棉花作為世界上重要的經(jīng)濟作物之一,在農(nóng)業(yè)與紡織業(yè)等國民基礎產(chǎn)業(yè)中都占有重要的地位。自2012年起,各棉種基因組相繼組裝完成,棉花的各組學的研究也日趨火熱,公共平臺數(shù)據(jù)庫中棉花測序原始數(shù)據(jù)也逐漸增多。本研究通過對這些不同棉花組學數(shù)據(jù)的收集及有效的整理分析,建立了一個完善的多組學在線數(shù)據(jù)庫,方便用戶查詢與可視化這些分析過后的結(jié)果,有助于棉花育種、棉花分子生物學及生物信息學的研究。取得的主要結(jié)果如下:（1）本研究對不同棉種的基因組的最新版本進行了收集與補充注釋。通過比對至多個數(shù)據(jù)庫,重新預測了基因的KEGG、GO、蛋白注釋、同源基因等多種信息。同時,收集了棉花多個機構(gòu)開發(fā)的SSR引物信息,去除冗余之后結(jié)合最新版本的海島棉、陸地棉基因組開發(fā)出一套覆蓋全基因組的6萬余對的基因組SSR引物信息;結(jié)合海島棉及陸地棉基因組之間差異,發(fā)掘出1358773個InDel位點,基于這些位點設計出了一套高密度覆蓋海陸基因組的InDel引物。（2）本研究以公共數(shù)據(jù)的棉花多組學數(shù)據(jù)為基礎,結(jié)合課題組自有的一部分數(shù)據(jù),共收集分析了1180份重測序、314份常規(guī)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和384份表觀組數(shù)據(jù)。結(jié)合重測序數(shù)據(jù)在陸地棉、海... 

【文章頁數(shù)】：91 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
本文所用主要縮略詞
第一章 文獻綜述
    1.1 基因組測序發(fā)展
    1.2 多組學數(shù)據(jù)分析策略
        1.2.1 重測序數(shù)據(jù)研究
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)研究
        1.2.3 表觀組測序數(shù)據(jù)研究
    1.3 多組學測序在植物中的應用
    1.4 生物信息學數(shù)據(jù)庫
        1.4.1 組學數(shù)據(jù)的積累與存放
        1.4.2 二級數(shù)據(jù)庫
    1.5 研究的目的與意義
第二章 多組學數(shù)據(jù)的收集、分析與數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建
    2.1 研究背景
    2.2 材料和方法
        2.2.1 棉花多組學數(shù)據(jù)的收集與整理
        2.2.2 基因組注釋
        2.2.3 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.2.4 重測序數(shù)據(jù)分析
        2.2.5 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        2.2.6 表觀組數(shù)據(jù)分析
        2.2.7 引物數(shù)據(jù)的收集與分析
        2.2.8 數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建
    2.3 組學數(shù)據(jù)分析結(jié)果
        2.3.1 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計
        2.3.2 基因組注釋結(jié)果分析
        2.3.3 變異的鑒定與注釋
        2.3.4 群體結(jié)構(gòu)分析
        2.3.5 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量分析與共表達網(wǎng)絡構(gòu)建
        2.3.6 表觀組學的數(shù)據(jù)整理
        2.3.7 全基因組引物開發(fā)
        2.3.8 不同機構(gòu)的參考基因組及標準系重測序數(shù)據(jù)的差異
    2.4 棉花多組學數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建及應用
        2.4.1 基因組注釋模塊
        2.4.2 變異查詢模塊
        2.4.3 基因表達模塊
        2.4.4 多組學數(shù)據(jù)瀏覽器
        2.4.5 其他在線工具
    2.5 討論
    2.6 本章小結(jié)
第三章 總結(jié)與展望
    3.1 結(jié)論
    3.2 展望
參考文獻
附錄
致謝


【參考文獻】：
碩士論文
[1]非生物脅迫下棉花植物同源結(jié)構(gòu)域（PHD）轉(zhuǎn)錄因子的研究[D]. 楊雷.石河子大學 2013
[2]轉(zhuǎn)錄因子OSPHD1的過表達提高水稻耐逆性的研究[D]. 劉雨.安徽農(nóng)業(yè)大學 2010



本文編號：3652171