小腸蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)合血清代謝組學(xué)分析中國(guó)地鼠自發(fā)性2型糖尿病動(dòng)物模型的分子生物學(xué)特征
發(fā)布時(shí)間:2021-10-29 15:42
目的:通過(guò)對(duì)初步建立的中國(guó)地鼠自發(fā)性2型糖尿病(T2DM)動(dòng)物模型進(jìn)行血糖監(jiān)測(cè),建立穩(wěn)定的中國(guó)地鼠自發(fā)性T2DM動(dòng)物模型群體,然后應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)分析篩選糖尿病地鼠小腸組織中的差異表達(dá)蛋白及血清樣本中的差異代謝物,從蛋白質(zhì)組學(xué)層面和代謝角度分析中國(guó)地鼠自發(fā)性T2DM的分子生物學(xué)特征,為中國(guó)地鼠模型在T2DM機(jī)制研究中的應(yīng)用提供科學(xué)依據(jù)。方法:在初步建立中國(guó)地鼠自發(fā)性T2DM動(dòng)物模型的基礎(chǔ)上,繼續(xù)對(duì)該模型中用于擴(kuò)群的地鼠進(jìn)行近親繁殖產(chǎn)生后代,從地鼠3月齡開(kāi)始對(duì)其空腹血糖值(FBG)進(jìn)行監(jiān)測(cè),將FBG≥6 mmol/L的地鼠作為糖尿病組,選擇地鼠群體中FBG≤4.5 mmol/L的地鼠作為正常對(duì)照組。應(yīng)用基于質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)分析構(gòu)建糖尿病中國(guó)地鼠小腸組織差異表達(dá)蛋白譜及血清差異代謝物譜圖,通過(guò)基因本論(GO)和KEGG通路富集對(duì)篩選出的差異表達(dá)蛋白進(jìn)行功能富集分析,在系統(tǒng)水平上通過(guò)代謝通路富集分析(MPEA)對(duì)篩選出的差異代謝物進(jìn)行可視化的生物學(xué)解釋,然后對(duì)蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)結(jié)果進(jìn)行聯(lián)合分析,并且利用Western Blotting實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證候選差異表達(dá)蛋白PGAM1、P...
【文章來(lái)源】:山西醫(yī)科大學(xué)山西省
【文章頁(yè)數(shù)】:74 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
糖尿病中國(guó)地鼠空腹血糖、葡萄糖耐量測(cè)定
山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文92.2質(zhì)譜質(zhì)控檢測(cè)圖1-2展示了中國(guó)地鼠小腸組織質(zhì)譜質(zhì)控檢測(cè)結(jié)果,圖1-2A中大部分肽段為7~20個(gè)氨基酸,符合基于trypsin酶解和HCD碎裂方式的一般規(guī)律(小于5個(gè)氨基酸的肽段產(chǎn)生的碎片離子過(guò)少,不能產(chǎn)生有效的序列鑒定,而大于20個(gè)氨基酸的肽段質(zhì)量和電荷數(shù)較高,不適合HCD的碎裂方式)。圖1-2B中蛋白的分子量與覆蓋度呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)關(guān)系,圖1-2C中絕大多數(shù)譜圖的一級(jí)質(zhì)量誤差在10ppm以內(nèi),符合軌道阱質(zhì)譜的高精度特性。以上結(jié)果說(shuō)明質(zhì)譜鑒定到的肽段長(zhǎng)度的分布符合質(zhì)控要求,蛋白的定性定量分析結(jié)果可靠。注:(A)圖為質(zhì)譜鑒定到肽段的長(zhǎng)度分布。(B)圖為質(zhì)譜鑒定到的蛋白分子量與覆蓋度的關(guān)系。(C)圖為質(zhì)譜儀的質(zhì)量精度分布圖圖1-2中國(guó)地鼠小腸組織質(zhì)譜質(zhì)控檢測(cè)
