本文關(guān)鍵詞：家養(yǎng)水貂腸道微生物多樣性分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：水貂是一種具有極高的經(jīng)濟價值的毛皮動物,在長期進化過程中,形成獨特的消化方式。水貂腸道較短且直,構(gòu)造簡單,消化道內(nèi)的消化酶主要是蛋白酶和脂肪酶,其他消化酶較少。消化道內(nèi)存在著大量的微生物群落,構(gòu)成復(fù)雜的微生物區(qū)系。這些微生物主要在大腸中參與輔助消化食物,包括細菌、古菌和寄生蟲等,其中細菌占有絕對優(yōu)勢。這些微生物及其代謝產(chǎn)物在營養(yǎng)免疫等方面對宿主的健康有重要的意義。本項研究的目的旨在通過DGGE技術(shù)和高通量測序技術(shù),確定水貂腸道內(nèi)的細菌種類,分析水貂腸道中的優(yōu)勢菌群,探討腸道菌群結(jié)構(gòu)與組成,了解水貂腸道菌群多樣性。揭示水貂采食習(xí)性特點,為篩選優(yōu)良基因,開發(fā)新飼料資源提供理論依據(jù)。本研究從中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院特產(chǎn)研究所動物實驗基地選取10只體重相近,健康雄性水貂,飼喂不添加抗菌素的傳統(tǒng)日糧,從分窩(7月)飼養(yǎng)至當(dāng)年12月取皮結(jié)束。在處死后,立即取出腸道內(nèi)容物,裝入已滅菌的凍存管中,放入液氮中速凍,并存放于-80℃冰箱中保存?zhèn)浞治觥?.實驗一分別利用QIAamp DNA Stool Mini Kit提取方法,Fast DNA SPIN Kit for feces提取方法以及溶菌酶提取法等三種不同方法,提取水貂腸道內(nèi)容物基因組DNA,并對提取效果進行比較分析,結(jié)果表明:(1)三種方法均能從水貂腸道內(nèi)容物中提取微生物基因組DNA,純化后基因組DNA可用于后續(xù)的分子生物學(xué)分析。(2)但從時效與DNA獲得率考慮,Fast DNA SPIN Kit for feces提取方法獲得率最高且相對而言,較為快捷,因此后續(xù)分析中選取Fast DNA SPIN Kit for feces方法提取水貂微生物基因組DNA。2.實驗二通過PCR-DGGE技術(shù)對10只水貂的十二指腸、空腸、回腸、結(jié)腸四個部位微生物多樣性進行研究,結(jié)果表明,水貂的十二指腸、空腸、回腸、結(jié)腸的微生物種類和數(shù)量有較大差異,隨著腸段向后延伸,細菌數(shù)量逐漸增多的,結(jié)腸是細菌豐度是最高的部位。3.實驗三利用高通量測序技術(shù)對10只水貂遠端腸道微生物組成和多樣性進行分析,結(jié)果表明:(1)10只水貂的腸道微生物共得到146287序列,2936個OTUs,分類屬于17個門,168個屬。(2)水貂腸道細菌主要歸類為厚壁菌門(Firmicutes)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、梭桿菌門(Fusobacteria)、變形菌門(Proteobacteria)、放線菌門(Actinobacteria),其中厚壁菌門在水貂遠端腸道中所占的比例最高,為59.99%,其次為擬桿菌門,為16.20%。(3)將水貂遠端腸道菌在屬分類水平上劃分可知,鏈球菌屬(Streptococcus)所占的比例最大,為13.32%,其次為普氏菌屬(Prevotella)和乳桿菌屬(Lactobacillus),分別為8.77%和5.92%。
【關(guān)鍵詞】：水貂 腸道微生物 PCR-DGGE 高通量測序 多樣性
【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S865.22;Q93
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-11
• 英文縮略表11-12
• 第一章引 言12-24
• 1.1 研究背景12
• 1.2 動物腸道微生物概述12-16
• 1.2.1 腸道菌群的分布14
• 1.2.2 腸道微生物的功能14-15
• 1.2.2.1 營養(yǎng)及代謝功能14
• 1.2.2.2 免疫屏障功能14-15
• 1.2.3 影響腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)的因素15-16
• 1.2.3.1 飲食因素15
• 1.2.3.2 年齡因素15
• 1.2.3.3 疾病因素15-16
• 1.2.3.4 其他因素16
• 1.3 腸道微生物的研究方法16-17
• 1.3.1 傳統(tǒng)研究方法16
• 1.3.2 現(xiàn)代分子生物學(xué)研究方法16-17
• 1.4 DGGE技術(shù)17-19
• 1.4.1 DGGE技術(shù)原理17-18
• 1.4.2 DGGE 方法工作流程18-19
• 1.4.3 DGGE技術(shù)在動物胃腸道微生物研究中的應(yīng)用19
• 1.4.3.1 研究腸道微生物的多樣性19
• 1.4.3.2 研究腸道微生物的動態(tài)變化19
• 1.5 高通量測序19-22
• 1.6 宏基因組22-23
• 1.7 本研究的目的23-24
• 第二章水貂腸道微生物基因組DNA提取24-32
• 2.1 前言24
• 2.2 材料與方法24-28
• 2.2.1 試驗動物與日糧管理24-25
• 2.2.3 水貂腸道內(nèi)容物樣品采集25
• 2.2.4 水貂腸道微生物基因組DNA提取25-27
• 2.2.5 電泳檢測DNA27
• 2.2.6PCR檢測水貂腸道內(nèi)容物微生物基因組DNA27-28
• 2.3 結(jié)果28-30
• 2.3.1 水貂腸道內(nèi)容物微生物基因組DNA提取28-29
• 2.3.2 PCR擴增細菌 16S rRNA基因29-30
• 2.4 討論30
• 2.5 小結(jié)30-32
• 第三章 DGGE技術(shù)分析水貂腸道各區(qū)段細菌多樣性32-36
• 3.1 材料與方法32-34
• 3.1.1 試驗動物與日糧組成32
• 3.1.2 主要試劑與儀器32
• 3.1.3 制備水平膠32-33
• 3.1.4 水貂腸道細菌的 16S rRNA基因片段擴增33
• 3.1.5 電泳33
• 3.1.6 染色33
• 3.1.7 凝膠成像33-34
• 3.2 結(jié)果34-35
• 3.2.1 水貂腸道細菌 16S rRNA基因擴增34
• 3.2.2 DGGE電泳結(jié)果、34-35
• 3.3 小結(jié)35-36
• 第四章 高通量測序技術(shù)分析水貂腸道遠端細菌多樣性36-42
• 4.1 材料與方法36
• 4.1.1 實驗動物36
• 4.1.2 實驗處理與樣品采集36
• 4.1.3 基因組DNA提取36
• 4.1.4 目的基因擴增與測序36
• 4.1.5 生物信息學(xué)分析36
• 4.2 結(jié)果36-39
• 4.2.1 水貂腸道微生物DNA提取36-37
• 4.2.2 目的基因片段擴增37
• 4.2.3 多樣性指數(shù)37
• 4.2.4 門分類水平下水貂遠端腸道菌群結(jié)構(gòu)37-38
• 4.2.5 屬分類水平下水貂遠端腸道菌群結(jié)構(gòu)38-39
• 4.3 討論39-41
• 4.4 小結(jié)41-42
• 第五章 全文結(jié)論42-43
• 參考文獻43-48
• 致謝48-49
• 作者簡歷49

