水稻(Oryza sativa L.)屬禾本科稻屬植物,是世界一半人口的主要食物。水稻在長期的馴化過程中,野生稻與栽培稻之間以及栽培稻兩個亞種粳稻和秈稻之間在形態(tài)學特征和生理生化等方面都發(fā)生了一定的分化。而與農(nóng)藝性狀相關(guān)的遺傳分化一直是水稻研究的重要內(nèi)容。可變剪切是生物形成不同轉(zhuǎn)錄本的直接原因,對動植物的生長、發(fā)育、信號轉(zhuǎn)導等生物學過程具有重要意義。本研究以野生稻和兩種栽培稻作為研究對象,選取具有代表性的66個水稻品種,利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù),對野生稻和栽培稻的可變剪切進行全基因組差異研究。在此基礎(chǔ)上,使用rMATS分析了野生稻和栽培稻的可變剪切事件,篩選出野生稻與栽培稻之間,栽培稻中粳稻和秈稻之間的差異可變剪切基因并做了GO富集分析,同時對與農(nóng)藝性狀相關(guān)的重點基因進行了注釋分析。主要研究結(jié)果:1.基于野生稻和兩種栽培稻的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),過濾后經(jīng)與參考基因組比對,野生稻有76.28%能比對到參考基因組上,粳稻有84.54%能比對到參考基因組上,秈稻有77.87%能比對到參考基因組上。2.在栽培稻兩大亞種粳稻與秈稻中,共有7301個基因發(fā)生了可變剪切事件,其中外顯子跳躍為主要類型。其中121個為...

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1水稻的馴化過程

饕?澄鎩Ｋ?荊∣ryza）屬禾本科稻屬植物。目前全球具有23個種，大部分是野生種，主要的栽培種有普通栽培稻（Oryzasativa）和非洲栽培稻（Oryzaglaberrima）兩大品種[1]。其中普通栽培稻又稱為亞洲栽培稻，分為兩個亞種——粳亞種（O.sativassp.Jap....

圖2以分子生物學技術(shù)為基礎(chǔ)的測序技術(shù)發(fā)展史Fig.2Developmenthistoryofsequencingtechnologybasedonmolecularbiologytechnology

野生稻和栽培稻間可變剪切的全基因組差異研究3圖2以分子生物學技術(shù)為基礎(chǔ)的測序技術(shù)發(fā)展史Fig.2Developmenthistoryofsequencingtechnologybasedonmolecularbiologytechnology1.2.2轉(zhuǎn)錄組測序的應用轉(zhuǎn)錄組測序在....

圖3可變剪切的七種類型Fig.3Seventypesofalternativesplicing

野生稻和栽培稻間可變剪切的全基因組差異研究3圖3可變剪切的七種類型Fig.3Seventypesofalternativesplicing注：其中白色圖形是組成型外顯子，黑色圖形是可變外顯子，連接的線條表示剪切方式，其中Skippedexon表示外顯子跳躍(SE)，Alterna....

圖4TopHat2的算法示意圖[31]

野生稻和栽培稻間可變剪切的全基因組差異研究13圖4TopHat2的算法示意圖[31]Fig.4TopHat2algorithmdiagram

本文編號：3954284