山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文12性。圖1-4A為所有樣本的蛋白定量PCA分析結(jié)果展示圖,紅色的點(diǎn)代表正常對(duì)照組樣本,藍(lán)色的點(diǎn)代表糖尿病組樣本,圖中兩組重復(fù)樣本之間的聚集程度均比較好,說(shuō)明8例中國(guó)地鼠小腸組織蛋白定量重復(fù)性較好。圖1-4B為各重復(fù)樣本間蛋白定量值的RSD箱線圖,如圖所示對(duì)照組和糖尿病組整體RSD值都比較小,也進(jìn)一步說(shuō)明定量重復(fù)性較好。圖1-4C為利用所有樣本兩兩之間計(jì)算皮爾森相關(guān)系數(shù)的熱圖,該系數(shù)是度量?jī)山M數(shù)據(jù)線性相關(guān)程度的值:當(dāng)皮爾森系數(shù)越接近-1為負(fù)相關(guān),越接近1為正相關(guān),越接近0為不相關(guān)。注:(A)圖為蛋白定量PCA得分圖,圖中紅色的點(diǎn)代表正常對(duì)照組,藍(lán)色的點(diǎn)代表糖尿病組。(B)圖為蛋白定量值的RSD箱線圖。(C)圖為皮爾森相關(guān)系數(shù)圖。圖1-4重復(fù)樣品間蛋白定量分析2.5差異表達(dá)蛋白的功能分類2.5.1GO注釋結(jié)果蛋白GO注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)為UniProt-GOA(http://www.ebi.ac.uk/GOA/),差異表達(dá)蛋白的功能分類如圖1-5所示,BP本體類別中有9個(gè)子類,其中包含的差異表達(dá)蛋
本文編號(hào):3464934
【文章來(lái)源】:山西醫(yī)科大學(xué)山西省
【文章頁(yè)數(shù)】:74 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
糖尿病中國(guó)地鼠空腹血糖、葡萄糖耐量測(cè)定
山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文92.2質(zhì)譜質(zhì)控檢測(cè)圖1-2展示了中國(guó)地鼠小腸組織質(zhì)譜質(zhì)控檢測(cè)結(jié)果,圖1-2A中大部分肽段為7~20個(gè)氨基酸,符合基于trypsin酶解和HCD碎裂方式的一般規(guī)律(小于5個(gè)氨基酸的肽段產(chǎn)生的碎片離子過(guò)少,不能產(chǎn)生有效的序列鑒定,而大于20個(gè)氨基酸的肽段質(zhì)量和電荷數(shù)較高,不適合HCD的碎裂方式)。圖1-2B中蛋白的分子量與覆蓋度呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)關(guān)系,圖1-2C中絕大多數(shù)譜圖的一級(jí)質(zhì)量誤差在10ppm以內(nèi),符合軌道阱質(zhì)譜的高精度特性。以上結(jié)果說(shuō)明質(zhì)譜鑒定到的肽段長(zhǎng)度的分布符合質(zhì)控要求,蛋白的定性定量分析結(jié)果可靠。注:(A)圖為質(zhì)譜鑒定到肽段的長(zhǎng)度分布。(B)圖為質(zhì)譜鑒定到的蛋白分子量與覆蓋度的關(guān)系。(C)圖為質(zhì)譜儀的質(zhì)量精度分布圖圖1-2中國(guó)地鼠小腸組織質(zhì)譜質(zhì)控檢測(cè)
山西醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文12性。圖1-4A為所有樣本的蛋白定量PCA分析結(jié)果展示圖,紅色的點(diǎn)代表正常對(duì)照組樣本,藍(lán)色的點(diǎn)代表糖尿病組樣本,圖中兩組重復(fù)樣本之間的聚集程度均比較好,說(shuō)明8例中國(guó)地鼠小腸組織蛋白定量重復(fù)性較好。圖1-4B為各重復(fù)樣本間蛋白定量值的RSD箱線圖,如圖所示對(duì)照組和糖尿病組整體RSD值都比較小,也進(jìn)一步說(shuō)明定量重復(fù)性較好。圖1-4C為利用所有樣本兩兩之間計(jì)算皮爾森相關(guān)系數(shù)的熱圖,該系數(shù)是度量?jī)山M數(shù)據(jù)線性相關(guān)程度的值:當(dāng)皮爾森系數(shù)越接近-1為負(fù)相關(guān),越接近1為正相關(guān),越接近0為不相關(guān)。注:(A)圖為蛋白定量PCA得分圖,圖中紅色的點(diǎn)代表正常對(duì)照組,藍(lán)色的點(diǎn)代表糖尿病組。(B)圖為蛋白定量值的RSD箱線圖。(C)圖為皮爾森相關(guān)系數(shù)圖。圖1-4重復(fù)樣品間蛋白定量分析2.5差異表達(dá)蛋白的功能分類2.5.1GO注釋結(jié)果蛋白GO注釋的數(shù)據(jù)庫(kù)為UniProt-GOA(http://www.ebi.ac.uk/GOA/),差異表達(dá)蛋白的功能分類如圖1-5所示,BP本體類別中有9個(gè)子類,其中包含的差異表達(dá)蛋
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