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前5條

1 趙圣國;王加啟;劉開朗;李旦;于萍;;動物胃腸道微生物元基因組學(xué)研究進展[J];生物技術(shù)通報;2009年09期

2 尹永志;郭春華;黃艷玲;常晶;艾丹;王永;付錫三;朱萬嶺;;DGGE技術(shù)在動物胃腸道微生物研究中的應(yīng)用[J];生物技術(shù)通報;2010年06期

3 周丹燕;戴世鯤;王廣華;李翔;;宏基因組學(xué)技術(shù)的研究與挑戰(zhàn)[J];微生物學(xué)通報;2011年04期

4 秦楠;栗東芳;楊瑞馥;;高通量測序技術(shù)及其在微生物學(xué)研究中的應(yīng)用[J];微生物學(xué)報;2011年04期

5 楊利娜;邊高瑞;朱偉云;;單胃動物腸道微生物菌群與腸道免疫功能的相互作用[J];微生物學(xué)報;2014年05期

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 王新峰;絞股藍皂甙對山羊瘤胃菌群及微生物發(fā)酵特性和甲烷產(chǎn)量的影響[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 徐敏娟;鵝腸道細菌多樣性的分子生態(tài)學(xué)初步研究[D];揚州大學(xué);2008年

2 王光超;山羊瘤胃宏基因組文庫蛋白酶的篩選分離[D];山東大學(xué);2012年

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本文編號：397970