1.1 樣品采集24-25
• 2.1.2 序列獲取25-28
• 2.1.3 序列編輯28
• 2.1.4 系統(tǒng)發(fā)育分析28-29
• 2.1.5 單倍型網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建及遺傳距離計算29
• 2.2 結(jié)果29-32
• 2.3 討論32-35
• 第三章 基于M-NCR分子標記的血色喙紐蟲系統(tǒng)地理學分析35-48
• 3.1 材料與方法35-40
• 3.1.1 樣品采集和DNA提取35-36
• 3.1.2 引物設(shè)計及序列獲取36-39
• 3.1.3 數(shù)據(jù)分析39-40
• 3.2 結(jié)果40-45
• 3.3 討論45-48
• 3.3.1 種群遺傳多樣性45
• 3.3.2 系統(tǒng)發(fā)育45
• 3.3.3 種群歷史動態(tài)45-48
• 第四章 血色喙紐蟲基因組內(nèi)ITS遺傳多樣性分析48-53
• 4.1 材料與方法49-50
• 4.1.1 樣品采集及DNA提取49
• 4.1.2 引物設(shè)計及序列獲取49-50
• 4.1.3 數(shù)據(jù)分析50
• 4.2 結(jié)果與討論50-53
• 4.2.1 ITS假基因判斷51-52
• 4.2.2 系統(tǒng)發(fā)育分析52
• 4.2.3 基因組內(nèi)ITS基因遺傳多樣性分析52-53
• 參考文獻53-63
• 個人簡歷63-64
• 學術(shù)成果64-65
• 致謝65

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 ;國際年代地層表[J];地層學雜志;2013年03期

2 尹左芬;史繼華;李諾;;山東沿海紐形動物的初步調(diào)查[J];海洋通報;1986年01期

，

本文編號：579250