作物雜草化一直以來都是作物學領域的一大難題,尤其是雜草稻（Oryza20sativa20f.spontanea）的起源與演化,至今尚未破解。雜草稻具有很強的生態(tài)適應性,但其種群獨特的遺傳特征是如何被逐漸塑造的還不是十分清楚。高緯度雜草稻是伴生在粳型栽培稻中的一類常見的稻田雜草型水稻,它具有典型的雜草入侵特性,如強大的繁殖能力、侵入性、資源競爭和高表型可塑性,此外還嚴重缺乏可用于控制的除草劑。同時,雜草稻還具有類似于野生稻（Oryza20rufipogon）遺傳特性,如種子落粒、紅色果皮和黑色殼,這使雜草稻成為研究水稻馴化和適應性的優(yōu)秀模型。隨著高通量測序與基因編輯等技術的日漸成熟,本研究將其應用于雜草稻群體特異性的群體遺傳學研究與進化分析,主要結果如下:1,本研究基于簡化基因組測序對高緯度雜草稻與栽培稻系統(tǒng)進化地位進行了分析,結果表明高緯度雜草稻在溫帶粳稻的類群中,具有一個相對獨立系統(tǒng)進化地位。2,雜草稻與伴生栽培稻比,種群具有較小的平均基因多樣性（π）,但選擇特征參數(shù)Tajima’s20D卻相對更高。這暗示著與栽培稻相比,高緯度雜草稻基因組中可能具有某些未馴化位點�；诨蚪M滑窗的基... 

【文章來源】：沈陽農業(yè)大學遼寧省

【文章頁數(shù)】：52 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 前言
    1.1 雜草稻研究進展概述
        1.1.1 雜草稻的定義
        1.1.2 雜草稻的形態(tài)學與生態(tài)學特征
        1.1.3 雜草稻的分類
        1.1.4 雜草稻的分布與起源
        1.1.5 雜草稻的危害
        1.1.6 雜草稻的利用
    1.2 全基因組關聯(lián)分析
        1.2.1 全基因組關聯(lián)分析的概念
        1.2.2 全基因組關聯(lián)分析的優(yōu)勢與不足
        1.2.3 全基因組關聯(lián)分析在水稻上的應用
    1.3 CRISPR/Cas9 技術
        1.3.1 基因編輯
        1.3.2 CRISPR/Cas系統(tǒng)
        1.3.3 基因編輯與傳統(tǒng)轉基因技術的比較
    1.4 高緯度雜草稻種群特異性研究的意義與技術路線
2 材料與方法
    2.1 材料
    2.2 方法
        2.2.1 DNA提取和特異性基因座擴增片段測序
        2.2.2 基因組范圍SNP的獲取與質量評估
        2.2.3 群體結構分析
        2.2.4 粒型數(shù)據(jù)調查
        2.2.5 全基因組關聯(lián)分析
        2.2.6 基因編輯
        2.2.7 水稻遺傳轉化
3 結果與分析
    3.1 高緯度雜草稻的系統(tǒng)進化地位
        3.1.1 親緣關系和群體結構分析
        3.1.2 樣品SNP的檢測
        3.1.3 多態(tài)性SLAF統(tǒng)計
        3.1.4 系統(tǒng)進化分析
        3.1.5 主元成分分析
    3.2 高緯度雜草稻遺傳多樣性與基因組選擇特征
        3.2.1 WRAH(高緯度雜草稻)的遺傳多樣性
        3.2.2 WRAH(高緯度雜草稻)的選擇特征
    3.3 雜草稻與栽培稻基因組分歧區(qū)域判定與功能基因注釋
        3.3.1 雜草稻與栽培稻基因組分歧區(qū)域的判定
        3.3.2 雜草稻與栽培稻基因組分歧區(qū)域內功能基因注釋
    3.4 高緯度雜草稻粒型特征與全基因組關聯(lián)分析
        3.4.1 全基因組關聯(lián)分析群體的粒型表型分析
        3.4.2 用于粒型全基因組關聯(lián)分析群體的群體遺傳結構
        3.4.3 雜草稻粒型的全基因組關聯(lián)分析
    3.5 雜草稻粒型基因GW5/GSE5 的基因編輯
        3.5.1 載體的構建
        3.5.2 水稻遺傳轉化結果
4 結論與討論
    4.1 討論
        4.1.1 高緯度雜草稻的系統(tǒng)進化地位與基因組選擇特征
        4.1.2 雜草稻與栽培稻基因組分歧區(qū)域判定與功能基因注釋
        4.1.3 高緯度雜草稻粒型變異與群體分化
    4.2 全文結論
參考文獻
致謝



本文編號：3176511